A série se passa na Cosmic Era (Era Cósmica) e inicia a saga nesta era do universo Gundam. Tudo começa com a guerra de Bloody Valentine entre a Terra e as colônias. De um lado estava a Aliança Terrest...
11 meses se passaram desde que a Aliança da Terra e a ZAFT (Zodiac Alliance of Freedom Treaty) entraram em guerra. No satélite de recursos Heliópolis da nação neutra Orb, na região L5, Kira Yamato, aluno de ensino técnico, vai ao laboratório e acaba se envolvendo em um plano de captura de Gundam das Forças da ZAFT.
Em meio às chamas, Athrun rouba o último Gundam, MS Aegis, e foge. Kira e Murrue também entram no Strike Gundam e fogem por pouco da explosão da fábrica. Mas tem um GINN da ZAFT os aguardando!
Le Creuset, pilotando um CGUE, ataca Kira. Nesse momento, o Archangel aparece diante deles. O disparo do Gundam Strike contra Rau cria um buraco enorme na colônia. Todos ficam atordoados por seu poder. Vendo que a situação não esta a seu favor, Le Creuset se afasta da batalha.
Do espaço aéreo da agora destruída Heliópolis, Kira volta ao Archangel com um salva-vidas. Flay estava dentro dele. Archangel resolve ir para o satélite militar Artemis para pedir ajuda.
Os quatro Gundams roubados aparecem diante do Strike. As Forças da ZAFT decidem usar todos os Gundams no ataque. Kira e Athrun se enfrentam de novo.
Fugindo por pouco das Forças da ZAFT, o Archangel se abriga no satélite militar Artemis. No entanto, a tripulação é recebida pela desconfiança dos supostos aliados.
O Archangel consegue fugir no meio do ataque da ZAFT, no entanto a falta de suprimentos se torna um problema cada vez mais urgente. La Flaga sugere levar a nave para o cinturão de detritos para angariar materiais de naves naufragadas.
O pod salva-vidas resgatado no cinturão de detritos continha uma garota e um robô: Lacus Clyne e Haro. Lacus é filha do atual presidente do Conselho Supremo das PLANTs, Siegel Clyne.
O tão esperado resgate finalmente chega. Há um breve momento de calmaria no Archangel. Eles vão se unir às naves de escolta Montgomery, Bernard e Law. O pai da Flay, George Allster, vice-ministro da Federação Atlântica, está a bordo do Montgomery.
O Archangel conseguiu impedir o ataque da Vesalius da ZAFT usando Lacus Clyne como refém, mas o choque de ver toda uma frota sendo destruída diante de seus olhos mais ainda mais prejudicial.
Como prometido, Kira volta ao Archangel. É feita uma audiência por ele ter entregado Lacus para a ZAFT sem permissão, mas Murrue consegue amenizar a questão.
Archangel finalmente se encontra com a 8ª frota das Forças Aliadas da Terra. Relutante em participar das ações, Kira faz a manutenção da Strike e Murrue vai agradecê-lo por todo seu serviço.
Na órbita da Terra, uma batalha intensa começa entre a 8ª frota das Forças Aliadas da Terra e as Forças da ZAFT. Embora as Forças Aliadas da Terra tenham vantagem numérica, as forças de Rau Le Creuset, com GINNs e os quatro Gundams, destroem as naves das Forças Aliadas sem parar.
Na entrada na atmosfera, para salvar a Strike depois da batalha contra a Duel, o Archangel sai de trajetória e acaba na África, território da ZAFT.
O Archangel aterrissa em uma região desértica no norte da África. Sem ter tempo para relaxar, eles são atacados pelas Forças da ZAFT à noite. Os atacantes são um esquadrão de elite liderados por Andrew Waltfeld, também conhecido como o Tigre do Deserto.
Com a ajuda da Alvorada do Deserto, a Strike conseguiu repelir o ataque dos BuCUEs liderados por Waltfeld. Depois que o dia raia, outros integrantes da Alvorada do Deserto se unem ao Archangel.
