Cylons - máquinas criadas por humanos - atacam seus criadores que agora vagam pelo espaço a procura da Terra. As 12 Tribos de Kobol tem que lidar com falta de recursos, revolta, conspirações políticas...
"Battlestar Galactica: Razor" conta a história da Battlestar Pegasus e as suas primeiras missões sob o comando do Capitão Apollo (Jamie Bamber). Durante a guerra, o oficial deve abandonar a sua hesitação e as dúvidas, até que tudo que resta dele seja a borda afiada de uma arma humana viva, é o que os veteranos coloniais chamam "uma navalha" (razor). Ela tanto pode fatiar um inimigo, como pode deixar cicatrizes para sempre na alma de uma pessoa.
A frota é obrigada a fazer um salto Fasther Than Light a cada trinta e três minutos, pois os cylons sempre descobrem sua posição. A população civil começa a duvidar da liderança de Adama e Roslin. Quando uma das naves civis é tomada pelos cylons e usada como arma, através de ogivas nucleares que foram introduzidas no veículo, Lee Adama se vê obrigado a destruí-la sem saber se os tripulantes humanos ainda estão vivos. A situação lembra o avião supostamente abatido por pilotos de caça no atentado de 11 de setembro.
Sharon, inconscientemente, seguindo sua programação, destrói o depósito de água da Galactica. Esforços desesperados são feitos para achar reservas naturais em planetas. Em Caprica, Helo foge dos cylons com a ajuda da outra Sharon, sem saber que ela não é a Boomer de Galactica. Logo se percebe que a presença da cylon ginóide faz parte de um plano para envolver Helo.
A difícil extração de água em uma lua coberta de gelo leva Adama a enviar Lee para a nave de prisioneiros Astral Queen, com o propósito de recrutar voluntários. Mas Tom Zarek, um famoso ex-terrorista e líder dos prisioneiros, assume o comando, prende Lee e chantageia Adama e Roslin para que se façam eleições livres. Lee acaba concordando com a necessidade de um governo legítimo.
Um acidente mata muitos pilotos, e Kara é incumbida de treinar civis para substituí-los, o que lhe traz lembranças dolorosas e a faz tomar decisões contestadas pelos seus superiores. Ela se culpa pela morte de Zak, o irmão de Lee, que ela aprovou no teste de piloto sem que ele tivesse capacidade. Ao treinar os calouros, ela arrisca a vida para salvá-los de um ataque cylon repentino e cai em um planeta, juntamente com o raider que abateu.
Kara está na superfície do planeta e Adama, assim como Lee, não mede esforços para resgatá-la, mesmo contra a vontade da Presidente. Em uma estratégia brilhante e desesperada, Kara aprende a pilotar o raider, que é em parte biológico, e retorna salva à Galactica. Em Caprica, Sharon desaparece após um ataque de centuriões.
Um tribunal se reúne para investigar a presença de agentes cylons na frota após um ataque suicida com uma bomba. É uma autêntica caça às bruxas, Adama e Laura se viram forçados a revelar que os cylons agora são humanoides e o medo se espalhou pela Galactica. Até mesmo Adama é suspeito de ter facilitado o ataque com o homem-bomba e é chamado para depor. Na realidade, Tyrol e Boomer estavam se encontrando na hora do atentado e foram acobertados pelos outros agentes de manutenção. Um deles assumiu ter deixado uma escotilha aberta e foi preso por negligência. Arrependido, Tyrol acaba seu relacionamento com Sharon. Em Caprica, a outra Sharon prossegue em seu plano de fazer Helo se apaixonar por ela.
Baltar é acusado de ser um cylon, mas depois é inocentado. Helo e Sharon continuam fugindo dos cylons em Caprica.
