A guerra dos clones se expande por toda a galáxia, e os heróis Jedi lutam desesperadamente a fim de manter a ordem e a paz. Sistemas sucumbem perante o lado negro da força e a República Galáctica está...
Yoda parte para uma lua neutra para negociar a construção de uma base da república com o rei dessa lua, o rei Kattunko. Ele e mais três clones partem para esta jornada na lua, mas Asajj Ventress negocia uma base Separatista, e propõe um desafio a Yoda: vencer mais de mil dróides.
Há boatos de uma nova arma construída pelos Separatistas. O Mestre Plo Koon é enviado para descobrir qual é essa arma, mas quando essa arma (um canhão de ions, que neutraliza a energia de naves, deixando-as mais vulneráveis a nave Malevolência) atinge a nave dele, ele e mais quatro clones terão que derrotar os Separatistas. Anakin Skywalker e Ahsoka Tano (sua padawan) irão resgatá-lo, e escapar da nave Malevolência, comandada por General Grievous e Conde Dooku.
Anakin Skywalker, Ahsoka Tano, Plo Koon e mais alguns clones são enviados em uma missão para acabar com a nave Malevolência, que irá em breve atacar a base médica dos clones. Com sucesso, Anakin consegue destruir o canhão de ions, mas Grievous ainda está vivo e a nave Malevolência com alguns danos. Obi-Wan Kenobi comanda uma frota que irá destruir a nave Malevolência.
A frota de naves continua destruindo a Malevolência, mas quando Padmé Amidala e C-3PO entram sem querer no meio da batalha, são puxados para a nave Malevolência, onde ela seria uma refém. Anakin e Obi-Wan terão que resgatá-los, antes que Grievous consiga pegá-la.
Um grupo de clones, o capitão Rex e o comandante Cody terão que lidar com uma invasão de dróides de comando de batalha e super droides de batalha, enviada pelo General Grevious com permissão de Asajj Ventress. Os clones parecem ter uma única saída mas isso pode significar morte para os clones.
R2-D2 é perdido em uma feroz batalha no espaço, e agora, Anakin e Ahsoka terão que resgatá-lo, antes que os Separatistas descubram os segredos dos Jedi dentro de R2-D2. Eles contam com a ajuda de R3-S6, um dróide mais avançado que a série R2. R2 foi capturado por Gha Nachkt, que fez uma aliança com o General Grievous.
Anakin Skywalker, Ahsoka Tano, R3-S6, Rex e alguns clones terão que resgatar R2-D2 de Gha Nachkt e do general Grievous. Eles resgatam R2 com sucesso do General Grievous. Novos robôs entram em cena: os Magnaguardas. R3-S6 é destruído por R2.
Padmé Amidala, C-3PO e Jar Jar Binks fazem uma viagem a Roodia, para conseguir uma realiança com o planeta. Jar Jar Binks é confundido com um jedi, e com a ajuda de Padmé e C-3PO, eles conseguem capturar o vice rei separatista Nute Gunray.
Ahsoka Tano e Luminara Unduli recebem a missão de levar Nute Gunray a prisão da República. Após serem atacados pelos Separatistas, Asajj Ventress se infiltra na nave, e agora, Ahsoka e Luminara terão que enfrentar Asajj e evitar o resgate de Gunray. Gunray é resgatado por um guarda do senado traidor, enganando a todos, aproveitou a oportunidade enquanto Luminara e Ahsoka lutavam contra Ventress para fugir com o vice-rei, mas acabou sendo morto por Asajj Ventress por sua insolência.
Após a fuga de Nute Gunray, Mestre Luminara contacta o Mestre jedi Kit Fisto, na busca de recapturar Gunray. Kit Fisto reencontra seu antigo padawan, Nahdar Vebb. Sem querer, eles entram no esconderijo do General Grievous, que volta para lá. Em esperança de tentarem capturar Grievous, sobrando apenas Kit Fisto vivo, Kit Fisto foge. Grievous estava sendo testado por Conde Dooku. Os Magnaguardas retornam.
No meio de um plano para capturar Conde Dooku, Anakin Skywalker e Obi-Wan Kenobi caem no sistema Vancor. No sistema, eles acham Dooku, mas este os supreende e os deixam presos numa caverna. Depois disso Dooku é capturado por piratas e Hondo Onaka pede um quantia a república para darem Dooku. Anakin e Obi-Wan vão ver se isso que Hondo Onaka está falando é verdade.
