Um samurai enviado através do tempo luta para voltar para casa e salvar o mundo.
Um demónio antigo é acidentalmente libertado para despoletar o terror na terra. Depois de saber disso, o Imperador envia o seu filho para aprender as artes samurai e derrotar Aku.
Jack faz amizade com alguns cães arqueólogos falantes e descobre sua localização: No futuro moldado por anos de reinado maligno de Abu. Ele promete ajudar os cães a se libertarem de uma vida de mineração de joias escravizada.
Abu fica sabendo da chegada de Jack no futuro e da ajuda que ele está dando aos cães. Ele envia um enorme exército de drones insetos para destruir Jack e os cães. Jack está ocupado preparando muitas armadilhas para eles, e quando eles chegam, a batalha começa para valer.
Jack entra em contato com uma tribo de criaturas que utilizam sua tecnologia para subjugar um grupo de feras supostamente selvagens chamadas "Woolies". Mal sabe Jack, há mais nesta situação do que aparenta.
Samurai Jack ouve falar de uma ilha misteriosa que possui um poço que pode realizar qualquer desejo. Ele chega à ilha e descobre que o poço não está sozinho.
Samurai Jack torna-se amigo de uma futura comunidade que constrói uma nave espacial para escapar do domínio tirânico de Abu. Jack concorda em ajudar na fuga, lutando contra o bloqueio que orbita o planeta em troca de uma viagem no tempo de volta para casa.
Jack ouve contos sobre uma raça de anfíbios que vivem em uma cidade subaquática e que possuem uma máquina do tempo. Ele os procura, e eles concordam em deixá-lo usar a máquina, mas as criaturas não foram totalmente verdadeiras.
Uma voz misteriosa chama Jack até à entrada de uma gruta, onde ele tem de negociar uma série de desafios antes de enfrentar uma temível criatura feita de lava.
Abu quer derrotar Jack, mas nenhum de seus mercenários consegue vencê-lo. Então, o ser maligno decide criar uma versão má do samurai, o Jack Louco, fazendo o herói enfrentar seu lado negro.
Jack depara-se com uma ponte longa e estreita que tem de atravessar para chegar ao outro lado. Porém, ele tem de derrotar um escocês grande e alto para continuar a sua viagem.
Jack procura a joia mágica que os Woolies disseram que seria capaz de enviá-lo de volta a tempo. Localizando o último sobrevivente da raça que pode revelar sua localização, Jack aprende como encontrar a joia e se encontra com uma mulher em busca da mesma joia. Eles viajam pelo deserto juntos, mas serão capazes de compartilhar a joia se a encontrarem?
Jack decide se unir a um grupo de gângsteres para ajudá-los no roubo de um cristal que pode dar a Abu poder sobre todo o planeta. Porém, Jack também tem seus planos ocultos.
Aku tenta cativar as crianças da cidade ao ler-lhes histórias do “seu” passado heroico. Porém, as crianças só querem ouvir falar de Jack.
Jack cruza-se com um homem-macaco e aceita treinar a tribo dele nas artes da autodefesa se o homem-macaco o ensinar a saltar.
Jack conta aos aldeãos histórias das suas aventuras heroicas com uma minhoca gigante, os comedores de metal e uma gárgula maléfica.
Jack é raptado e obrigado a lutar num coliseu contra os Campeões Supremos da Bofetada.
O Escocês precisa da ajuda de Jack para salvar sua esposa sequestrada, mas essa mulher está longe de ser a angustiada donzela que o Escocês pensa que ela é.
Jack tenta rastrear um grupo de robôs malignos que destruíram todas as aldeias em seu caminho.
Jack reflete sobre sua vida passada quando encontra as ruínas de seu antigo vilarejo.
Três monges imploram a Jack que os acompanhe na sua peregrinação a uma montanha mágica.
Ao sentir um odor insuportável, Jack descobre que um dragão com dores de estômago está acabando com um vilarejo inteiro. Em vez de tentar matar o animal, Jack o ajuda a se livrar da terrível dor.
Abu contrata os melhores caçadores da galáxia para rastrear a mais evasiva das presas: Samurai Jack.
Jack é obrigado a defrontar o lutador mais feroz de Aku, Demongo. Porém, Jack é obrigado a combater todas as almas na coleção de Demongo.
Quando roubam a espada e a roupa de Jack, ele tem de perseguir o coelho branco que as levou, enquanto tenta esconder a sua nudez.
Jack vai para uma batalha que coloca meros 300 homens contra um vasto e interminável exército de robôs e seu líder maligno.
Um bando de motociclistas destrói as sandálias de Jack, e ele sai em busca do calçado perfeito.
Jack é transformado em um frango por um bruxo excêntrico. Enquanto Jack busca uma maneira de desfazer o feitiço, ele é capturado por um treinador de briga do galo e se torna o ganhador do prêmio Combate de Criaturas.
A filha de um homem é raptada pelos filhos de Abu, e Jack precisa se infiltrar em um show para acabar com o musical que está fazendo lavagem cerebral nos espectadores.
Jack embarca em um trem para seu próximo destino e acaba sendo atacado por uma dupla de briguentos caçadores de recompensas.
Abu leva Jack a um cemitério onde os mortos começam a ressuscitar. Um espírito do mal toma a espada de Jack, fazendo com que ele tenha que se defender de sua própria arma.
Aku solta três monstros egípcios antigos para destruir Jack. Porém, ele só consegue combater os guerreiros sombrios se conseguir responder a uma série de advinhas místicas.
Jack tem de passar por uma criatura da água, uma criatura da montanha e uma criatura voadora para encontrar o portal do tempo e poder voltar para casa.
Uma criatura demasiado amigável começa a seguir Jack, atrapalhando sem querer todos os seus passos na sua demanda para encontrar o portal do tempo e voltar para casa.
Jack e um Bruxo do Pântano viajam aos quatro cantos do mundo colecionando peças que poderão levar o samurai para casa. Porém, quando Abu revela ser o tal bruxo, Jack deve combater essas peças que agora viraram marionetes nas mãos terríveis do vilão.
Jack entra em uma velha mansão assombrada e fica preso nela, vê um vulto e procura saber o que está acontecendo. À medida que o samurai é levado cada vez mais para dentro da construção, descobre que tanto o local quanto seus habitantes têm planos.
Jack cai em um santuário escondido e encontra monges que o ensinam o estilo do Mestre Antigo. O filho deste mestre conta para o samurai sobre um portal que pode enviá-lo para casa, mas que, para usá-lo, seus novos amigos devem ser sacrificados.
