Magos e cientistas se reunem para preservar a civilização humana contra as Singularidades, domínios inobserváveis que aparecem em várias eras da história. Fujimaru, o único Mestre restante em Chaldea,...
Romani Archaman assume seu cargo em Chaldea no ano de 2010 D.C. Lá, ele vira o médico principal de uma jovem chamada Mash Kyrielight, a segunda experiência de invocação bem-sucedida em Chaldea. Ela se interessa pela palavra "senpai". e suas interações com Romani dão a ela razão para sentir esperança. Essa esperança se torna uma onda, e começa a se espalhar. Essa é a sua história. A história de um "alguém" normal. A história no início de uma jornada que tecerá o futuro.
Fujimaru e Mash são enviados a Uruk, na Era dos Deuses, para finalmente cumprirem sua missão de restaurar a humanidade, e corrigir as perturbações temporais. Mas nada será tão fácil.
Fujimaru e e Mash encontram-se com Merlin, o famoso e poderoso mago de Avalon. Ele se oferece para conduzir a dupla para uma audiência com o infame e poderoso Rei Gilgamesh.
Gilgamesh concede uma audiência e Fujimaru e Mash, para que se resolva a a questão do Santo Graal. Mas entre a invasão repentina de Ishtar, uma das deusas de Uruk, espíritos da morte e... trabalhos no campo, parece que não será tão fácil assim convencer o grande rei a colaborar.
Fujimaru e sua equipe recebem sua primeira missão direta do rei Gilgamesh: ir até a cidade de Ur, e entender o que está acontecendo com o povo de lá.
O rei Gilgamesh decide acompanhar Fujimaru e Mash em uma jornada para investigar a qualidade da água do reino - e no caminho, pede histórias para se manter entretido.
Fujimaru, Mash, Merlin e Ana recebem uma nova missão, diretamente de Gilgamesh: ir até a cidade de Kutha, e encontrar uma placa onde estão escritas visões do rei.
Enquanto Leônidas e seus espartanos continuam defendendo a muralha norte, Fujimaru, Merlin e Mash recebem a missão de seguir até a cidade de Nippur, salvar qualquer cidadão que tenha sobrevivido.
Fujimaru, Mash e Merlin econtram-se cara-a-cara com Tiamat, a mãe das feras que têm atacado a Babilônia. Sua última esperança reside nas tropas do Rei Leônidas, e nos feitos heróicos de Ushiwakamaru.
Gilgamesh decide que, para vencer a Górgona, é necessário lidar com as três deusas numa ordem específica - e a primeira delas, Ishtar, deve ser recrutada para o lado deles custe o que custar. O rei de um plano na manga.
Ishtar entra para as forças do Rei Gilgamesh, graças aos esforços de Fujimaru. Agora eles se focam em sua primeira grande tarefa: descobrir a identidade e os poderes da terceira das Deusas.
Com novas forças ao seu lado, Fujimaru está determinado a vencer Quetzalcoatl. Enquanto isso, a deusa do Sol parece que só está interessada numa luta o mais divertida possível. Enquanto isso, o rei Gilgamesh...
De todas as formas possíveis de morrer, o Rei Gilgamesh deixou se afetar justamente pelo estresse do trabalho. Agora, cabe a Fujimaru, Mash e Ishtar viajarem até os domínios da deusa Ereshkigal para trazer o monarca de volta.
Fujimaru, Mash e Ishtar tentam tirar Ereshkigal da Aliança das Três Deusas, trazê-la para seu lado, e ao mesmo tempo recuperar a alma do Rei Gilgamesh.
Gilgamesh e seus aliados fazem um plano elaborado envolvendo o Machado de Marduk, para tentarem derrotar Gorgon.
Fujimaru, Mash, Ana e Ishtar dão tudo o que têm no seu confronto final contra Górgona, e a aventura dos agentes de Chaldea na Mesopotâmia parece estar perto do fim. Mas talvez esse fim esteja mais longe do que parece.
Um exército de criaturas chamadas "Lahmu" começa a atacar toda a Mesopotâmia - incluindo Kingu. Mas essa não é a maior preocupação de Fujimaru, ao passo que um antigo companheiro volta diferente do mundo dos mortos.
Parecia que Tiamat tinha sido finalmente derrotada, mas não é bem assim. Agora, os heróis de Uruk precisam de um novo plano de emergência para impedir que a história humana deixe de existir.
Uruk está com os dias contados. O rei Gilgamesh cria um último plano com Fujimaru e os agentes de Chaldea para que, pelo menos, uma pessoa sobreviva e carregue adiante a cultura da Mesopotâmia.
O plano para derrotar Tiamat está claro: a própria cidade de Uruk servirá de isca, enquanto Ereshkigal prepara uma armadilha que a arrastará para o mundo dos mortos. Mas executá-lo não será tão fácil assim.
Tiamat cai no mundo dos mortos, mas acaba se transformando em uma criatura ainda mais terrível que ameaça não mais destruir o mundo, e sim reescrever toda a realidade. A aliança de heróis e deuses prepara-se para fazer o seu sacrifício final.
Fujimaru e seus amigos finalmente conseguiram derrotar a Beast, ainda que à custa de grandes sacrifícios. Agora só resta aos heróis se despedirem por uma última vez, antes de retornarem para seus lares e encararem o resto de seus destinos.
