No anos de 1614, no auge do Japão Feudal, para resolver a disputa pela sucessão do Xogunato, Ieyasu Tokugawa quebra um acordo de paz feito entre os clãs rivais de Tsubagakure Iga e de Manjidani Kouga,...
Com Lord Ieyasu chamando Ogen e Danjo - líderes do clã ninja Iga e Kouga, para demonstrar as próprias habilidades de cada ninja de elite. Impressionado, Ieyasu declara a batalha contra os clãs para determinar o próximo Shogun.
Após a morte de Ogen e Danjo, sem saber que morreram, Gennosuke e Oboro estão planejando seu casamento que pode unir e trazer paz aos clãs. No entanto, o clã Iga aguarda com expectativa a guerra contra o clã Kouga depois de obter um pergaminho.
O clã Iga sai para caçar e matar Kazamachi, que tem o segundo pergaminho. Com Tenzen liderando, alguns membros do clã Iga planejam garantir que nenhuma notícia do início da guerra se espalhe para os Kouga.
Pensando que a paz virá em breve, Gennosuke e Udono comemoram com Oboro e os Igas. No entanto, o clã Iga planeja assassinar Gennosuke e Udono durante a festa.
O clã Kouga está preocupado com a declaração de Gennosuke em Tsubagakure, mesmo eles foram informados sobre o tratado de paz. Eles não foram informados sobre a guerra que surgiu entre os clãs. Saemon decide enviar sua irmã mais nova, Okoi, para encontrar Gennosuke.
Os Kougas agora sabendo que algo drástico deve acontecer em Sunpu, decidem investigar sabendo que os Igas não atacariam sua aldeia se a paz estivesse chegando. No entanto, quando os Igas voltam para casa, eles veem Okoi, um dos Kouga Ten listados, e decidem mantê-la em cativeiro.
Enquanto Rousai ataca Okoi para descobrir as habilidades de luta dos Kougas restantes vivos, Koshiro é enviado para dizer a Oboro que ela deve se encontrar com Tenzen. No entanto, quando Saemon é capaz de entrar em Tsubagakure disfarçado de Yashamaru, o que ele vê será a coisa mais horrível de sua vida.
Com Tousai morto e o pergaminho ninja do senhor Teyasu perdido para o Iga, o plano de destruir o Kouga despercebido está lentamente desmoronando. Com suas últimas palavras, Okoi diz a Saemon a verdadeira localização do registro. Determinado a sair vivo, Saemon vai segurar seu ardil por tempo suficiente para sair com o pergaminho em suas mãos e se vingar pela morte de sua irmã ao longo do caminho.
Com o pergaminho agora na posse de Gennosuke, ele toma a decisão de se envolver em guerra ou não. No entanto, sendo atacado por Koshiro e os outros ninjas mortais, Gennosuke pode ter dificuldade em sair da vila.
Duas mulheres que se odeiam e um garotinho podem estar ligadas ao motivo pelo qual Iga e Kouga se odeiam neste momento.
Gennosuke devolve o pergaminho para o Iga e emite um desafio de que, se eles atacarem a vila Kouga, serão aniquilados. As pessoas que restaram podem viajar para Sunpu e se juntar a eles. Tenzen aceita o desafio
Depois de cegar Gennosuke, Saemon persegue Hotarubi, que o engana fazendo-o seguir suas borboletas. Uma batalha se interrompe entre os dois.
Saemon, agora com a aparência de Nenki, começa a enfrentar Hotarubi. Enquanto os Kouga se preparam para continuar para Sunpu, Tenzen sabendo que não podem esperar por Nenki e Harutobi, lidera os Igas através do oceano na esperança de parar Gennosuke antes que ele chegue ao seu destino.
Enquanto o resto dos Igas cruza o mar, Tenzen avança em direção a Oboro, deixando Koshiro dividido entre seu mestre e o líder do clã. Com toda a confusão, isso é a oportunidade perfeita para um inimigo fazer seu movimento.
Ainda no mar, Gyobu usa sua arte para se movimentar livremente para cuidar do Iga restante, mas Tenzen prova ser um inimigo difícil de matar.
Em um momento mais leve antes da desintegração do pacto de não-hostilidades, a conversa sobre um casamento arranjado agitou os clãs, mas alguém poderia se casar com um cônjuge que eles sabiam ser seu inimigo?
Enquanto os Kogas continuam sua jornada para Sunpu, o falcão de Oboro voa carregando um pergaminho. Enquanto dois ninjas perseguem o falcão, Tenzen faz seu movimento apenas para encontrar algo que ele não esperava.
Enquanto Hyoma e Koshiro lutam, é revelado que Hyoma era o mentor de Gennosuke, ensinando-o a usar sua habilidade.
Oboro e Akeginu descobrem os corpos sem vida de Hyoma e Koshiro. Pensando que Koshiro foi morto por Hyoma, Akeginu apunhala repetidamente o corpo já morto de Hyoma.
