Infectado por nanites alteradores de moléculas, Rex, um garoto de 15 anos, possui a habilidade de fazer crescer máquinas incríveis de seu corpo. Recrutado por uma organização chamada Providência, Rex ...
Rex derrota e cura um E.V.O. gigante que destruía uma cidade e o transforma em um homem novamente. Criticado por seus superiores por causa de sua imprudência e frustrado por sua falta de liberdade, Rex deixa a Providência ao lado de Haha e parte em uma viagem. Na cidade, ele conhece um grupo de jovens e usa seus poderes para pegar refrigerante de graça em uma máquina.
Rex é enviado a uma missão em Manhattan, onde um EVO humano chamado Peter Meechum, que tem o controle de seus nanites, está transformando os humanos em zumbis infectados. Rex tenta curá-lo, mas o Cavalheiro Branco tem seus próprios planos.
Na esperança de finalmente poder fazer algo normal, Rex planeja uma nova escapada, levando Noah e Haha ao destino turístico de Cabo Luna para comemorar a chegada da primavera. Durante um jogo de vôlei, ele se apaixona por uma garota chamada Cirene.
Enquanto investigam um buraco misterioso no zoológico da Providência, Rex e Noah se deparam com uma incrível aranha E.V.O.
Rex viaja pelo deserto e se depara com uma equipe de construção que está sendo atacada por ratos. Ao tentar salvar o grupo, ele é convidado pelo chefe, Jacob, para conhecer um vilarejo.
Depois de absorver nanites de E.V.O.s curados, Rex sofre as consequências. E ele é levado a uma base remota da Providência no Ártico chamada Paraíso para que os nanites em excesso sejam extraídos e armazenados.
Agentes da Providência se mobilizam para deter Van Kleiss quando ele chega a Nova York a bordo de uma gigantesca baleia E.V.O., mas são forçados a recuar quando descobrem que o vilão está lá para se dirigir à ONU.
Rex acorda em um colégio interno assustador e vazio, mas repleto de manequins e animais empalhados. A Providência capturou Branca, e, enquanto Seis e Haha são detectados em um deserto qualquer, Rex não pode ser localizado.
Pessoas poderosas recebem pacotes cheios de substâncias que ativam nanites e os transformam em EVOs destrutores. O Cavalheiro Branco envia Rex, Seis, Haha e a Doutora Holly à Amazônia para proteger uma base abandonada.
Uma equipe de soldados da Providência, liderada pelo Capitão Calan, que carrega um importante dispositivo de informação, é atingida. Rex, Seis e Haha são chamados para resgatar o dispositivo e os sobreviventes da tripulação.
Rex é seguido por um coelho E.V.O. carnívoro que ele havia insultado. Surpreendentemente, toda vez que eles se encontram, Rex encara uma derrota humilhante. E ele se sente ainda pior quando Noah o convence a acompanhá-lo ao baile de formatura.
Enviado para uma missão em Hong Kong com o Agente 6 para deter três criminosos E.V.O.s, Rex descobre que um membro da gangue chamado Tuck o conhecia, apesar de não se lembrar dele.
Uma pulga que Rex estava cuidando é destruída por um justiceiro E.V.O. que utiliza uma arma avançada capaz de fazer os nanites se autodestruírem.
ZAG-RS tenta destruir os nanites de uma vez por todas e invade um satélite de Providência, que leva a Doutora Holiday. Ao desconectá-lo para evitar que ZAG-RS fuja, o satélite começa a cair sobre a Terra.
Rex recebe uma ligação de Cirene, que afirma que há um problema no Abismus; Agente Seis e Doutora Holly vão ao encontro de Rex quando uma anomalia é detectada; Macaco Haha coordena uma missão para distrair Cavaleiro Branco.
Rex enfrenta um grupo de gafanhotos mutantes que se alimentam de metal, deixando para trás um rastro de destruição. Mas derrotá-los não será tarefa fácil. Quando são atacados, os gafanhotos se dividem em dois.
Rex decide ir ao campo de treinamento da Providência, em uma tentativa de superar Noah. No acampamento, eles devem dissecar E.V.O.s, fazer abdominais até vomitar e também escovar os dentes de uma forma bem específica.
Um vírus poderoso põe toda a América do Norte parar dormir em um sono profundo. Os E.V.O.s são imunes, mas Macaco acaba infectado, tornando Rex o agente solitário enviado pelo Cavaleiro Branco para cuidar do surto.
É o aniversário de Rex e Seis começa a lembrar como era quando a Providência estava se formando.
Um enorme comboio da Providência comandado por Seis transporta uma carga de nanites instáveis pelo deserto. Rex, Macaco e Noah recebem a missão humilhante de transportar o papel higiênico da força em um caminhão todo arrebentado.
Rex e Noah voltam para a sede da Providência quando recebem a notícia de que bases da organização ao redor do mundo estão sendo atacadas. Tendo perdido seus poderes de controlar a natureza para Rex, Van Kleiss decide se vingar.
Van Kleiss transforma Noah em um EVO, e Rex precisa entrar em ação para evitar que seu melhor amigo vire um monstro.
Após o ataque de um E.V.O. a um navio de pesquisa, Rex e Seis são chamados para recuperar um material nuclear da embarcação. Se não for recuperado, o material destruirá as áreas próximas.
Enquanto lutam contra um E.V.O., Rex e Macaco descobrem que está havendo uma festa no meio do deserto. E Cavaleiro Branco os convoca para uma missão justamente nesse mesmo evento.