Após a fuga de Conde Dooku, Obi-Wan e Anakin foram presos por Hondo Onaka, o líder de um povo pirata. Eles são prisioneiros juntos à Dooku, e agora, Jar Jar Binks e mais quatro clones terão que resgatar Obi-Wan e Anakin. Dooku escapa com facilidade.
Anakin e Ahsoka vão resgatar Aayla Secura de uma batalha. No resgate, Anakin é ferido gravemente e para piorar as coisas, a nave em que Anakin, Ahsoka e Aayla estavam, foi atingida por um tiro. O botão do hiperespaço foi acionado acidentamelte. Quando Aayla desativa o hiperespaço a nave cai no planeta Lurmen. No planeta Ahsoka, Aayla e alguns clones terão que procurar ajuda. Eles acham a raça Lurmen, e eles os ajudam a curar Anakin.
Após Anakin Skywalker ser curado no planeta Lurmen, um general Separatista chamado Lok Durd, vai ao planeta testar a sua nova arma. Agora, Anakin, Aayla, os generais clones e Ahsoka terão que deter Lok Durd e capturá-lo, antes que a arma extingue os Lurmen.
Anakin, Obi-Wan, Capitão Rex e o líder da Lua de Pantora, Chairman Cho, vão o mundo de Orto Plutonia para investigar uma suposta morte de clones em uma base avançada. Descobrem que os Tauns, uma espécie do planeta, matou os clones, e destruiu dróides de uma base do outro lado do planeta. Os Tauns querem a paz, mas Chairman Cho quer guerra com eles para ter o controle do planeta. Agora, eles terão que negociar a paz, antes que sejam mortos.
Anakin Skylwalker, Obi-Wan Kenobi, Capitão Rex e o Comandante Cody estão guerreando contra os Separatistas no planeta Christofisis. Eles planejam um ataque, mas um espião é a nova ameaça, e o posto avançado da República é atacado de surpresa. Anakin e Obi-Wan batalham mais uma vez contra Asajj Ventress, que os atraiu até a base separatista para que o espião pudesse destruir as armas do posto clone. Cody e Rex descobrem o espião, Slick, um clone traidor, e ele é preso. A República se prepara para a batalha final. (Este episódio antecede a batalha ocorrida no início de "Star Wars: The Clone Wars (filme)" lançado nos cinemas).
Após terem vestígios de rastros da guerra em Naboo, os Gungans chamam Padmé Amidala, C-3PO e Jar Jar Binks para investigar isso. Foi encontrado uma mensagem do Dr. Nuvo Vindi, que agora quer matar todos na galáxia com uma nova epidemia do Vírus da Sombra Azul disseminado pelo ar. Anakin Skywalker, Ahsoka Tano e Obi-Wan Kenobi são chamados para resgatar Padmé e impedir a disseminação do vírus.
O Dr. Nuvo Vindi é preso, mas o vírus infecta Rex, Padmé, Ahsoka e outros clones. Eles terão que impedir que os dróides restantes escapem, e Obi-Wan e Anakin terão que ir a Yego, um planeta amaldiçoado para conseguirem a cura do Vírus Azul. O planeta é amaldiçoado pelo fantasma de Dron, antigo governador do planeta, e terão que voltar a Naboo antes que Ahsoka, Rex, Padmé e os clones morram por causa do vírus.
O planeta dos Twileks, Ryloth, é dominado pelos Separatistas. Cabe agora a Anakin e Ahsoka destruírem o bloqueio Separatista que cobre o planeta, iniciando uma emboscada para que Obi-Wan e Mace Windu reconquistem o planeta, antes que a próxima rotação de Ryloth aconteça.
Obi-Wan Kenobi e suas tropas conseguem redominar parte do planeta Ryloth, faltando somente a capital do planeta.
O mestre jedi Mace Windu, consegue libertar a capital do planeta Ryloth, captura Wat Tambor e sela a paz no planeta. A República tem mais uma vitória.