Waltfeld, o Tigre do Deserto, ataca Tassil, a cidade dos rebeldes. Mísseis disparados dos BuCUEs envolvem a cidade em chamas. No entanto, os homens de Waltfeld avisaram os moradores antes, então não houve nenhuma morte.
Kira e Cagalli vão para a cidade de Banadiya, onde fica a base da ZAFT, para comprar comida e suprimentos para o acampamento. Sem querer, os dois se encontram com o Tigre do Deserto, Andrew Waltfeld, enquanto almoçam e não sabem como lidar com a hospitalidade dele.
Em uma PLANT, Athrun tem um dia de folga depois de muito tempo e vai até a mansão da Lacus para uma visita. A mansão dos Clyne fica numa região residencial exclusiva da PLANT e os dois aproveitam uma conversa agradável.
Yzak e Dearka, que estavam na base de Gibraltar, se unem a Lesseps. Diante da batalha contra o Archangel, o Tigre do Deserto aceita os reforços, pois quanto mais, melhor.
Strike e Archangel rumam ao Alasca depois de derrotar Waltfeld em uma batalha intensa. Cagalli insiste que será útil na nave e se convida para entrar a bordo do Archangel.
Athrun, Nicol e Le Creuset e unem. A frota de Le Creuset finalmente está de volta junta. Como Le Creuset não pode ir lutar para se preparar para a Operação Spit Break, ele indica Athrun como líder da equipe de perseguição da Archangel.
O Skygrasper da Cagalli derruba um avião de carga que levava a Aegis, mas acaba caindo em uma ilha deserta. Na praia, ela encontra Athrun, que estava no avião de transporte.
Nas águas da Orb, o Archangel e os quatro Gundams da equipe de Athrun travam uma batalha intensa. Perto da fronteira da Orb, o Archangel vai sendo encurralado pela equipe de Athrun.
Dentro da doca da Orb, técnicos trabalham para consertar o Archangel. Erica Simmons, engenheira da Morgenroete, também responsável pelo desenvolvimento da Astray, analisa os dados enviados pelo Archangel.
Graças aos esforços de Murrue, a tripulação de estudantes pode se encontrar com seus pais no quartel da Orb. Pais e filhos se reúnem depois de muito tempo e aproveitam o momento de felicidade.
O conserto e o abastecimento do Archangel terminam e a nave está pronta para deixar Orb. Enquanto isso, a equipe de Athrun Zala espera além das fronteiras da Orb para a saída do Archangel.
Kira derruba o Blitz Gundam da equipe do Athrun. Murdoch e todos da equipe técnica lhe dão os parabéns. Ele não consegue comemorar o fato de ter matado alguém.
É perdido o contato com a Strike e um Skygrasper, deixando o Archangel em caos. Além disso, a perseguição da ZAFT avariou muito a nave.
Muitos foram perdidos, mas o Archangel finalmente chega no quartel das Forças Aliadas da Terra no Alasca (JOSH-A). Mas a tripulação não pode desembarcar e recebe ordens de ficar em prontidão.
O ataque de Miriallia e Flay contra o prisioneiro Dearka se tora um grande problema no Archangel. Natarle fala com Murrue sobre a importância de seguir as normas militares e questiona a falta de controle de Murrue para lidar com prisioneiros e armas.
A tripulação que apoiou o Archangel por todo esse tempo fica abalada ao saber que três integrantes serão transferidos. Para piorar, há ordens dizendo que o Archangel não vai mais compor a 8ª frota, mas sim as forças de defesa do Alasca.
No Alasca, o Archangel está numa batalha intensa contra as Forças da ZAFT. As naves aparecem e avançam. As forças principais das Forças Aliadas estão alocadas no Panamá, então a situação não é fácil.
