Trinta anos após o surgimento de uma doença que transforma os infectados em insetos carnívoros, um jovem exterminador e uma adolescente procuram a mãe da garota.
Enquanto trabalhava como segurança para um comerciante, o exterminador Kidow intervém quando os insetos atacam e promete levar a jovem Ilie para sua mãe.
À medida que assassinatos horríveis vêm à tona, Kidow suspeita que não sejam obra de insetos. Quando Ilie vai ao mercado, alguém rouba sua bolsa.
Ilie faz amizade com o líder dos Ratos Vermelhos. No Mario Garden, Kidow recebe uma carta e um mapa marcado com os locais dos assassinatos.
O exército se prepara para exterminar um inseto à espreita na areia abaixo do E-05. Ainda arrependido de suas ações há cinco anos, Qasim se oferece como isca.
Ilie aprende com Mario como o pai adotivo de Kidow, Lazarus, lhe ensinou as duras lições de sobrevivência no Extremo Oriente infestado de Cagaster.
Um homem que afirma ser o pai de Ilie chega para levá-la embora. Ela e Kidow tentam fugir, mas são emboscados por Acht antes que possam escapar.
Procurando pistas sobre o passado de Ilie, Jin e Kidow descobrem uma mensagem que Griffith gravou para Franz, explicando suas ações e as origens de Ilie.
As forças de Adham planejam derrubar o Bazaar Overseer e transformar o E-05 em uma gaiola de insetos. Kidow escapa para E-07, onde Ilie agora é mantida prisioneira.
Kidow se infiltra na torre principal do E-07 em busca de Ilie. Depois de descobrir a verdade sobre suas origens, Ilie se proclama a próxima rainha da jaula.
Reunidos, Ilie e Kidow sobem para a sala do trono, mas o destacamento de segurança de Adham e vários Cagasters estão em seu caminho.
Gravemente ferido, Franz guia Ilie até os aposentos da rainha e dá a ela o controle sobre o destino de Tania. Acht e Kidow se enfrentam pela última vez.
Quando a batalha entre as forças de Salif e os defensores do E-05 chega ao fim, os sobreviventes dentro da torre principal do E-07 confrontam seu futuro.
