Em um Japão a um milênio de agora, cinco crianças – os protagonistas Saki, Satoru, Maria, Mamoru e Shun – nasceram e cresceram em uma tranquila cidade que pode ser descrita como uma utopia, transborda...
Saki é a última de suas amigas a ser visitada por um Espírito Abençoador, mas suas habilidades se mostram não ser das melhores na Classe Unificada. E todo esse burburinho sobre o gato trapaceiro raptar crianças está a assustando.
Outro aluno some e Saki usa seus poderes longe dos olhos atentos de seus professores.
O grupo rema para além da área segura a procura de monstros, mas o que eles encontram é muito pior.
Assim como a biblioteca segue explicando a história do mundo, um perigo paira ao fundo.
Satoru e Saki se separam do resto do grupo e foram capturados pelo grupo de ratos monstros de fora.
A Saki descobriu uma maneira de ajudar o Satoru e ela a escaparem, porém no meio da fuga eles são acabam se aprofundando ainda mais no meio da guerra entre clãs.
Satoru está ficando cansado, seu poder está diminuindo e o exército da Colônia das Aranhas da Terra é muito maior do que o esperado. Quando todos parecem perdidos, a ajuda vem de um aliado que não poderia ser mais perigoso...
Dois anos se passaram desde o incidente no acampamento e a relação entre os amigos mudou drasticamente.
Saki e amigos estão procurando por Shun, mas parece que eles estão andando em círculos. Depois do jantar, Saki se lembra de um nome do passado e Maria ostenta grandes novidades.
Saki tem uma conversa muito reveladora com Shun, mas ele já não é mais o mesmo. Ela não quer abandoná-lo e então ele decide colocar tudo para fora.
Perturbada com as memórias e os colegas de que não se recorda muito bem, a Saki acaba desconfiando de que o Comitê de Ética esteja alterando as suas memórias, assim como a de seus amigos. Correndo atrás de investigar tais fatos, seu amigo, o Mamoru, acaba surtando e ela se vê obrigada a recuar para o bem dos seus próprios amigos.
Saki tem uma longa conversa com a líder do Comitê de Ética, Asahina Tomiko. Asahina conta a ela o outro lado da história da cidade.
Mamoru fugiu. Quando seus amigos finalmente o acham, parece que eles não eram os únicos atrás dele.
Saki e Satoru retornam ao vilarejo, mas logo quando chegam, Saki é levada a um interrogatório aplicado pelo Comitê de Educação. Seu futuro agora está nas mãos dos adultos, que querem saber todos os seus segredos.
Enquanto procura por Maria e Mamoru, Saki e Satoru encontram um antigo amigo, Squeara. Ele os convida para a nova Colônia dos Asílidos, onde coisas têm mudado grandemente, mas onde está a Rainha?
Maria se foi, deixando para Saki uma carta explicando sua decisão. As coisas não parecem nada boas para Saki: seus amigos estão desaparecendo um por um, o Comitê de Ética deve apagar sua memória de novo e os ratos monstros podem não estar do lado dos deuses.
Muitos anos se passaram, Saki e Satoru cresceram e seguiram caminhos diferentes. Mas acontecimentos recentes na comunidade dos monstros ratos os uniram novamente.
Prelúdio à guerra.
Procurando por sobreviventes no hospital, Saki e o grupo cujo qual ela e Satoru se juntaram descobriram o segredo de Yako.
Alguém ou algo está seguindo Saki e Satoru enquanto eles descem o rio discutindo o que está acontecendo.
Enquanto Saki e Satoru se encaminham para o Templo da Purificação, Niimi fica para trás a fim de cumprir com o último pedido de Tomiko. Quando eles chegam em seu destino, o verdadeiro plano de Yakomaru tem sua real dimensão revelada.
Saki recebe um presente de sua mãe, assim como um pedido final.
Kiroumaru sugeriu que eles se dividissem para distrair os perseguidores, mas suas intenções são mesmo nobres?
Inui está morto, Kiroumaru pode ser um traidor, e Saki não está muito certa sobre matar o Ogro.
Quem veio antes, o ovo ou a galinha?