Kara sofre uma crise de culpa quando lhe ordenam que torture um cylon, conhecido como Leoben, para saber onde ele escondeu uma bomba atômica na frota. O agente cylon foi descoberto em uma das naves da frota e joga com Kara durante o interrogatório. Ele lhe diz que possui uma alma e que ela conduzirá a frota para a Terra. Kara também joga, utilizando-se do medo que ele tem de não ser como os humanos e não encontrar Deus após a morte. Laura intervém no jogo entre os dois e manda que joguem Leoben no airlock após induzi-lo a confessar que não existe uma bomba, mas antes de morrer, ele lhe diz que Adama é um cylon. Percebe-se que isso desconcerta a Presidente, o que se explica por sonhos que ela teve com o próprio agente cylon antes que o encontrassem. Várias das premonições anunciadas durante o episódio terão repercussões no decorrer da série. Em Caprica, Sharon consegue seduzir Helo e faz sexo com ele; na Galactica, Boomer se submete a um exame e Baltar descobre que ela é uma cylon, mas guarda segredo.
A Galactica é atacada e Adama desaparece, causando rumores sobre ele mesmo ser um cylon, o que na verdade já havia sido insinuado a Laura pelo cylon infiltrado. Adama reaparece e traz consigo Ellen, a esposa do Coronel Tigh, que havia se escondido em uma das naves da frota após o ataque às colônias. A pedido da Presidente, ambos são testados por Baltar, cujo detector de cylons está finalizado.
A frota está ficando sem combustível quando um asteroide contendo Tylium é encontrado pelo Raptor de Boomer e Crash. Os Cylons montaram uma refinaria no local e Adama decide lançar um ataque. Kara ajuda a planejar o ataque, mas não pode participar da operação porque ainda não se recuperou do ferimento sofrido no joelho após ter sido abatida. Lee toma o lugar dela como líder da esquadrilha e com grande habilidade consegue explodir a refinaria, afastando os cylons.
Eleições presidenciais forçadas por Zarek na rebelião da Astral Queem são iminentes e ele aproveita para se lançar como líder político. Zarek é eleito representante de seu mundo e se candidata a Vice-Presidente, já que não existe alguém nesse cargo. Laura, em uma manobra política, indica Baltar como seu vice e ele ganha a eleição graças à sua popularidade.
A Galactica descobre Kobol. Laura insiste na sua visão mística e propõe que Starbuck vá à Caprica para trazer a Flecha de Apollo, com a qual será possível descobrir a localização da Terra se aquela for inserida em um templo de Kobol. Kara descobre que o comandante não sabe onde fica a Terra e parte em busca do artefato mitológico. Enquanto isso, uma missão de reconhecimento é atacada por cylons no planeta Kobol.
Adama prende Laura e seu filho Lee, que se colocou do lado dela. Em Caprica, Kara encontra a flecha e também Helo e Sharon, que confessa estar grávida. Em Kobol, a equipe sobrevive à queda do raptor e Baltar, induzido por Six, tem uma visão de si como protetor da "nova geração dos filhos de Deus". A programação de Boomer é ativada e ela dispara um tiro no peito de Adama.
O Coronel Tight assume a chefia da Galactica. A frota faz um pulo de emergência, mas como as coordenadas corretas não foram transmitidas, o resto da frota se separa. Boomer está presa.
A Galactica consegue reunir a frota, mas um vírus de computador Cylon invade suas máquinas. Os Cylons centuriões que conseguiram se infiltrar na Galactica pretendem despressurizá-la, matando todos os tripulantes. Somente Lee e um pequeno esquadrão de fuzileiros têm condições de evitar o desastre. Em Caprica, Starbuck e Helo invadem o velho apartamento dela.
Adama ainda está em cirurgia. O grupo em Kobol tenta encontrar uma saída para sua situação, complicada pela presença de Cylons em Kobol. De volta a Galactica, a presidente Roslin está sem sua medicação.
A lei marcial está surtindo efeito negativo na frota e as naves começam a recusar reabastecer a Galactica. O Chefe Tyrol é preso, suspeito de ser um Cylon, e somente Gaius, pode provar sua inocência. A presidente, com a ajuda de Lee Adama, foge e se refugia na Cloud Nine com a ajuda do mais improvável dos aliados.
Adama retoma o comando da nave e ordena uma busca em todas as outras naves a procura da presidente. Mas não consegue encontrá-la antes dela mandar uma mensagem informando que sabe a localização da Terra. Mais de um terço da frota deixa Galactica e volta a Kobol para aguardar o retorno de Starbuck.