Um caçador de recompensas chamado Cad Bane, junto de seus comparsas, invade o senado e captura alguns senadores, incluindo Padmé Amidala e Bail Organa, para usá-los como moeda de troca para libertar Ziro the Hutt, que está numa prisão de Coruscant. Os reféns são resgatados por Anakin Skywalker, porém este não consegue impedir a fuga do caçador de recompensas por estar sem seu sabre de luz, já que o entregou a Padmé como prova de seu amor.
O terrível Cad Bane se infiltra no Templo Jedi e tenta roubar um antigo "Holocron Jedi". Ahsoka, Anakin e Obi-Wan devem impedir o mercenário de fugir com o valioso artefato Jedi...
Anakin e Ahsoka interceptam a nave de guerra de Cad Bane, na esperança de recuperar o valioso "Holocron" roubado, mas os Jedi subestimaram o caçador de recompensas...
Darth Sidious tem uma nova missão para Bane: Sequestrar crianças sensíveis a força de toda a galáxia e trazê-los para Mustafar...
Ao pedido do Conselho Jedi, Padmé investiga uma conspiração separatista no Senado...
Anakin, Ahsoka, Obi-wan e Ki-Adi-Mundi devem liderar um grupo de clones para destruir uma fábrica de dróides em Geonosis.
Luminara e Anakin devem ser ágeis para distrair os novos super-tanques separatistas, enquanto as Padawans Barriss Offee e Ahsoka Tano tentam destruir a fábrica de Dróides Separatistas.
Quando Luminara desaparece, Obi-Wan e Anakin devem levar um esquadrão de Clones em busca dela. Quando a pesquisa leva a um misterioso covil, os Jedi se deparam com uma horda de guerreiros mortos-vivos.
Quando Minhocas Cérebrais Geonosianas assumem o controle de sua nave de abastecimento por meio dos Clones, Ahsoka e Barriss devem lutar para deter as minhocas e salvar a galáxia dessa praga mortal. Só que infelizmente Barris também é controlada e ashoka é a unica na nave, e agora ela tera que dar um fim nisso sozinha.
Um Mestre Jedi é feito refém e torturado pelo diabólico General Grievous. Cabe a Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi e Adi Gallia resgatar o Jedi, mas logo percebem que Grievous esta sempre um passo á frente.
Enquanto Obi-Wan Kenobi procura por Greivous, Rex encontra um Clone desertor.
Quando um ladrão rouba o precioso sabre de luz de Ahsoka, ela pede a ajuda de um antigo Jedi para rastrear sua arma e recuperar sua honra.
Ao ser mandado para investigar rumores de conspiração em torno da Duquesa Satine Mandalore, Obi-Wan descobre a verdade sobre uma misteriosa trama Mandaloriana.
Enquanto os Jedi Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi e seus Clones defendem a Duquesa Satine das muitas tentativas de assassinato, Anakin descobre que Obi-Wan e a Duquesa ja tiveram uma história juntos.
Em Coruscant, o Senado pressiona a Duquesa Satine para aceitar a ajuda da República, enquanto o Olho da Morte continua com as tentativas de assassinato. Enquanto isso Obi-Wan parti para descobrir os verdadeiros motivos do grupo Olho da Morte.
Quando o Senador Onaconda Farr morre em circunstâncias suspeitas, Padmé faz uma investigação para encontrar a pessoa responsável.
Os Jedi devem libertar o planeta Christophsis do bloqueio Separatista, enquanto Anakin Skywalker tenta levar suprimentos para o planeta.
Quando Anakin Skywalker, Ahsoka Tano e Obi-Wan Kenobi aterram no planeta Felucia, eles tem que combater Hondo e seus piratas.
A mais nova arma da República, uma monstruosa fera "Zillo" assusta, e como nenhuma arma clônica consegue dar um fim nela, eles a levam para Coruscant para estudá-la e para criar uma armadura clônica impenetravél.
Quando a criatura Zillo escapa e acaba com todos em seu caminho, os clones tem que usar gases tóxicos para matá-la.
Quando Boba Fett e outros jovens clones dão uma volta em uma nave Republicana, Boba busca vingança, tentando matar Mace Windu por ter matado o seu pai Jango Fett.
Quando Anakin Skywalker e Mace Windu são emboscados enquanto vão em busca de sobreviventes, R2-D2 tem que salvá-los.
O Mestre Plo Koon e a Padawan Ahsoka Tano perseguem Boba Fett pelo submundo de Coruscant até ao planeta Florrum, onde um confronto histórico se inicia.