O relatório sobre o fracasso da Operação Spit Break chega ao QG do comitê de segurança nacional da ZAFT. Ao mesmo tempo, Patrick Zala descobre que Freedom Gundam, desenvolvido em segredo pela ZAFT, foi roubado.
Com grandes avarias, Archangel foge por pouco da autodestruição da base no Alasca. Ele ruma a Orb para consertar os danos e chega à Ilha Onogoro. Cagalli, ao confirmar que Kira está vivo, chora de emoção. Ela conta a ele sobre como encontrou Athrun.
Com a queda da base do Panamá, as Forças Aliadas da Terra perdem o propulsor de massa e ficam sem como ir ao espaço. Começam a surgir os planos de como tomar o último propulsor de massa da Terra.
Kira e Freedom travam um embate contra os três mais novos Gundams das Forças da Terra, Calamity, Forbidden e Raider. Justice, pilotada por Athrun, surge diante de Kira.
Orb pede negociações de paz várias vezes, mas Azrael e a Aliança ignoram. As Forças Aliadas da Terra já decidiram tomar Orb à força.
Kusanagi e Archangel são lançados ao espaço. O acoplamento de Kusanagi é feito e eles rumam às colônias abandonadas em L4 para reabastecimento de água e demais suprimentos.
Athrun vai às PLANTs falar com seu pai, o presidente do Conselho Supremo, e pergunta quais são suas verdadeiras intenções no combate. Kira se oferece para a escolta do ônibus de Athrun com a Freedom.
Na base na cratera de Ptolomeu a Lua, Dominion, outra nave de classe Archangel, é posta em órbita e faz uma simulação de combate. A cadeira de capitão é ocupada pela tenente Natarle Badgiruel.
Dominion ataca para destruir o Archangel. Os três Gundams da Aliança da Terra são subjugados pela combinação de ataques de Kira e Athrun.
Kira e Mu perseguem Le Creuset até dentro de um prédio abandonado. O prédio era um laboratório de pesquisas da colônia Mendel. Le Creuset, La Flaga e Kira entram em combate armado.
A batalha entre Archangel e Dominion recomeça. Le Creuset lança a Vesalius e cruza entre as duas naves de guerra, pois seu alvo é a Eternal.
Com o disco da Flay, a Aliança da Terra agora tem a tecnologia de neutralizar a perturbação-N. Manipulado por Azrael, os mísseis nucleares são lançados ao espaço.
O raio Gênesis destrói a linha de frente da frota da Aliança em um piscar de olhos. Era o trunfo da ZAFT escondido o tempo todo por Mirage Colloid. Ele pode facilmente mirar na Terra.
O segundo raio do Gênesis destrói a base lunar da Aliança da Terra. O próximo alvo pode ser a Terra. A Aliança reúne a tropa devastada e lança novamente os Peacemakers.
Mesmo com todas as baixas, a luta continua. O ônibus da Flay vaga para longe do Dominion, onde Freedom e Providence têm uma luta intensa.
No ano 72 da Era Cósmica, o Tratado de Junius encerrou a hostilidade entre ZAFT e a Aliança da Terra. O tratado proíbe o uso de armas nucleares e limitam o uso de forças armadas de ambos os lados. No entanto, ainda há tensão entre Coordinators e Naturals, e a paz continua sendo frágil.
Com o ataque ao arsenal 1, Athrun utiliza um mobile suit da ZAFT para levar Cagalli a um local seguro. Os três Gundams roubados lutam contra o ZAKU de Athrun, que é resgatado pelo Impulse Gundam, pilotado por Shinn Asuka da ZAFT.
Shinn e Roanoke têm dificuldades contra Neo Roanoke, o comandante inimigo. Para ajudar os pilotos, a capitã Talia Gladys ordena que a nova nave de combate, Minerva, zarpe do arsenal 1 para se unir ao combate. As forças inimigas recuam e o Minerva persegue.