O frágil grupo de aliados de Roslin é posto a prova. Adama continua tendo que lidar com a traição de seu filho. Starbuck, Helo e Boomer retornam de Caprica e partem para Kobol na tentativa de achar o túmulo de Athena
Adama se dirige a Kobol para encontrar Roslin e o grupo que está em busca do túmulo de Atena para, de uma vez por todas, resolverem suas diferenças.
Uma repórter vai a Galactica para fazer uma reportagem sobre a dura realidade da vida em tempos de guerra, mas ela tem segundas intenções.
Enquanto a tripulação da Galactica trabalha duro nas horas vagas num novo caça, Sharon informa Adama que o vírus de computador Cylon está alterando as funções básicas da nave em preparação para um grande ataque dos Cylons. Contra o relógio, Adama precisa decidir se Sharon é ou não confiável.
A Galactica encontra outra astronave perdida, a Pegasus. Mas nem tudo corre bem quando a Almirante Cain começa a se impor. Chefe e Helo atacam um oficial superior, são presos e sentenciados.
As astronaves Galactica e Pegasus preparam um ataque a nave Cylon de Ressureição, enquanto uma luta de poder ameaça terminar em uma guerra total entre a frota humana.
O conflito entre Adama e Cain se suspende momentaneamente enquanto as duas astronaves unem suas forças para atacar a nave Cylon. Apollo se encontra frente a uma decisão difícil e Baltar mostra interesse por Gina, a prisioneira Cylon de Cain.
A presidente Roslin começa a perder sua última batalha contra o câncer de mama. Um Viper sabotado leva a uma investigação que descobre um movimento de pessoas querendo um tratado de paz entre humanos e Cylons.
Durante a investigação do assassinato de um oficial colonial, Apollo se envolve com um grupo do crime organizado que movimenta o mercado negro entre a frota.
Um caça Cylon ataca a frota de caças Colonial em uma sucessão de ataques rápidos e fatais.
Uma mulher toma Reféns em Cloud Nine e exige que Adama lhe entregue Sharon para vingar a morte de seu marido durante ataque dos Cylons.
Apollo colabora na procura de um Raptor desaparecido enquanto o novo Comandante da Pegasus vai se tornando mais e mais instável.
Quando a consciência de Boomer se transfere a um novo corpo após sua morte na Galactica, ela enfrenta dificuldades em aceitar sua nova vida. Ela recebe ajuda da Nº Seis que teve um importante papel na destruição das Doze Colônias.
Chefe Tyrol vem tendo pesadelos terríveis e procura a ajuda de um padre. Kara lidera uma missão de resgate a Caprica. Roslin e Baltar disputam a eleição para presidência das Doze Colônias.
A missão de resgate enfrenta problemas, e a descoberta de um planeta habitável pode mudar drasticamente o resultado das eleições.
Quatro meses após a invasão dos Cylons à Nova Caprica, o local está deserto e paranoico. O presidente e uma nova força policial humana são meras ferramentas da toda-poderosa Autoridade da Ocupação dos Cylons. Mas os oprimidos residentes do planeta, agarram-se a duas frágeis esperanças: o enfraquecimento dos Cylons pelo movimento de resistência humana e o resgate por parte do comandante Adama e sua frota.
Os líderes dos Cylons ficam frustrados com o suicídio de Duck, encarado como um retrocesso na nobre tentativa de viver pacificamente com os humanos. Como resultado, eles ordenam à polícia humana que prenda centenas de rebeldes em uma grande operação.
Os Cylons iniciaram uma operação brutal contra o crescente movimento de resistência humana em Nova Caprica. E, com o tempo se esgotando para os colonos, o comandante Adama deverá lançar mão de sua tentativa de resgate antes do planejado.
A tripulação da Galactica e os rebeldes de Nova Caprica coordenam seus ataques em uma ousada tentativa de libertar os humanos presos pelos Cylons. Mas, quando os Cylons começam a perder o controle da situação, eles passam a considerar uma drástica e brutal solução para a crise.
O bom senso de Tyrol é posto à prova quando ele participa de julgamentos secretos contra os humanos que colaboraram com os Cylons, depois, eles são secretamente executados por traição. Mas somente Tyrol tem coragem de fazer a pergunta que todos temem: e se o tribunal cometer um erro? E se eles condenarem um inocente à morte?