Rex é enviado em uma missão a Kiev para consertar o escudo e Van Kleiss surge para recrutar um vingativo E.V.O. Rex descobre que os Mutantes também estão lá com Cirene e os segue disfarçado.
Depois de deter outro coelho E.V.O., Rex suspeita de que haja algo errado com Macaco, que de repente começou a ser gentil e a ajudar na Providência.
O agente Um se torna um E.V.O. e o agente Seis pede a ajuda de Rex para curá-lo. A missão é arriscada e representa um perigo real para Rex.
Rex luta contra uma estrela-do-mar E.V.O. e começa a entrar em momentos de transe, com máquinas estranhas que são construídas com o seu corpo.
Cavaleiro Branco é alertado e presume que uma organização esteja vendendo E.V.O.s para Van Kleiss. Ele então envia Rex e Macaco para a América do Sul.
Sabendo dos problemas de Noah com as garotas, Rex organiza um encontro duplo com Annie e Claire, e eles vão assistir a um filme de terror. O plano acaba sendo uma furada quando as duas se penduram em Rex deixando Noah irritado.
Rex descobre que dois ex-agentes da Providência chamados Rombauer e Lansky estão combatendo pequenos E.V.O.s em Coney Island. Enquanto eles lutam contra um sapo E.V.O., Rex vai falar com os ex-agentes e acaba os ajudando. Mas o sapo consegue escapar.
Noah convence Rex a se matricular no seu colégio para competir em um torneio de pingue-pongue. Os três ex-parceiros de Noah foram hospitalizados em jogos contra uma equipe de outra escola, e Rex descobre que eles são gêmeos.
Rex começa a investigar uma área livre de nanites dentro de uma tempestade de areia e percebe que Van Kleiss, Biolobo e Escalamandra estão entrando nela. Rex e Van Kleiss acabam ficando presos em um buraco que leva a uma caverna subterrânea.
Rex e Cesar vão a uma aldeia no México para visitar sua avó adotiva. Mas ela está escondendo algo.
Branca vai a Hong Kong, já que seu mestre tem uma missão importante para ela, que envolve Quarry.
Dr. Brandon Moses desenvolve uma cura para doenças incuráveis e Dra. Holly se interessa. Seis, Rex e Cavaleiro Branco desconfiam de algo.
Uma equipe de repórteres recebe passe livre para filmar as operações da Providência. Notícias ruins chegam a cavalo.
Rex fica de castigo sozinho na Providência, e Noah o convence a dar uma festa. Porém, apenas quatro fracassados e um E.V.O. aparecem.
Um esforço para restaurar a memória de Rex acaba fazendo com que Seis perca quase todas as suas lembranças. Agora, transformado em sua versão menos sofisticada, Rex deve ajudá-loa se tornar do mercenário impiedoso que ele era no mentor que agora é.
A habilidade de Branca de criar portais é artificialmente aperfeiçoada por Van Kleiss, a tal ponto que agora ela consegue criar portais dourados que permitem viagens no tempo.
Depois de Branca deixar Rex seis meses no futuro, Rex visita um futuro alternativo em que a Amazona Negra é a líder da Providência. César trai Rex e ajuda Amazona Negra, como Van Kleiss disse no episódio 33: "Não confie demais no César, ele não é quem você pensa ser".
Rex começa a competir em uma corrida de motos.
Ben e Rex devem colocar suas diferenças de lado para salvar a galáxia de uma ameaça mecânica monstruosa conhecida como Alpha Nanite, e devem encontrar uma maneira de usar suas abilidades em conjunto para superar o vilão gigante.
Ben e Rex devem colocar suas diferenças de lado para salvar a galáxia de uma ameaça mecânica monstruosa conhecida como Alpha Nanite, e devem encontrar uma maneira de usar suas abilidades em conjunto para superar o vilão gigante.
Noah leva Rex para o estúdio do seu programa favorito.
A turma vai ao Egito, onde um E.V.O. bem estranho aparece.
Rex se mete em confusão durante uma busca a seus óculos que foram perdidos em uma batalha.
Rex planeja uma pegadinha com Noah e atrai Bobo para o plano.
Rex deve se infiltrar na Nova Providência, liderada pela Amazona Negra.
Rex e Noah transportam um E.V.O. que tem a habilidade de se interferir com os poderes de Rex.
Rex corre para Abysmus na esperança de vencer a Amazona Negra.
Rex descobre que Quarry está usando colares da Providência para transformar seus velhos amigos, Tuck, Skwydd e Críquete, contra ele novamente.
Seguindo Van Kleiss em sua jornada de volta ao presente, algo está atrás dele.
Sirene se junta a Rex e compania, mas ela está agindo de um modo estranho.
Rex descobre que herdou uma fazenda na Argentina, e leva Noah, Claire, e Annie junto para dar uma olhada.
Gato da Selva retorna e ajuda Rex e Seis a derrotar o Consórcio,mais acabam mesmo é achando mais um Mega Nanite
Os 4 piores inimigos de Rex escapam da providência, e para atrasar Rex,eles soltam todos os outros EVOs dentro de suas selas!Rex tem que lutar com seus inimigos mais no final ele consegue os prender em um escudo!Por este tempo todo a Amazona Negra estava pegando outro nanite mestre...
A Amazona Negra ataca a Equipe de Defesa da Providência e rouba os Meta-Nanites que ela possui
Rex deve arriscar perder sua memória para derrotar o Consórcio. Então Rex consegue se comunicar com os nanites de controle mestre e cura todos os EVO's do mundo, mais Van Klais consegue fugir com ajuda da Branca.