O Esquadrão Dominó, antes de sua vitória na Lua Rishi, são treinados em Kamino. Com grandes dificuldades, eles tentam passar pelo teste final, na Cidadela. Julgados pelos caçadores de recompensas El-les e Bric, os conflitos entre os recrutas quase causa o fim do esquadrão.
O antigo Esquadrão Dominó retorna a Kamino. Um grande ataque a fabrica de clones liderado por Asaj Ventress e o General Grievous. Seu objetivo, o DNA clone. Sem Jango Fett, as fabricas produzem mais clones defeituosos, fazendo esse DNA necessário. O 501ª batalhão vai a Kamino, mas Obi-Wan Kenobi e Anakin Skywalker não fazem ideia do que terão de enfrentar. Enquanto isso, os membros restantes do Esquadrão Dominó encontra o clone defeituoso CT-99 em um pedido de ajuda.
As tropas do Mestre Jedi Ima-Gu Di e as de Cham Syndulla ficam presas em Ryloth, cercados por tropas separatistas. O senador Bail Organa e Jar Jar Binks são enviados a Toydaria para negociar com o Rei Katuunko, na tentativa de conseguir ajuda para salvar todos em Ryloth.
A família do presidente Papanoida é sequestrada e é pedido um resgate. Ahsoka deve juntar-se com o senador de Pantora, Riyo Chuchi, para ajudar o novo presidente na recuperação de sua família antes que a Federação do Comércio possa influenciar indevidamente no futuro de seu planeta.
Padmé, em uma missão diplomática em Mandalore, garante ao planeta pacifista total proteção da República, mas ela e a Duquesa Satine em breve encontrarão algo sinistro escondido sob a fachada serena do planeta.
Para seu desgosto, Ahsoka tem que dar uma aula na academia de Mandalore.
Enquanto está em uma missão para proteger a Senadora Amidala, Ahsoka começa a ter visões recorrentes de uma certa caçadora de recompensas.
Enquanto está em uma importante viagem de compras em Coruscant, C-3PO é raptado pelo sinistro caçador de recompensas Cad Bane, em uma trama covarde para libertar Ziro The Hutt. Pode R2-D2 ajudar seu colega a escapar a tempo de avisar o Jedi?
O Conselho Hutt afasta Ziro. Mas os Hutts não são os únicos! Será que eles vão capturar o Hutt traiçoeiro? Ou poderá Obi-Wan Kenobi e Mestre Jedi Quinlan Vos levar ele a justiça?
Padme Amidala e Ahsoka Tano viajam para Raxus na tentativa de assinar um acordo de paz com os separatistas. Como Padme pede a ajuda a um ex-mentor, Mina Bonteri, Ahsoka aprenderá algumas lições valiosas sobre a realidade da guerra.
Os Senadores Padme Amidala, Bail Organa e Onacanda Farr estão sob fogo, por se oporem a um projeto de lei, que quer se apropriar de fundos para criação de milhões de novos clones.
Darth Sidious ordena que Conde Dooku elimine seu aprendiz, Asajj Ventress. Ventress sobrevive a tentativa de assassinato de Dooku, e foge para o planeta de Dathomir se juntar a seus parentes - as místicas Nightsisters - para ajudá-lo em uma campanha de vingança contra seu antigo mestre.
Quando o conde Dooku apela as Nightsisters buscando um substituto para Ventress, ela e seus parentes aproveitam a oportunidade para se vingar. Ventress visita o outro lado de Dathomir, planeta buscando o guerreiro mais brutal e poderoso entre eles. Através de sua feitiçaria, as Nightsisters transformam Savage Opress em um assassino monstruoso projetado para se tornar o seu novo mestre.
Anakin e Obi-Wan, são enviados para rastrear a figura misteriosa por trás das mortes de vários Jedi, em breve, se encontrarão na trilha do aprendiz monstruoso que Ventress criou: Savage Opress. No entanto, Dooku e Ventress também descobrirão que esse novo aprendiz tem uma vontade própria...
Uma força misteriosa chama Anakin, Obi-Wan e Ahsoka a um planeta distante, e seus habitantes - uma família com uma excepcional força poderosa - tentam determinar se Anakin é realmente o Escolhido
Antes do Jedi deixar Mortis, Filho captura Ahsoka em uma tentativa de seduzir Anakin a acompanhá-lo para usar sua força conjunta para dominar seu pai e sua irmã. Para este fim, o Filho lança Ahsoka sob o feitiço do lado negro.