Enquanto Tigh e Starbuck espalham seu descontentamento a bordo da Galactica por causa da aflição em Nova Caprica, um vírus mortal encontrado em um artefato da décima terceira tribo, força os cylons a tomarem medidas drásticas para proteger seu futuro. Ao mesmo tempo em que Adama manobra para manter a tripulação unida, Baltar, a bordo de uma nave base, percebe que deverá encarar sozinho a ira dos cylons.
Apolo arma um plano que ameaça a existência da cultura cylon, ele pretende utilizar o vírus que está na nave cylon para destruir toda a civilização do inimigo. Enquanto isso, Adama e Roslin, contestados por Helo, devem decidir se seguem com o plano de usar uma arma biológica contra os inimigos.
O comandante Adama enfrenta o momento mais obscuro de sua carreira militar quando o Tenente Daniel Novacek, um piloto que se acreditava ter sido morto durante uma missão secreta, escapa do poder dos cylons e chega à Galactica em busca de vingança contra Adama, que o deixou para trás.
Um campeonato de boxe a bordo da Galactica tem a intenção de ajudar os oficiais e a tripulação a liberar energia e aliviar o estresse. Mas logo ele traz à tona velhos ressentimentos, incluindo as questões entre Apolo e Starbuck, geradas em Nova Caprica.
Uma contaminação acidental no processamento de alimentos da frota, deixa os tripulantes sem ter o que comer. Com milhares de pessoas prestes a sucumbir à fome, os pilotos da Galactica têm de comandar múltiplas missões para guiar a frota através de uma perigosa região do espaço em direção a uma nova fonte de alimentos. Enquanto isso, Kat se reencontra com seu passado e D’Anna se aproxima de uma descoberta surpreendente sobre os cinco cylons desconhecidos.
Tyrol descobre o Templo dos Cinco num planeta onde eles encontram algas comestíveis. O templo talvez guarde o Olho de Júpiter, que se acredita ser capaz de mostrar o caminho para a Terra e que foi deixado pela décima terceira tribo. Os cylons têm um grande interesse nessa descoberta. Athena descobre que seu bebê, Hera, está vivo. Lee conta com Anders para ajudá-lo a construir uma proteção para o Olho. E seu relacionamento com Kara complica ainda mais a situação.
Com a Galactica dominada por quatro naves de base cylon, e as forças coloniais sob a pressão de um pelotão de centuriões cylon, testa-se até onde o Comandante Adama está disposto a ir para se apoderar do artefato que mostra o caminho para a Terra. E Apolo arrisca a missão para salvar Starbuck, que foi abatida e está ferida em seu caça.
Preso e sob acusações de traição, o ex-Presidente Colonial Gaius Baltar sobrevive a uma tentativa de suicídio e enfrenta técnicas extremas de interrogação por parte de seus captores a bordo da Galactica. Ele agora será julgado por ter entregue o governo aos cylons em Nova Caprica.
Helo suspeita que um médico esteja assassinando seus pacientes a bordo da Galactica por motivos raciais. Notícias sobre o iminente julgamento de Baltar causam incômodo na frota.
Após semanas sem notícias dos cylons, a tripulação da Galactica respira em paz. Enquanto o Comandante Adama reflete sobre o que deixou para trás, um acidente envolve Tyrol e Cally, que ficam presos na câmara de compressão.
Depois que um acidente quase tira a vida da Presidente Roslin, Tyrol desafia o Comandante Adama a estabelecer condições mais seguras de trabalho na frota, e acaba se tornando a causa de um protesto dos trabalhadores de uma nave de minério.
Kara continua a ter sonhos sobre Leoben Conoy, e a mandala que ela pintou em seu antigo apartamento em Caprica. Enquanto está numa patrulha, ela encontra um cylon. Quando Tyrol não consegue confirmar as alegações de Kara de que a nave cylon destruiu seu caça, o Comandante Adama e Lee começam a questionar a estabilidade mental dela.
Quando o representante legal de Baltar sofre tentativa de assassinato, Adama pede a Lee que proteja seu novo advogado. Depois que assume a tarefa, Lee procura se envolver mais na defesa de Baltar.
