Décadas atrás, um herói vindo das estrelas deixou o mundo em paz. Agora, o filho de Ultraman precisa proteger a Terra de uma nova ameaça alienígena.
Décadas após a sua última fusão com Ultraman, Shin Hayata descobre uma nova ameaça contra a Terra. Seu filho, Shinjiro, também mostra sinais de poderes sobre-humanos.
Vestindo um protótipo, Shin é gravemente ferido quando salva o filho do ataque de Bemular. Desesperado, Shinjiro volta para resgatar o pai.
Enquanto Bemular prepara o terreno para outro ataque à Terra, o agente Edo pede a Shinjiro que assuma o manto de Ultraman.
Shinjiro recebe a missão de exterminar um alienígena hostil, mas o alvo foge para a cidade, colocando uma grande quantidade de civis em perigo.
Depois de descobrir evidências de envolvimento alienígena em uma série de assassinatos bizarros, o agente Moroboshi entra em contato com um informante.
Moroboshi fica preocupado com a resistência de Shinjiro em executar alienígenas assassinos. Shin compartilha com o filho o verdadeiro significado de ser Ultraman.
Agora convicto, Shinjiro desperta um poder latente durante a luta contra um alienígena hostil. Rena se prepara para um grande concerto.
No concerto de Rena, um alienígena chamado Adad exige um confronto com Ultraman. As coisas vão de mal a pior quando Bemular se junta à confusão.
Shinijiro teme que seu disfarce seja revelado por um estudante. Mais tarde, ele é surpreendido por outro Ultraman, que aparece para ajudá-lo em batalha.
Seiji sonha com o dia em que alienígenas serão aceitos abertamente na Terra. Esperando lutar por sua causa, ele pede à Patrulha Científica que o aceite na equipe.
Seiji tem um confronto tenso com Shinjiro e Moroboshi sobre o uso de seus poderes. Rena pede a Shinjiro que dê um recado a Ultraman.
Moroboshi, Shinjiro e a força da Patrulha Científica protegerão Seiji em sua busca pela punição dos responsáveis por um acidente aéreo ocorrido há 12 anos.
O trio do Ultraman está perdendo a batalha contra os mercenários, mas, quando a esperança parece ter acabado, os poderes adormecidos de Shinjiro finalmente despertam.
Durante o encontro com Rena, Shinjiro recebe uma ligação para resolver um problema alienígena. O jornalista Kotaro Higashi testemunha todo o incidente.
Kotaro tenta saber mais sobre as estranhas garçonetes que viu antes do desaparecimento em massa em Tóquio. Moroboshi conversa com o Agente Adad.
Um alienígena aparece, faz exigências e dá aos terráqueos 24 horas para responder. Taro tenta convencer Jack a deixá-lo ajudar.
Enquanto Jack, Taro e Seven se aproximam do alvo, a sede da Patrulha Científica é atacada. Maya toma uma decisão difícil.
O tempo está se esgotando e Shinjiro se junta a Jack, Seven e Taro para encarar a Fortaleza Dourada, uma superarma alienígena.
Jack e Taro tentam destruir o núcleo da Fortaleza Dourada. Durante a batalha, Shin e Shinjiro lutam juntos.
Shinjiro aceita testar uma nova armadura que se adapta aos seus poderes e acaba precisando dela antes do que imaginava.
Shinjiro não lembra do que fez, mas é impedido de usar a armadura por um tempo. O pai dele suspeita de uma maldição.
Shinjiro decide tomar uma atitude e se vingar. Mas novamente, não se lembra do que aconteceu quando acorda.
A opinião pública se volta contra Ultraman. Mephisto toma o controle das transmissões para divulgar sua mensagem diretamente ao povo.
Ide manda Taro e Moroboshi procurarem Shinjiro, que está perdido e confuso em meio aos acontecimentos.
No esconderijo, Daisuke Arashi conta a Shinjiro sobre o passado de seu pai. Juntos, eles tentam descobrir qual será o próximo alvo de Mephisto.
Rena se encontra com Seiji Hokuto após receber uma notícia devastadora. Shinjiro fala com Daisuke sobre seus sonhos estranhos envolvendo Zetton.
Rena fica sem entender o que aconteceu e Seiji decide levá-la até o alienígena que o criou. Taro finalmente encontra Shinjiro.
Taro e Shinjiro ficam surpresos com a chegada de Jack. Rena busca respostas sobre a origem de seus poderes. A sede da Patrulha Científica é invadida pela polícia.
A luta contra Mephisto intensifica a aversão do público ao Ultraman. Moroboshi e Shinjiro tentam invadir o quartel-general da Patrulha Científica.
Rena e Shinjiro compartilham segredos. Ultraman e seus amigos enfrentam um inimigo poderoso do passado.
Enquanto Shinjiro enfrenta suas próprias batalhas, seus amigos lutam para derrotar Zetton. Um novo capítulo começa para a Patrulha Científica.
