A história começa numa cidade futurista chamada Romdo, construída para a proteção dos cidadãos após o apocalipse ambiental global. Nesta utopia, humanos e androides coexistem uns com os outros, num am...
Quando ocorre uma série de ataques misteriosos envolvendo AutoReivs infectados por Cogito, Re-l é designado para investigar e encontra um monstro humanóide. Mais tarde, ela é atacada por dois desses monstros em sua casa.
Re-l luta para convencer seus colegas de seus encontros com os monstros, que ela descobre serem chamados de Proxy. Ela é afastada da investigação e descobre que Iggy teve suas memórias de eventos recentes apagadas. Enquanto isso, Vincent se vê fugindo de um procurador e depois das autoridades da cidade.
Romdo não é mais um porto seguro para Vincent. Ele está tentando evitar a captura pelas autoridades. Enquanto foge, ele se depara com o AutoReiv Pino infectado. Pino então mostra a ele o caminho para escapar de Romdo para o mundo exterior. Re-l luta para contatar Vincent e descobrir a verdadeira natureza de seu envolvimento com o Proxy.
Vincent e Pino são acolhidos por uma pequena comuna, cujos habitantes vivem do lixo despejado do Domo. Enquanto isso, Raul planeja seu movimento para localizar e capturar Vincent.
Re-l enfrenta o mundo exterior para trazer Vincent de volta a Romdo. Enquanto estava lá, Raul inicia seu plano para capturar Vincent atacando a Comuna com drones de patrulha. O traje ambiental de Re-l é danificado e Vincent é ferido no ataque. As suspeitas de Re-l são confirmadas de que existe uma ligação entre Vincent e os Proxies.
A vida de Re-l fica em perigo quando ela adoece após a exposição ao ambiente hostil. Hoody traça um plano astuto para enganar Raul e voltar para Romdo. Quinn lidera um grupo em uma fuga da Comuna usando o Coelho.
Re-l se recupera de sua doença. Daedalus mostra a ela os mecanismos perturbadores responsáveis pela sobrevivência contínua do Domo. Vincent volta para casa, perdendo lentamente seus companheiros pelo caminho, terminando sozinho com Pino. Um grupo de AutoReivs infectados é liberado em Re-l, Iggy e Daedalus. O episódio termina com Daedalus preenchendo o atestado de óbito de Re-l.
Vincent e Pino tropeçam em Halos devastados pela guerra, onde são pegos em uma guerra entre os habitantes humanos da cúpula e seus AutoReivs autônomos.
Vincent é apresentado a um homem chamado Hauer e aprende algumas verdades sobre Halos e Proxies, descobrindo uma revelação horrível.
Incomodado com os acontecimentos recentes, Raul questiona o futuro de Romdo. Enquanto isso, Re-l e Iggy exploram uma estranha cúpula antiquada habitada apenas por AutoReivs primitivos.
Vincent encontra uma estranha livraria e um velho ainda mais estranho, onde descobre mais sobre sua verdadeira natureza. Re-l e Iggy alcançam o Centzon (o Coelho, o navio voador pelo qual Vincent viaja).
O grupo é confrontado por um vagabundo Proxy e seu companheiro AutoReiv, e Re-l coloca sua nova arma em uso.
Um Iggy infectado fica furioso e sequestra Re-l, partindo para matar Vincent. Re-l é novamente confrontado pelo sem-teto AutoReiv.
Enquanto descansam em uma cúpula há muito abandonada, estranhas ocorrências acontecem e as vidas do trio estão em perigo.
Encontrando-se em um bizarro game show ao vivo, o conhecimento de curiosidades de Vincent é posto à prova enquanto ele luta por sua vida.
Quando os ventos diminuem, o trio fica preso a bordo do Centzon e Re-l se vê lutando para manter sua sanidade.
Romdo está em alerta máximo enquanto procuram o fugitivo Raul, que planeja ativar uma arma mortal. Enquanto isso, o trio descobre estranhos humanóides vivendo dentro de um sistema de cavernas tóxicas.
O trio chega à devastada Mosko, a cidade natal de Vincent, e descobre que as verdades levam a Romdo.
Pino explora a misteriosa Smile Land com o NaKaMa e confronta o Criador da cidade.
Vincent se vê preso na consciência de Re-l e observa impotente o desenrolar dos eventos.
Um surto de Cogito se espalha por Romdo e a cidade cai no caos. Vincent incita o povo à revolta, levando-o a caçar e matar todos os AutoReivs.
Enquanto a cidade continua a desmoronar, Vincent e Re-l encontram Proxy One. Raul se arrepende e se desespera e sai em busca de Pino.
As peças são tocadas e as revelações descobertas quando a luta final começa. Monad a faz voltar e tenta convencer Vincent a se juntar a ela.