Minerva segue ao cinturão de detritos que cerca a Terra e envia Shinn e Lunamaria Hawke para perseguir a nave-mãe inimiga. No entanto, Neo fez os pilotos da ZAFT seguirem um chamariz.
A bordo do Minerva, o presidente Durandal recebe as notícias chocantes. As ruínas de Junius Seven, a PLANT destruída no infame Fevereiro Sangrento saiu de sua órbita estável e etra em rota de colisão com a Terra.
O Minerva lança os mobile suits para dar apoio à equipe de demolição de Yzak. Shinn, Rey, Lunamaria e Athrun se unem à batalha contra o grupo misterioso que pôs Junius Seven em rota de colisão com a Terra.
Apesar dos esforços heroicos da tripulação, o Minerva não conseguiu evitar o desastre, e fragmentos de Junius Seven causaram grandes estragos a Terra. O Minerva recuperam Shinn e Athrun na descida à Terra e rumam a Orb para que Cagalli volte a sua nação e para consertar os danos sofridos.
Quando o Minerva chega a Orb, Cagalli retoma suas funções como presidente. O ministro Unato Ema Seiran relata os danos causados pela queda de Junius Seven e pede que a aliança com a Federação Atlântica seja aprovada.
A Federação Atlântica e seus aliados declaram guerra às PLANTs em resposta à queda de Junius Seven. Embora o presidente Durandal ainda queira uma resolução diplomática, a ZAFT é mobilizada para defender as PLANTs.
O presidente Durandal conta para Athrun os detalhes do último ataque das Forças da Terra às PLANTs. Abrindo mão do codinome Alex Dino, Athrun assume sua verdadeira identidade e pede que Durandal não deixe o conflito virar outra guerra.
O conflito continuam aumentando de proporção conforme as Forças da Terra cercam as bases da ZAFT em Gibraltar e Carpentaria, e o Conselho Supremo das PLANTs decide retaliar em defesa. Apesar de suas intenções, Cagalli cede aos ministros e Orb se alia à Federação Atlântica.
A tripulação do Minerva encontra uma frota das Forças da Terra esperando logo além das fronteiras de Orb, e precisa abrir o caminho. Enquanto Rey e Lunamaria defender a nave, Shinn se engaja em um combate aéreo contra os mobile suits das Forças da Terra, mas a situação muda quando o inimigo mobiliza um mobile armor com um escudo refletor de pósitron, capa de resistir ao tannhauser do Minerva.
Graças às proezas em combate do Shinn, o Minerva supera as Forças da Terra. A nave segue rumo à Carpentaria enquanto o governo Orb oficializa a aliança com a Federação Atlântica.
Diante da tentativa de assassinato contra Lacus, Kira e seus amigos percebem que foram alvo do governo das PLANTs. Kira recebe uma carta de Cagalli, em que ela conta que pretende se casar com Yuna e pede que o anel de Athrun seja devolvido.
A bordo do Archangel, Cagalli repreende a tripulação por raptála no meio do casamento. Kira devolve o anel do Athrun a ela e pede que Cagalli se una a eles para uma resposta melhor aos problemas do mundo.
Conforme Minerva navega pelo Oceano Índico, ele chama a atenção de um velho inimigo, Neo Roanoke da força-tarefa de elite Phantom Pain. Neo pede auxílio das Forças da Terra próxima e inicia um combate aéreo contra o Minerva.
Em fuga, o Archangel se esconde debaixo d'água no Reino da Escandinávia, que se mantém neutro. A bordo, Kira e seus amigos ponderam sobre os planos futuros.
Conforme Minerva se aproxima do portão de Lohengrin, Athrun explica o plano de combate aos demais pilotos. Enquanto o Minerva e os soldados da base Mahamul chamam a atenção das Forças da Terra, um piloto atacará o canhão de pósitron por um túnel escondido.
