Durante a agitação da Era Bakumatsu, havia um guerreiro Imperialista temido como o Battousai, o Retalhador. No entanto, com a chegada da nova era, o Battosai desapareceu dos olhos do público, deixando...
Himura Kenshin, um andarilho de longa data, acaba sendo abordado por uma jovem espadachim, sendo acusado de ser Battousai, o Retalhador.
Mesmo depois de resolver o caso do falso Retalhador, o Estilo Kamiya Kasshin continua sem aprendizes, o que frustra Kaoru.
Pelo resgate do Estilo Kamiya Kasshin, Kenshin decide incentivar Kaoru e Yahiko a se tornarem mestra e aprendiz.
Depois de conseguir assegurar um dinheiro para sobrevivência, Kaoru leva os rapazes para comemorar em um bom restaurante. Lá acabam encontrando uma pessoa peculiar.
O relato de Sanosuke explica o motivo de seu rancor com Kenshin, e os dois travam um incrível duelo.
Devido a uma situação extremamente preocupante, o chefe da polícia resolve conversar com Kenshin.
Kurogasa sequestra Kaoru e deixa uma carta para que Kenshin o encontre na floresta.
Em fuga, Takani Megumi se depara com Kenshin e Sanosuke.
Kenshin e os demais são atacados por Hyottoko, um dos membros do Oniwabanshuu.
Megumi fica no dojo de Kaoru por um tempo até que as coisas se acalmem, enquanto Sanosuke continua indignado com a circulação do ópio, causa da morte de seu amigo.
Kenshin enfrenta Hanya para poder salvar Megumi das garras do Kanryu.
As motivações de Shinomori Aoshi são reveladas e seu duelo contra Kenshin se intensifica.
Kanryu ressurge com sua mais recente aquisição, uma metralhadora Gatling, e agora todos precisam se unir para impedi-lo.
Yahiko tem sumido durante o dia de forma suspeita. Kenshin e os demais resolvem investigar.
Um homem chamado Raijuuta quer se provar o mais forte desafiando todos os dojos da região.
O atrito entre Raijuuta e Kenshin parece arrefecer, e Yutaro inicia treinos no Dojo Kamiya. Porém, a calmaria não passa do presságio de uma nova tempestade.
A grave contusão de Yutaro não freia o ímpeto de Raijuuta, mas será combustível de Kenshin para o último acerto de contas entre os espadachins.
Sanosuke reencontra um antigo aliado do Sekihotai, o que evoca antigos sentimentos.
Sanosuke embarca no plano de Katsu de lançar bombas no ministério, mas enfrentarão a resistência de um retalhador que apoiou a ascensão do governo Meiji.
Kenshin conta a Kaoru e aos demais uma de suas crônicas de andarilho, vagando por Yokohama, auxiliando a prática médica de uma pessoa ocidental.
Kenshin continua contando sua história quando esteve em Yokohama, ajudando um médico estrangeiro.
Estranhamente, Kenshin sonha com seu passado, algo que não acontecia há bastante tempo e isso acaba intrigando o espadachim.
Kenshin enfrenta Akamatsu para obter informações, enquanto Saito o espera calmamente no dojo.
Kenshin descobre o real motivo de Saito tê-lo abordado e fica sabendo de uma situação preocupante.
Todos ficam abatidos com a partida do Kenshin e cada um lida da sua forma sua ausência.
Em Edo, Shinomori Aoshi retorna para confrontar o Battousai e encontra um Dojo Kamiya deserto. No caminho para Kyoto, Kenshin conhece Makimachi Misao, mais um elo que o ligará ao chefe da Oniwabanshuu.
Entre despistar e colaborar com Misao, pensando apenas na segurança dela, Kenshin se vê em uma vila abandonada pelo governo e sob a tirania de Shishio Makoto.
Depois do ataque à vila de Eiji, Kenshin e Saito vão até o encontro de Shishio e Senkaku para acertar as contas.
Depois de enfrentar Senkaku, Kenshin se prepara para batalhar contra Shishio, mas outra disputa acaba entrando no meio.
Enquanto busca ficar mais forte, Sanosuke encontra o monge Anji, que demonstra uma técnica que desperta sua curiosidade.
Ao chegar a Kyoto, Kenshin é apresentado a Okina, um senhor que criou Misao, e descobre sobre seu passado, o de Misao e de Aoshi. Enquanto isso, Kaoru e Yahiko também chegam à cidade.
Em meio aos esforços de reunir toda a Juppongatana em Kyoto, Shishio agora já conta com Chou, o primeiro de seus leais soldados, e o envia ao encalço de Kenshin.
Kenshin se vê em uma situação desesperadora, na qual quer salvar o filho de Seiku, mas não possui uma espada inteira para lutar.
Ao encontrar a Sakabatou deixada por Shakku, Kenshin se lembra da primeira vez que sacou sua antiga espada, também dada por Shakku.
Kenshin decide continuar sozinho em sua luta contra o Shishio e reencontra um velho conhecido.
Kaoru finalmente se reencontra com Kenshin e perde suas palavras diante de quem tanto procurava.
Enquanto Kenshin volta a treinar com seu mestre para dominar de vez o Estilo Hiten Mitsurugi, o Restaurante Aoiya sofre com as decisões de Aoshi.
Depois do acerto de contas entre Aoshi e Okina, Misao toma uma decisão importante sobre seu futuro.
Para aprender a técnica suprema do Hiten Mitsurugi, Kenshin precisa revisitar seu passado ao lado de seu mestre.
Kenshin aprende a técnica suprema do Estilo Hiten Mitsurugi, mas descobre que ela vem com um preço muito alto.
Shishio dá a data e hora da execução de seu grande plano, mas para Saito e Kenshin, algo parece estranho.
Depois de notar o real plano de Shishio, Kenshin e Saito se preparam para ir até Osaka.
Todos estão a postos, esperando o horário do incêndio para agir, cada um em prol de seus objetivos.
Quando Kenshin se preparava para enfrentar o temido Shishio, Shinomori Aoshi aparece para acertar as contas.
Apesar dos esforços, o fogo em Kyoto começa a se espalhar aos poucos e gerar mais vítimas.
Após o plano do grande incêndio, Okina tem um pedido a Kenshin e Shishio fará um convite.
Depois de evitar o pior, Kenshin e os demais recebem a proposta de duelo de Shishio.