Os Jedi continuam ilhados em Mortis, e do Filho que se aliou com o lado negro da Força e renovou seus esforços para converter Anakin, para se preparar para um confronto decisivo.
Obi-Wan Kenobi e Anakin levam uma equipe de resgate a uma profunda prisão separatista fortemente guardada, em um esforço para resgatar um Jedi em cativeiro, mas eles ficam presos por droides e são apresentados a um cruél diretor, dedicado a prevenir que ninguém fuja.
Com os presos libertados e o brutal guarda tentando desesperadamente frustrá-los, Obi-Wan e Anakin procuram uma saída para a Cidadela para voltar para Coruscant. A prisão, no entanto, tem mais armadilhas e perigos para eles, do que eles tinham imaginado, e devem deixar para trás suas diferenças, se quiserem escapar.
Depois que sua nave e única maneira de sair do planeta é destruída, Anakin e Obi-Wan deve levar os prisioneiros que escaparam através da paisagem perigosa de Lola Sayu, com o comandante Plo Koon e sua força-tarefa de quatro cruzadores, e seus combatentes em um ousado resgate, através das defesas separatistas.
Ahsoka encontra-se presa na lua Trandoshan, virando uma presa em uma caçada elaborada e cruel.
Como Ashoka e seus aliados lutando para fugir dos caçadores Trandoshan, seus esforços recebem um impulso inesperado quando um novo prisioneiro, Chewbacca Wookiee, chega.
Os habitantes do mundo aquático de Mon Calamari se encontram à beira de uma guerra civil. Os Jedis logo percebem que vão precisar da ajuda de um aliado poderoso e anfíbio para acabar com a guerra e expulsar os invasores separatistas.
Os habitantes do mundo aquático de Mon Calamari se encontram à beira de uma guerra civil. Os Jedis logo percebem que vão precisar da ajuda de um aliado poderoso e anfíbio para acabar com a guerra e expulsar os invasores separatistas.
Os exércitos da República e Gungan são capturados por Riff Tamson; Ahsoka e o Príncipe Lee-Char devem unir o povo.
Uma semelhança entre Jar Jar Binks e o líder Gungan é utilizado como uma vantagem.
Uma missão para salvar o planeta Aleen e seu povo é lançada pelos droides.
C-3P0 e R2-D2 se encontram em perigo quando eles visitam um mundo hostil e se encontram com piratas.
Anakin deve entregar o 501º a um novo comandante; os clones recebem uma missão mortal.
Os clones embarcam em uma missão mortal na base aérea Umbaran com nenhuma cobertura dos Jedi.
Os clones desobedecem às ordens e planejam derrubar uma nave de suprimentos.
Rex defende seus homens, que enfrentam execução por desobedecer Pong Krell.
Anakin e Ahsoka investigam o desaparecimento de uma colônia Togruta.
Para localizar os colonos desaparecidos, Anakin, Obi-Wan e Ahsoka vão disfarçados para se infiltrar nos escravos em Zygerria. Anakin luta com suas emoções quando uma astuta rainha Zygerrian lhe obriga a tomar medidas questionáveis para realizar a sua missão.
Anakin confronta a rainha, mas ainda deve salvar a si mesmo, seus amigos e os escravos.
Lux renuncia Dooku e os separatistas, e se junta a uma facção extremista conhecida como Death Watch.
Obi-Wan se disfarça em uma prisão para chegar ao fundo de um plano para sequestrar o Chanceler Palpatine. Durante a missão, ele descobre que Cad Bane também está envolvido, e deve trabalhar com ele para escapar.
Anakin persegue Obi-Wan e Cad Bane, que estão disfarçados e fugindo para o outro lado da galáxia.
O Conde Dooku convida alguns dos melhores caçadores de recompensa da galáxia para competir em uma pista de obstáculos conhecida como "a caixa", e a recompensa para os sobreviventes do curso é: poder se envolver na trama para sequestrar o Chanceler Palpatine.
Conde Dooku e caçadores de recompensas fazem um plano para sequestrar o Chanceler Palpatine.
Conde Dooku promete se vingar de Asajj Ventress; Grievous lança uma campanha de destruição.