O Minerva continua no Mar Negro e atraca em Diocuia. Recém libertada do controle das Forças da Terra, Diocuia é a última parada da turnê de Meer Campbell para motivar as forças.
Este episódio reconta a história de Shinn. Durante a guerra anterior, Shinn e sua família viviam em paz em Orb, mas mesmo a nação neutra acabou se envolvendo no conflito.
Depois do encontro com o presidente Durandal, os pilotos do Minerva recebem um dia de folga, com direito a quartos privados em um hotel de Durandal, e Athrun recebe uma visita inesperada. Os pilotos também conhecem Heine Westenfluss, um membro da FAITH que foi designado como novo piloto do Minerva.
Cedendo à pressão das Forças da Terra, o governo de Orb aceita entrar em combate contra a ZAFT. Comandados por Yuna Roma Seiran, uma força da Orb vai dar apoio à Phantom Pain de Neo Roanoke.
A batalha entre o Minerva e a frota da Orb é interrompida pelo Freedom de Kira. Cagalli entra em combate e ordena que as forças de Orb parem, mas Neo pressiona Yuna a continuar, sem reconhecer que as ordens vieram da Cagalli de verdade.
Danificado, Minerva recua a um porto do Mar de Mármara para manutenção. Perturbado pelo caos que seus antigos companheiros criaram na luta, Athrun resolve sair do Minerva e buscar o Archangel para falar pessoalmente com Kira.
Athrun arranjou um encontro com Kira e Cagalli, mas eles não conseguem se entender como antes. Mesmo ao saber da tentativa de assassinato contra Lacus, Athrun ainda acredita nas boas intenções do presidente Durandal e volta ao Minerva depois de pedir que evitem que Orb se envolva na guerra.
Depois de partir sozinho para o laboratório de Lodônia, Stella Loussier é capturada pelos pilotos do Minerva. Shinn leva Stella ferida a bordo do Minerva, mas os médicos não podem fazer muita coisa por conta de sua fisiologia anômala.
Mesmo com Neo se preparando para outro ataque contra o Minerva, a ZAFT está no encalço do Archangel. Enquanto o presidente Durandal supervisiona a busca por Lacus, a capitã Gladys do Minerva recebe relatos sobre o encontro secreto entre Athrun e Kira e Cagalli.
Enquanto o Minerva tem dificuldades contra as Forças da Terra e de Orb, Freedom e Archangel aparecem de novo no campo de batalha. Cagalli insiste para que as forças de Orb encerrem o combate, mas Yuna ordena que o ataque prossiga.
Lacus volta ao espaço para se unir a seus aliados a bordo do Eternal, agora escondido em um aglomerado de asteroides. O presidente Durandal ordena que a busca por Lacus continue, insistindo que ela é uma impostora.
Depois da batalha em Creta, o Archangel acolhe os sobreviventes da frota de Orb, que pedem para se unir a Cagalli. Enquanto isso, Minerva está em reparos antes de seguir para Gibraltar.
Shinn e Rey levam Stella de volta a seus aliados para salvar sua vida. Como punição por não cumprir as leis militares, os dois são detidos enquanto a liderança da ZAFT decide o que será feito.
Destroy avança para Berlim, destruindo todas as cidades em seu caminho. O Archangel chega para enfrentar o Destroy, mas nem mesmo o Freedom é páreo para seu poder esmagador.
Depois de pôr o corpo de Stella para descansar, Shinn volta ao Minerva com uma nova determinação. Ao visitar o quarto de Shinn, Athrun vê que ele e Rey estão fazendo simulações de combate contra o Freedom.
O presidente Durandal revela a existência da Logos ao público, e deixa o mundo todo em confusão. Kira e Cagalli temem que agora Orb esteja em perigo, e voltam para lá com o Archangel.
Mesmo que o Archangel tenha escapado do ataque do Minerva, o Freedom foi destruído, e a nave também está bastante danificada. Depois de recuperar o Kira, Archangel segue a Orb, enquanto Shinn volta ao Minerva e é recebido como herói.