No julgamento de Baltar, o advogado Romo Lampkin tenta persuadir o júri, tarefa aparentemente impossível. Apolo se vê em uma situação delicada, perdendo a confiança do Comandante Adama, da Presidente Roslin, de sua esposa e talvez de toda a frota. E o Coronel Saul Tigh ouve uma estranha música na nave.
Romo e Apolo conseguem inocentar Baltar alegando que ele não tinha alternativa a não ser se entregar aos cylons em Nova Caprica. Anders, Tori e Tyrol também ouvem uma música soando na nave. Estes três e Tigh seguem o rastro da música e se encontram em uma sala, onde percebem que são cylons. Nesse momento, uma frota cylon aparece e uma queda de energia deixa a Galactica impossibilitada de saltar. Durante o combate, Kara aparece de repente ao lado do viper de Lee e diz que esteve na Terra.
Kara volta misteriosamente à Galactica, dizendo que achou o caminho para a Terra, mas ninguém acredita nela; suspeita-se que é uma cylon. Durante o ataque cylon, um raider visualiza Anders dentro do cockpit de seu viper e o ataque é cancelado para surpresa de todos. Os 5 finais não sabem o que fazer, acreditam que sua programação pode ser ativada a qualquer momento e que eles podem atentar contra a nave. Kara, em vão, tenta convencer o comandante a voltar à nebulosa para que ela "sinta" o caminho da Terra novamente; com a recusa dele, Kara acredita que sua única alternativa é matar Roslin.
Os Cylons entendem que os outros Cinco estão na frota Colonial. Alguns Cylons querem que o modelo Cavil pare de lobotomizar os Raiders. Starbuck tenta desesperadamente convencer os demais de que a Frota está no caminho errado para a Terra.
Kara Thrace segue o seu próprio caminho em busca da Terra enquanto os Cylons enfrentam a ameaça dos Centurions. Um membro da tripulação de Galactica descobre um terrível segredo sobre seu amado.
Gaius Baltar inicia um debate pela liberdade religiosa enquanto promove a sua crença em um Deus único.
O especialista Tyrol entra em depressão após sua recente perda. Ele fica curioso acerca dos sermões de Gaius Baltar e seus seguidores. A tripulação de Demetrius fica preocupada com a estabilidade mental de Kara e um velho inimigo retorna com uma oferta tentadora.
A Presidente Roslin e Kara Thrace tentam aceitar os novos termos da relação com os Cylons.
A Presidente Roslin encara o desafio de um plano para destruir o Centro de Ressurreição junto com os aliados Cylon.
Adama manda prender Athena e parte em uma busca pela nave-base onde estava Laura. Um raptor é encontrado e com ele também uma nave cylon, destruída. Adama não aceita a perda da Presidente e pela primeira vez confessa seu amor por ela. Com a perda de grande parte dos pilotos de combate, que estavam na nave base, Adama coloca Tigh no comando e parte com um raptor em uma busca solitária pela tripulação humana perdida. Ao mesmo tempo, Lee se torna presidente das colônias, pois os militares não aceitam Tom Zarek. A cylon presa a bordo, Seis, está grávida de Tigh, que é um dos cinco cylons finais. Romo Lampkin reaparece e se torna conselheiro de Lee, após colocar à prova sua determinação.
A nave base ataca o centro de ressurreição cylon e o destrói, humanos e cylons colaboram ainda que forçados. A Número Três é reativada, mas só revelará os cinco cylons finais quando estiver a salvo na Galactica. Laura descobre que Baltar entregou os códigos que levaram a raça humana ao quase extermínio e tenta matá-lo, mas uma crise de culpa a faz mudar de ideia. Ela tem visões nas quais se acha culpada por seu temperamento rigoroso e sua conduta ao longo da fuga, sempre optando pela sobrevivência a qualquer custo, mesmo sacrificando valores éticos. Hello descobre que a Número Oito da nave cylon possui as memórias de Athena e forma um laço afetivo com ela, sentindo pesar quando é obrigado a entregar a Três para a Presidente em vez de para os cylons, contrariando o plano estabelecido em acordo. Baltar é ferido no ataque e delira sob efeito da morfina, finalmente admitindo sua traição e revelando que se sente perdoado. Isso talvez explique o desaparecimento da Seis fantasma, ela poderia ser uma projeção da culpa subconsciente de Baltar. Todos atingem a salvo o ponto de encontro, onde Adama espera solitário. Aparentemente os cylons não podem mais ressuscitar, isso os obriga a ver a vida e a morte de outro modo.
