Unidos por uma música misteriosa, uma estudante e um engenheiro lideram a luta contra uma poderosa força que pode destruir o mundo.
Yun e Haberu investigam os sons que emanam de uma mansão abandonada e descobrem sua origem. Mei também ouve os sons.
Yun, Goro e o robô Jet Jaguar enfrentam um kaiju Rodan, uma espécie pterossauro mutante muito hostil. Mei viaja para Tóquio para encontrar uma pesquisadora renomada.
Uma legião de Rodans invade Nigashio. A equipe da Oficina Otaki tenta atraí-los para fora da cidade, mas acaba sendo cercada por eles.
Yun e Haberu desconfiam que Misakioku esteja envolvido com a invasão de Rodans. Mei assiste à palestra de Li em Dubai, na qual a professora revela novos materiais.
Sharanga surge das profundezas da estação de pesquisa Upala coberto de poeira vermelha. Enquanto isso, Yun observa uma habilidade incrível do Anguirus.
Mei descobre um código misterioso na pesquisa do professor Ashihara. A equipe de Otaki enfrenta o Anguirus como parte das medidas de extermínio.
Seguindo um grupo de Mandas, um kaiju gigante pousa em Tóquio. A Poeira Vermelha força a aterrissagem do voo de Mei e da professora Li em Milão.
Forças terrestres sob o comando de Matsubara respondem ao ataque do Godzilla em Tóquio. Agora em Londres, Mei tenta decifrar a pesquisa de Ashihara.
Godzilla continua avançando em Tóquio, cobrindo a cidade de Poeira Vermelha. A equipe de Otaki corre ao resgate de uma pessoa capturada pelo kaiju aranha.
De volta à mansão do Ashihara, Yun e Haberu usam o Jet Jaguar para tentar decifrar a pesquisa do professor. Na Índia, Lina leva Mei para se encontrar com BB.
Antes de ir ao Computador Supratemporal, BB oferece a Mei uma perspectiva do Ponto Singular. A equipe de Otaki vai a Tóquio para destruir Godzilla.
Mei fica sabendo da explosão causada pelo computador de Ashihara anos atrás. Kanoko dá a Miho o Diagonalizador Ortogonal para usar contra Godzilla.
Mei, BB e Pelo II tentam impedir a Catástrofe, mas Sharanga arma uma emboscada. A equipe de Otaki lança uma ofensiva final contra Godzilla.