O presidente Durandal, ao lado de Meer Campbell, apresenta novos mobile suits a Athrun e Shinn. Shinn fica encantado com o presente, mas Athrun ainda não aceita a ordem de ataque ao Archangel.
Athrun e Meyrin fogem de Gibraltar com o mobile suit roubado, enquanto Shinn e Rey perseguem com Destiny e Legend. Sob a alegação de terem roubado informações confidenciais, o presidente Durandal ordena que Shinn e Rey abatam os dois.
A ZAFT se reúne na base Heavens esperando a reposta das Forças da Terra ao ultimato do presidente Durandal. A bordo do Minerva, Lunamaria canaliza sua dor contra a Logos, enquanto Shinn tenta consolá-la.
ZAFT toma a base Heavens e descobre que Durandal fugiu, então o presidente Durandal ordena que ele seja prseguido. A bordo do Archangel, Kira lamenta sua impotência e pensa no que virá a seguir.
Shinn e Rey recebem medalhas de honra ao mérito pelas conquistas na base Heavens, e o presidente Durandal os condecora como membros da FAITH. No entanto, uma nova crise começa, pois ZAFT descobriu que Djibril se refugiou em Orb.
Cagalli muda a maré da batalha no mobile suit dourado, Akatsuki, mas agora se vê diante dos reforços do inimigo, o Minerva e o Destiny. Mesmo com o Archangel correndo a seu auxílio, Kira e Lacus voltar com novos mobile suits.
A ZAFT renova o ataque contra a Orb. Shinn e Rey entram no campo de batalha com Destiny e Legend, e Athrun ajuda Kira a bordo co novo Justice. Enquanto os quatro mobile suits se enfrentam, a situação muda quando Gladys ordena a retirada da ZAFT.
A verdadeira Lacus Clyne se mostra ao mundo e a impostora é exposta. Enquanto presidente Durandal manda Meer Campbell se esconder, a ZAFT e seus aliados se debatem com essa nova revelação.
Embora o canhão Réquiem não tenha atingido Aprilius conforme o desejado, ele provocou a destruição das PLANTs ao redor. Em resposta a isso, ZAFT manda sua frota lunar atacar a primeira estação de retransmissão do Réquiem, enquanto o Minerva se apressa para a base Daedalus para apreendê-lo.
Com a base Daedalus tomada pela ZAFT, a morte de Djibril e as estações de retransmissão do Réquiem sob controle da ZAFT, a vitória do presidente Durandal parece ser absoluta. Enquanto o mundo aguarda os próximos passos de Durandal, Archangel vai a Copernicus para monitorar a situação.
Lacus e seus companheiros voltam ao Archangel com o corpo de Meer Campbell. Agora que Meer deu a vida para salvar Lacus, Athrun se envergonha de perceber como sabia pouco sobre ela.
A paz frágil é destruída, conforme o mundo novamente é colocado em tumulto pelo Plano do Destino do Durandal. Para eliminar conflitos e garantir a paz eterna, Durandal pretende usar análise genética para determinar a missão de vida de todos.
Ao usar o canhão Réquiem contra a base Arzachel, o presidente Durandal mostrou que destruirá todos que se opuserem ao Plano do Destino, e Orb será o próximo alvo. A frota espacial de Orb ataca a base Daedalus antes que o Réquiem possa disparar de novo, enquanto Archangel e Eternal tentam destruir a primeira estação de retransmissão.
Depois de eliminar a primeira estação de retransmissão do Réquiem, Archangel e Eternal se apressam para a Lua para se unir ao ataque, mas têm o caminho interceptado pela fortaleza Messiah. Kira diz para Athrun e Archangel continuarem para a destruição do Réquiem, enquanto o Eternal fica e lida com Messiah.
Kira confronta o presidente Durandal, que parece estar pronto a aceitar seu destino.
