Fuu, uma jovem de 15 anos, quer encontrar o samurai com cheiro de girassóis e tudo o que sabe a respeito dele, além disso, é que ele habita a outra extremidade do Japão e, no seu caminho, cruza com Mu...
Fuu é uma jovem garçonete em busca de um Samurai que cheira a girassóis, mas ela tem uma companhia inesperada com ela. Mugen e Jin são dois samurais que querem se matar e estão sempre sendo presos. Esses três podem aprender a trabalhar uns com os outros?
O rival sem braços de Mugen retorna com uma nova ajuda contratada: Oniwakamaru.
Mugen e Jin decidem abandonar Fuu, mas acabam se juntando a lados opostos em uma guerra de gangues básica com Fuu no meio, lembrando-os de sua promessa.
Um concurso de rolagem de dados decidirá o destino da guerra de gangues. Quem vai acabar morrendo como resultado?
Fuu é alvo de um grupo de sequestradores como próxima vítima. Os outros serão capazes de salvá-la a tempo?
A gangue entra em uma competição de comer com as espadas de Mugen e Jin na linha. Depois que um homem misterioso vence a competição de comida, eles devem encontrar uma maneira de recuperar suas espadas e salvar o homem misterioso. Eles terão sucesso?
Um ladrão estava correndo pela cidade, enquanto Fuu, Jin e Mugen iam pegar um pouco de sopa. Fuu estava sonhando acordado e o ladrão "acidentalmente" esbarrou em Fuu. Quando Fuu estava pagando a sopa, ela percebeu que sua bolsa havia sumido e disse que o homem com quem ela esbarrou levou o dinheiro. Fuu vai conseguir seu dinheiro de volta?
Um homem caçando Jin tem desafiado qualquer samurai usando óculos que possa encontrar, acompanhado por uma dupla de subalternos de beatbox. Surge a questão se ele reconhecerá ou não Jin quando se apaixonar por Fuu, pois Jin teve que penhorar seus óculos.
Mugen, Jin e Fuu precisam cruzar uma fronteira para comprar passes de viagem, já que não têm nenhum. Os passes de viagem acabam sendo falsos. Mugen, Jin e Fuu são condenados à morte. Os guardas iam matá-los até que descobrissem uma missão que precisavam fazer. Então eles enviam Mugen para fazer o recado para eles. Ele deve passar por uma floresta cheia de bandidos e problemas para entregar um objeto. Se Mugen não fizer a entrega e voltar a tempo, Jin e Fuu morrerão!
Mugen enfrenta o desafio letal de um espadachim treinado por Shaolin e se mostra à altura do teste, enquanto Jin fica preso fazendo todo o trabalho doméstico. Mugen pode derrotar este espadachim treinado ou ele sofrerá com seus erros?
Jin se apaixona por uma mulher apenas para descobrir que ela foi vítima de um destino muito cruel. Enquanto procura uma maneira de resgatá-la, Mugen tenta ganhar algum dinheiro na luta de besouros.
Jin e Mugen lêem o diário de Fuu e descobrem que ela não está dizendo a eles o que eles precisam saber.
As memórias do passado de Mugen o atraem de volta ao seu passado violento. Um pirata faz planos secretos. E o desejo por ouro traz traição.
Quando Mugen descobre o que o pirata estava planejando fazer, ele se vinga.
A ninja mais bonita do shogun acaba dando a Mugen e Jin uma noite que eles nunca esquecerão.
Mugen, Jin e Fuu brigam e se separam, e têm encontros inesperados. Novos oponentes aparecem, velhas queixas retornam e Mugen e Fuu encontram um misterioso arqueiro.
Jin acaba com uma vida que ele esperava poupar.
Fuu recebe uma maquiagem quando as crianças trocam a espada pelo pincel de grafite. Jin cumpre uma promessa a um amigo, enquanto Mugen aprende a ler e conquista um castelo.
Um charlatão cínico rouba o rebanho cristão oculto, Fuu se aproxima do Samurai Girassol, e uma verdade é finalmente revelada.
Fuu, Mugen e Jin se encontram com uma garota cega que é uma musicista viajante. Por causa de sua cegueira, ela é capaz de sentir as emoções do grupo. Essa garota é mais do que apenas uma musicista?
Jin aprende o Caminho da Água, a tristeza de uma mulher chega ao fim, e Mugen recebe o último presente de um assassino.
A caminho de Nagasaki o trio cai em um buraco e acaba em uma mina. O trio acaba trabalhando para o dono da mina por uma parte do tesouro. À medida que os dias se arrastam, Fuu descobre que eles estão se tornando cada vez mais parecidos com os trabalhadores aparentemente vivos.
Um grupo anacrônico de imigrantes americanos navega para a cidade e um astuto ninja que virou gerente de equipe convoca nossos heróis para lutar com eles no campo de honra... que neste caso é um diamante de beisebol. Veja as habilidades de arremesso de Mugen e trema!
Fuu, Mugen e Jin finalmente chegaram a Nagasaki para encontrar a ilha Ikitsuki em busca do Samurai Girassol. Parece haver um pequeno problema que pode impedi-los de chegar lá. Um grupo de assassinos está seguindo logo atrás.
Enquanto Jin duela com Kagetoki Kariya, o homem mais poderoso do xogunato, Mugen tem que lidar com três irmãos que querem sua cabeça. Eles sobreviverão?
Quando Fuu finalmente confronta o Samurai Girassol, Mugen e Jin enfrentam seus testes finais. Enquanto Mugen deve enfrentar um dos três irmãos insanos, Jin continua sua batalha com Kagetoki Kariya.
