Se há paz no mundo, é graças à Lycoris, uma organização secreta de combate ao crime composta apenas por garotas. Suas agentes mais poderosas são a despreocupada Chisato e a talentosa e misteriosa Taki...
O trabalho continua no Café LycoReco.
Chisato está empolgada com a viagem para o Havaí.
Takina está tentando criar uma novidade para o cardápio.
Takina vai atrás de Kurumi para entender melhor essa história de fantasma que está rondando o café.
"Lycoris" é o nome dos agentes de uma organização secreta que mantém a paz no Japão, a "Ataque Direto". Takina, uma dessas agentes, acaba sendo transferida de setor por desobedecer ordens superiores. Ela vai para o "LycoReco", um café afiliado à organização, onde encontra a agente de elite Chisato Nishikigi. Que definitivamente não é o que Takina esperava.
Walnut foi descoberto pelo misterioso "Alan" e quer saber como isso aconteceu. Conversando com um conhecido hacker chamado Robota, ele consegue a informação que procura.
Takina ainda não socializa direito com as pessoas ligadas ao LycoReco. Mesmo assim, Chisato não desiste de tentar enturmá-la. No meio disso, Chisato tem que terminar seus exames médicos e Takina a acompanha para poder conversar com Kusunoki mais uma vez.
Chisato e Takina saem pela cidade para fazer compras, pois Takina aparentemente não tem muitas roupas pessoais... Enquanto se divertem, Takina lentamente se abre mais com Chisato e as duas começam a se conhecer melhor.
Um novo cliente aparece com um pedido ao LycoReco. Trata-se do Sr. Matsushita, de 72 anos, que quer passear por Tóquio. Ele requisita duas guarda-costas para o guiarem. Chisato e Takina aceitam a missão!
Majima está perseguindo as Lycoris e quatro delas já foram mortas. Devido ao perigo, as meninas agora não podem mais trabalhar sozinhas. Takina então decide morar junto com Chisato pela segurança das duas.
A AD está procurando por Majima, que continua criando mais planos para atacá-la. Enquanto isso, as meninas descobrem que Mika vai ter um "encontro secreto" com Kusunoki!
Com o caixa do café indo de mal a pior, Takina resolve fazer algumas mudanças e criar um novo prato para o cardápio.
Depois de Chisato receber uma cirurgia forçada pela enfermeira suspeita, Takina descobre mais sobre sua parceira Lycoris.
Agora que Takina saiu do LycoReco, é o momento de despedidas entre o resto dos membros. A AD também não para e continua sua missão contra Majima!
Kurumi e Mizuki se separam no aeroporto, enquanto as Lycoris continuam sua missão na Hortênsia Longa. Perto de lá, Takina está preocupada com Chisato.
A AD se encontra em apuros agora que a sociedade descobriu a existência das Lycoris. E não apenas ela: Chisato também está desesperada para conseguir salvar Yoshimatsu e descobrir a verdade. No que isso vai dar?
Após o ataque surpresa de Majima no elevador, Sakura está ferida e as meninas estão preocupadas com Chisato. O destino das Lycoris está em jogo, e Chisato terá que lidar com Majima sozinha com seu coração fraco.