Akeginu jura vingança contra Kagero depois que Tenzen revela que Koshiro foi morto pela respiração de Kagero.
Kagero decide matar Oboro, depois de dizer a Gennosuke que ela a matou querendo gratidão. Ela, no entanto, é pega em uma armadilha causada por Tenzen.
Oboro lança um desafio para tirar Gennosuke do esconderijo. Enquanto isso, com Kagero cativo, Tenzen a tortura com agulhas. Gennosuke finalmente chega.
Com Tenzen derrotado, Gennosuke leva Kagero embora. No entanto, querendo estar com ele, ela tenta matá-lo com seu hálito venenoso. Os olhos de Oboro estão finalmente abertos.
A última batalha entre Kouga e Iga, determinando quem herdará o título de Shogun. Oboro e Gennosuke se enfrentam pela última vez.
Uma década depois da destruição dos clãs ninjas de Kouga e Iga, apenas dois sobreviventes permaneceram da vila oculta. Mas o destino ainda reserva surpresas para os ninjas...
Hachirou quer deixar a vila ninja e começar uma nova vida. Ele e Hibiki estão destinados a nunca ficar juntos e ele teme seus poderes.
Uma força maligna ascende das sombras enquanto atacam os Cinco Tesouros. Ele realmente é um ninja?
O assassinato dos Kouga e Iga continua e agora os Joujinshuu envolveram os Cinco Flores. O que eles são e o que querem?
Os Joujinshuu continuam atacando os ninjas e Hachirou é obrigado a entrar na briga.
Muitos anos se passaram. Os ninjas sobreviventes estão escondidos e Hachirou desapareceu. Os Joujinshuu parecem ter sumido. Será que esses dias de paz prevalecerão?
Assim que o castelo negro surge nas florestas, próximo à casa de chá, Hachirou é chamado para conversar com Tadanaga. Nesta ocasião, ele sabe de toda a verdade sobre o incidente de quatro anos atrás.
Os ninjas se preparam para a tempestade de Murakumo enquanto Hachirou escapa das armadilhas preparadas por Suruga!
Hachirou está determinado a acabar com Joujin e seus seguidores, mas seu inimigo tem planos mais intensos do que se pode imaginar.
O daimyo local arma um ataque ao castelo de Murakumo. Sem sucesso, Tenkai considera que somente ninjas conseguiriam acabar com aquele local...
Quando os ninjas estavam se preparando para atacar o castelo Murakumo, a armadura de Shikibu acaba se quebrando. Gorone e alguns ninjas permanecem para reconstrui-la, mas a separação do grupo cria a situação ideal para os inimigos.
O ataque à Murakumo começa e a primeira parte do plano é acabar com as tropas de guarda, mas muitas surpresas o aguardam...
Utsutsu relembra sobre como adquiriu sua técnica de ilusão enquanto o ataque ao castelo continua.
Hadaebou infiltra-se no castelo de Murakumo, enquanto Hachirou enfrenta Joujin sem usar sua técnica ocular. Nesse meio tempo, os demais ninjas continuam tentando derrubar o castelo misterioso.
O castelo Murakumo sumiu e aparentemente os Joujinshuu desapareceram também. Os ninjas retornam às suas rotinas, mas será que realmente a paz retornou?
Murakumo ressurge! Agora o castelo é móvel e está lentamente indo em direção à Edo. Os ninjas tentem invadi-lo, enquanto Hachirou enfrenta outros problemas.
O servo de Tenkai invade Murakumo com uma missão: trazer Suruga-sama de volta; caso isso dê errado...
A tentativa de Hadaebou de resgatar Suruga-sama não vai como o planejado. Enquanto isso, Hachirou reúne-se com seus companheiros ninja, em prol de uma única pessoa: Hibiki.
Hachirou finalmente chega a Joujin, mas recuperar Hibiki não será nada fácil...
Os ninjas começam aos poucos a entrar em Murakumo e começam a enfrentar problemas piores do que imaginavam. Enquanto isso, Hachirou precisa encontrar uma forma de libertar Hibiki e acabar com Joujin.
Os jovens ninjas vão adentrando Murakumo, enfrentando os aliados de Joujin. No meio de toda essa batalha, Hachirou precisa encontrar uma forma de conseguir derrotar o líder dos Joujinshuu sem prejudicar Hibiki.
Em meio à resistência, Joujin se vê forçado a derramar o sangue de Hibiki e Hachirou por si mesmo, porém é surpreendido por um aliado.
Nobunaga revive e mostra a que veio. Os ninjas restantes lutam para parar o Rei Demônio do Sexto Paraíso e, no processo, algo que deveria ser impossível acontece.
O destino de Edo está nas mãos de Hibiki e Hachirou, que precisam acabar com os Joujinshuuu para que a paz reine. Qual será o resultado desta batalha final?
