Depois de aprender ensinamentos heréticos sobre a Terra e o Sol, uma criança-prodígio procura as pesquisas secretas de seu mestre e tenta escapar da Inquisição.
Um jovem talentoso planeja cursar teologia na universidade, mas sua verdadeira paixão é a astronomia. Um dia, ele conhece Hubert, um misterioso acadêmico.
Rafal fica fascinado pela teoria heliocêntrica de Hubert. Um inquisidor aparece para prender Hubert, que entrega um objeto precioso nas mãos de Rafal.
Nowak convence Potocki a admitir a heresia de Rafal. Agora preso, Rafal tem que escolher: negar sua crença no heliocentrismo ou se submeter à tortura.
O duelista Oczy deseja a morte para escapar de seu mundo sem esperança e ir para o céu. O colega dele encontra sentido na vida observando as estrelas.
Gras interrompe a missão e se coloca em perigo mortal com Oczy por causa de Nowak. Ambos fogem para as montanhas, onde encontram um baú de pedra.
Oczy busca a ajuda de Badeni, o monge rebaixado que provocou a ira da Igreja ao se interessar pelos enigmas do céu.
A talentosa Jolenta é discriminada por ser a única garota em um instituto de astronomia. Badeni busca recursos para comprovar a teoria heliocêntrica.
Badeni oferece a Jolenta a chance de perseguir a verdade dos céus, mas ela é tomada pelo medo. Em seguida, ela ouve por acaso palavras ousadas do Conde Piast.
Mais velho, Piast promete provar o modelo geocêntrico de seu professor. No presente, ele concorda em deixar Badeni usar seus registros, mas com uma condição.
Oczy diz a Badeni que está aprendendo a ler e escrever. Ao afirmar que o conhecimento deve ser restrito a um grupo seleto, Badeni incomoda outro monge.
Nowak dá a dois novatos uma amostra aterrorizante de suas novas funções. Badeni se encontra com Jolenta e diz que completou sua teoria.
Nowak pede que Badeni lhe mostre sua pesquisa. Ele vasculha as instalações de Badeni, mas não encontra nada que o incrimine, até ver um objeto.
Oczy acorda em uma área médica dentro da câmara de inquisição e vê Nowak, que o manteve vivo para tentar extrair informações.
Badeni precisa escolher entre revelar onde estão os documentos hereges sobre a teoria heliocêntrica ou prolongar a tortura de Oczy nas mãos de Nowak.
Nowak acredita que sua amada filha foi executada como herege. O padre Grabowski encontra uma carta de Badeni com um pedido fora do comum.
Vinte e cinco anos depois, o capitão Schmidt, da Frente de Libertação Herege, invade uma igreja e rouba um objeto importante.
Uma jovem nômade assombrada pela pobreza dedica a vida a ganhar dinheiro. Uma noite, ela descobre o livro que Frei escondeu na aldeia abandonada.
O bispo Antoni ordena que Draka entregue o livro, mas os homens de Schmidt intervêm. Decidida a mudar seu destino, ela toma uma atitude ousada.
Na esperança de encontrar os responsáveis pelo roubo do livro, um inquisidor pede ajuda a Nowak, que agora passa seus dias afogando as mágoas.
Antes da partida da Frente de Libertação Herege, Jolenta entrega uma carta a Draka. Pouco depois, Nowak e os inquisidores chegam ao celeiro.
Schmidt e os companheiros reencontram os aliados da Frente de Libertação e começam a imprimir o livro. Mas uma traição coloca tudo em risco.
O grupo de Nowak ataca a Frente de Libertação. Draka e Schmidt iniciam sua fuga. Ao chegar à cidade, Draka faz uma proposta ao bispo Antoni.
Nowak se volta contra Antoni e tenta botar fogo na igreja. Draka revida tenta escapar, mas acaba com um ferimento grave.
Durante uma entrega de pão em uma igreja, Albert encontra um padre misterioso que o incentiva a confessar seus pecados.
Ao voltar para casa, Albert encontra uma cena devastadora. No presente, o padre aconselha Albert e faz sua própria confissão.