Quando Asajj Ventress fica sem rumo, ela se junta a uma equipe de Caçadores de Recompensa, sob a liderança do jovem Boba Fett. Ela realiza uma missão perigosa em um mundo alienígena, mas rentável, que testará os limites de suas habilidades e irá pressionar seu caráter.
Depois de ser usado como arma de vingança pelo Conde Dooku e Asajj Ventress, o guerreiro obscuro, Savage Opress, embarca em uma busca na galáxia para encontrar o seu irmão há muito perdido, o lendário Darth Maul.
Savage e Maul perseguem Ventress e Obi-Wan em sua busca por vingança; Obi-Wan e Ventress devem trabalhar juntos contra os irmãos.
Os irmãos Sith, Maul e Savage, recrutam piratas para se juntar a eles, enquanto o Jedi caça os irmãos.
Anakin, Obi-Wan, Ahsoka e Rex viajam a Onderon para ajudar a treinar um grupo de rebeldes insurgentes; os rebeldes planejam pegar de volta a capital de Iziz.
Os rebeldes planejam atacar alvos em Izis sob a supervisão de Ahsoka; É nomeado um líder da rebelião.
Um aliado surpreendente vem ajudar os rebeldes a impedir a execução do verdadeiro rei de Onderon.
Os rebeldes assumem o controle de Onderon quando acontece a queda do rei, mas a vitória vem com um custo decepcionante.
Ahsoka acompanha filhotes a um rito de passagem, onde eles enfrentam uma tarefa perigosa.
A nave dos filhotes é atacado por piratas de Hondo quando eles retornam de Illum.
Os filhotes trabalham juntos para livrar Ahsoka dos piratas.
General Grievous lança um ataque sobre o estabelecimento de Hondo em Florrum; Ahsoka e os filhotes ajudam Hondo na luta.
R2-D2 e outros dróides da República recebem uma missão para recuperar um módulo de criptografia dos separatistas.
Os dróides caem em um planeta árido depois que sua nave é danificada por um asteroide.
Em uma cidade quase vazia em um planeta estranho, os membros intrépidos do esquadrão D descobrem Gregor, um clone de comando que perdeu a memória, e está trabalhando como uma máquina de lavar louça.
O esquadrão D descobre que o cruzador deserto está carregado com explosivos e dirige-se para uma estação espacial hospedando uma conferência da República.
Savage e Maul formam uma aliança com um grupo terrorista para combater um inimigo Jedi em comum: Obi-Wan Kenobi.
Pre Vizsla e Maul atacam Mandalore e a Duquesa Satine, mas sua aliança é logo testada.
Obi-Wan é atraído para uma armadilha por Darth Maul e aprisionado.
Anakin e Ahsoka investigam uma explosão no templo, desconfiados de um Jedi que foi para o lado negro seja o responsável.
Depois de se encontrar com Letta Turmond, Letta aparece morta e Ahsoka é presa.
Ahsoka Tano cruza o caminho de Asajj Ventress, levando a uma barganha mútua sem precedentes.
Com convicção da inocência de Ahsoka, Anakin sai em busca de sua padawan desaparecida para descobrir a verdade sobre o que ocorreu.
O soldado clone Tup sucumbe a uma doença mental misteriosa que resulta na morte chocante de um Mestre Jedi. Incapaz de explicar suas ações assassinas, Tup é sedado e enviado de volta para Kamino para exame. Enquanto isso, o Almirante Trench dos Separatistas informa Conde Dooku da traição, e está convencido de que a morte decorreu de algo mais profundo. Anakin Skywalker e o soldado ARC Fives acompanham Tup, mas a sua viagem de regresso é uma emboscada separatista.
Nos laboratórios estéreis de Kamino, o soldado clone doente Tup e seu amigo o soldado ARC Fives são colocados em quarentena para exame após o assassinato chocante de um Mestre Jedi. Com a ajuda da dróide médica AZI-3, Fives está determinado a chegar ao fundo da condição de Tup e descobre um segredo enterrado profundamente dentro do programa de clonagem da República.
O corpo do soldado clone Tup está agendado para o transporte para Coruscant, onde os próprios médicos do Chanceler Palpatine irão examiná-lo de perto. O soldado ARC Fives quebra o protocolo e desafia as ordens para desenterrar respostas, e descobre que há uma construção orgânica de propósito desconhecido escondido nos cérebros de todos os soldados clones.
