Tóquio, Japão, no ano de 2040. Reito, um jovem que sofre de uma doença intratável, decide entrar em um sono criogênico para se curar, e desperta cinco anos depois num mundo completamente transformado....
Reito é apaixonado por uma amiga de infância, mas precisa se separar dela por cinco anos, enquanto aguarda a cura de uma doença que pode matá-lo. No entanto, ao acordar, descobre que quase toda a população masculina se foi, e a humanidade precisa dele para escapar da extinção.
Após passar parte do susto ao despertar em um mundo muito diferente, Reito começa a sofrer pressões para que fecunde o maior número possível de mulheres. O desaparecimento de sua amiga de infância ainda o preocupa, no entanto.
Shouta é mais um garoto que precisou ficar adormecido à espera de uma cura para a esclerose celular. Mas sua vida já era insuportável antes disso, e poder fugir de seus problemas, sonhando com um mundo melhor, foi um alívio.
A vida de Shouta mudou completamente, agora que ele recebe um aparente respeito e tem contato direto com garotas. Mas essa mudança trouxe também muitas dúvidas e suspeitas que ele não consegue conter.
Reito continua com sua pesquisa para encontrar uma cura para o vírus MK, mas suas investidas não surtem o efeito esperado, e é preciso conseguir mais pistas das origens do vírus. E logo ele terá essa chance.
Após o incidente com a pessoa que poderia fornecer pistas sobre o vírus MK, Reito tem em mãos algo que pode ser a chave para muitas respostas.
Shouta ainda tenta se acostumar a sua nova vida e às novas regras do mundo, mas não consegue aceitar o fato de que todos apenas o usam. Até mesmo a pessoa que ele mais ama no momento parece traí-lo.
Shouta ainda não consegue compreender por completo a mudança que ocorreu em sua vida, mas alguns acontecimentos mostram que pode se aproveitar da situação.
A chegada da Mensageira vinda do QG Mundial da UW anuncia que algo importante está para acontecer na filial japonesa, o que coloca as diretoras locais em alerta. Enquanto isso, Reito parece estar perto de conseguir mais informações sobre as origens do vírus MK.
Após o incidente na escola, Shouta acorda no hospital. Ações terroristas simultâneas aconteceram e um dos únicos homens vivos foi raptado.
Enquanto Shouta entra em uma nova fase de sua vida e começa a ajudar Karen em seu plano, Reito recebe a ajuda de várias pessoas na busca por uma cura para o vírus MK, mas antes ele precisa sair do controle da organização UW.
