Futuro distante: a humanidade se estabeleceu em Latifúndios, cidades-fortalezas erguidas sobre os destroços da guerra, e a civilização floresceu. Nessa cidade, há o Mistilteinn, um quartel de pilotos ...
O mundo está em ruínas, e as crianças são a última esperança da humanidade. Incapaz de atender às expectativas, Hiro decide se afastar de tudo... Até conhecer uma garota com chifres.
Os Parasitas tentam aceitar o fato de que Hiro pilotou a Strelizia. Nem mesmo o próprio consegue acreditar. E a tensão só aumenta quando o obrigam a participar de uma batalha de testes.
Depois de sua falha no teste, o clima fica bem estranho entre Ichigo e Hiro, que decide pedir para pilotar de novo com a Zero Two.
Com a equipe ainda sentindo os efeitos colaterais da missão anterior, os líderes perdem a paciência e convocam Strelizia de volta para a linha de frente.
É hora dos Latifúndios 13 e 26 começarem a se Beijar, e o esquadrão se prepara para a terrível batalha que isso causará. Eles também têm que se acostumar a enxergar Hiro como parceiro da Zero Two.
Ichigo, Goro, e o resto do Esquadrão 13 travam a batalha mais perigosa de suas carreiras, tentando não pensar no fato de que esta é a terceira vez que Hiro e Zero Two pilotam juntos.
O Esquadrão 13 ganha merecidas férias, após defender os Latifúndios numa batalha feroz. Eles viajam para um lugar inesperado, onde encontram algo ainda mais surpreendente.
Os garotos se metem numa situação complicada, causando uma rixa no Esquadrão 13. Conseguirão eles superar suas diferenças? E como Zero Two reagirá à mais humana das disputas?
Logo depois de Goro se dar conta de seus sentimentos, ele se vê metido num perigo sem tamanho. Como ele e Ichigo vão reagir a um cenário tão mortífero?
A APE decide recompensar o Esquadrão 13 para acelerar seu desenvolvimento. A cerimônia é realizada num lugar onde Zorome sempre quis morar, e lá ele conversa com alguém com quem sempre quis conversar.
O crescimento do Esquadrão é notável, mas a pontuação do Chlorophytum continua diminuindo. Com isso em mente, Nana e Hachi propõem uma troca de parceiros, e surge uma voluntária que ninguém esperaria.
O Esquadrão 13 volta para o Jardim para realizar testes. O estado emocional de Zero Two piora a cada dia. Eles conhecem Nine Alpha, que conta alguns dos segredos dela, mas os fatos mais reveladores vêm da própria...
Nas mais profundas e sombrias partes de uma floresta, vivia uma forte e bela princesa feral. Guiada pela Lua, ela foi parar por acaso numa terra de humanos, e no jardim enluarado de um pequeno castelo, ela se apaixonou por um príncipe.
As notícias sobre o estado de Hiro mudam toda a dinâmica do Esquadrão 13, para a infelicidade de Zero Two. Ela só quer conversar com Hiro, mas todos tentam impedi-la.
A batalha feroz para conquistar a Grande Crevasse tem início, e Hiro é forçado a ficar para trás e apenas assistir. Zero Two deixou o esquadrão, mas eles ainda estão preocupados com seu jeito de lutar.
Após a batalha na Grande Crevasse, o dia-a-dia dos Parasitas muda drasticamente - assim como a atitude de Zero Two perante todos eles.
Tendo conquistado a Grande Crevasse, emissários são enviados para exigir a rendição da líder dos urrossauros. Enquanto isso, os Nines visitam o Esquadrão 13, e uma chocante revelação surpreende a todos.
O Esquadrão 13 fica sabendo que terão de deixar Mistilteinn em breve, mas decidem criar um último momento marcante antes de deixar o lugar para sempre.
O Prof. Franxx confronta o alto escalão da APE, discordando do que fizeram com Kokoro e Mitsuru, e a atitude deles o leva a refletir sobre seu passado, as escolhas que ele e a humanidade fizeram, e os caminhos que tomou.
A humanidade dá início a uma operação para exterminar os urrossauros de uma vez por todas, e a APE envia Strelizia para assumir o controle da Entidade Estelar, a maior arma que os inimigos possuem. Contudo, a Princesa Urrossauro tem outros planos em mente.
A destruição da Terra parece iminente e inevitável. Mas diante do cataclisma, Zero Two decide que vai cumprir com sua promessa, custe o que custar.
Hiro está desolado com o estado catatônico de Zero Two, e as crianças têm dificuldade em aceitar a nova realidade. Obrigadas a lutar sozinhas para sobreviver, que caminho será que as crianças vão tomar?
O esquadrão parte rumo ao espaço, para travar o que acreditam ser a batalha final. Mas Kokoro e Mitsuru ficam na Terra para encarar um desafio só deles.
Hiro e Zero Two partem para o planeta natal da VIRM com o intuito de derrotá-los, enquanto o resto do Esquadrão 13 faz de tudo para que a volta na Terra volte a ser o que era.