Fives continua a pressionar por respostas sobre o mistério da contaminação clone e consegue uma audiência com o Supremo Chanceler Palpatine. Mas a situação desmorona rapidamente quando Fives é acusado de atacar o chanceler, e ele deve fugir para as profundas paisagens urbana de Coruscant enquanto é perseguido pelos companheiros clones.
Estando em Scipio para financiar uma missão misericórdia, Padmé Amidala é chamada por um velho amigo, o Rush Clovis, para ajudar a descobrir a corrupção no Clan Banking. Eles devem fugir do caçador de recompensas Embo para escapar do planeta com as informações incriminatórias.
Voltando em Coruscant, Clovis - traidor conhecido da República - faz um negócio duvidoso que o coloca à frente do Clã Bancário. Anakin aumenta a desconfiança e ódio de Clovis ao ponto de romper o relacionamento com Padme.
A negociação de Rush Clovis com os separatistas sai pela culatra e traz guerra ao mundo bancário de Scipio.
O mundo pacífico de Bardotta e suas maneiras místicas são ameaçadas por uma antiga profecia, e seus líderes espirituais superiores desapareceram. Rainha Julia de Bardotta pede a ajuda de seu amigo mais confiável no Senado, Jar Jar Binks. Reconhecendo a importância do equilíbrio espiritual de Bardotta, o Conselho Jedi envia Mace Windu para acompanhar Binks na investigação.
A amada de Jar Jar Binks, a Rainha Julia do planeta Bardotta foi raptada pelo culto sanguinário Frangawl para cumprir uma profecia obscura e antiga. Representante Binks e Mestre Jedi Windu devem encontrar a Rainha desaparecida antes do culto.
Uma missão Jedi encontra um sabre de luz pertencente ao Mestre Sifo-Dyas, há muito tempo morto, levando Yoda, Kenobi e Skywalker iniciarem uma investigação sobre o desaparecimento décadas atrás. Darth Sidious ordena que Darth Tyranus apare quaisquer pontas soltas que possam levar os Jedi a descobrirem a verdadeira conspiração Sith.
Yoda fica profundamente instável quando ouve algo do além-túmulo: a voz de Qui-Gon Jinn. Sabendo que é impossível para um Jedi manter a sua identidade após a morte, o Conselho Jedi começa a se preocupar que Yoda possa ser corrompido pela influência do lado escuro. Determinado a encontrar respostas, Yoda escapa do Templo Jedi para acompanhar a voz desencarnada.
Deixando a Força guiá-lo, Yoda viaja para o coração da galáxia de um mundo antigo, que é uma das fontes da Força e da fonte de midi-chlorians. Yoda passa por provações difíceis administradas pelas cinco sacerdotisas, misteriosas manejadoras da Força, que possuem o segredo da imortalidade.
Depois de muitos ensaios exaustivos, Yoda viaja para a antiga terra natal dos Sith, Moraband, onde ele deve enfrentar um antigo mal que está determinado a governar a galáxia.
O Capitão Rex e os Mal Feitos se infiltram em uma base inimiga em Anaxes.
Anakin Skywalker, Rex e os Mal Feitos fazem uma descoberta chocante em Skako Menor.
Após a fuga, Anakin Skywalker e os clones defendem um vilarejo local.
Anakin Skywalker e os Mal Feitos tentam garantir uma vitória para a República.
Ahsoka faz amizade com uma piloto, mas deve esconder seu passado Jedi enquanto tenta deter um droide
Trace toma uma decisão precipitada depois de saber o que transportam para o Sindicato dos Pyke.
Aprisionadas pelos Pykes, Ahsoka e as irmãs Martez tentam escapar.
Ahsoka faz um acordo pela liberdade das irmãs e descobre uma coisa surpreendente.
Anakin e Obi-Wan devem decidir se ajudam Ahsoka a capturar Maul ou resgatar Palpatine.
Ahsoka e as forças da República enfrentam Maul em Mandalore.
Enquanto Ahsoka vai entregar Maul aos Jedi em Coruscant, a Ordem 66 é declarada.
Com a galáxia em caos, Ahsoka e Rex estão em uma corrida para garantir sua própria sobrevivência.