A Número Três finalmente identifica os cinco cylons finais, ou melhor, dá margem para que eles mesmos se entreguem ao seu povo. Ela faz da tripulação humana da Galactica refém até que os cinco se entreguem, mas Tigh decide se entregar a Adama, que fica desconcertado e sem ação. Lee prende todos os quatro que estão na frota (pois ainda falta o Ultimo Cylon) e barganha com os cylon pelos reféns. Antes desse evento, os quatro ouvem novamente a música que os ativara e sentem que o viper de Kara é a chave para a Terra. Kara examina a nave e descobre que ela está captando um sinal vindo da Terra. Ela chega a tempo de impedir que Lee execute Tigh em cumprimento da ameaça aos cylons. Reunindo-se com a Três, Lee consegue um armistício, os quatro finais e os reféns são liberados e todos partem juntos para a Terra. Em cenas emocionantes, humanos e cylons chegam à Terra. Eles descem à superfície do planeta, mas uma terrível surpresa os espera: não há pessoas vivas, só se vê uma paisagem desolada de uma civilização destruída.
A frota encontra a Terra, mas o planeta está devastado por uma hecatombe nuclear. São encontrados ossos de cylons, o que leva a crer que a décima terceira tribo era formada de cylons e não de humanos. Kara descobre uma nave igual à sua, destruída e com um corpo carbonizado. Através de um medalhão, ela percebe que o corpo é seu, ou seja, ela morreu no episódio em que entra no vórtex e de alguma forma renasceu em outro corpo. Os quatro cylons da frota lembram vidas passadas no planeta que supostamente é a Terra. Eles viviam ali há 2.000 anos e também renasceram entre os humanos. O clima de desespero é total, ocorrem muitas brigas na Galactica e Dee se suicida. Mas eles decidem ir adiante e procurar outro mundo habitável, embora ainda sejam perseguidos pelas forças Cylons. Tigh volta a ser o XO da nave e descobre, ao lembrar sua vida anterior na Terra, que fora casado com Ellen. Lembra-se também de que ela prometeu que eles renasceriam e viveriam juntos outra vez, o que o leva a pensar que ela é o último cylon, ainda não revelado.
A frota fica tomada por um clima de desesperança e revolta contra os cylons. Zarek aproveita para liderar uma insurreição contra Adama e tomar o controle da frota. Laura não se importa com a situação política, ela só quer aproveitar os últimos dias de vida. Até mesmo Baltar muda sua pregação e profere ofensas contra Deus por tê-los abandonado. Sem a tecnologia cylon, que permite saltos FTL maiores, será difícil achar um planeta habitável; isso cria um impasse entre quem quer os cylons como aliados permanentes e quem os rejeita por completo, favorecendo o golpe de Estado encabeçado por Zarek, que conta com o apoio de Gaeta.
Explode a insurreição na Galactica. Gaeta liberta Zarek e lidera o motim. Os cylons a bordo, inclusive Anders, são presos. Um falso alarme de incêndio é usado para cortar as comunicações e permitir a organização da força rebelde. Adama é surpreendido na ponte de comando e aprisionado, mas consegue fugir. Gaeta assume como comandante na ponte. Laura tenta falar com a frota por meio da rádio-pirata de Baltar, mas o som é cortado a tempo. Lee e Kara conseguem se desvencilhar dos soldados e unem forças para ajudar Laura e Baltar a escapar da nave, rumo à nave base Cylon. Eles conseguem fugir graças a Tyrol, que tinha restaurado um hangar abandonado, mas Adama e Tigh não os acompanham, eles se mantêm no hangar de que o raptor decolou para evitar a invasão dos soldados amotinados, dispostos a sacrificar a vida.
Adama e Tigh são capturados e Gaeta submete o Almirante a um julgamento improvisado, ordenando logo sua execução. Laura está a bordo da nave base e ameaça destruir a Galactica, ao mesmo tempo em que consegue enviar transmissões de rádio com apelos à lealdade da frota. Zarek manda matar todo o Quórum dos Doze. Kara leva Anders, que foi ferido no resgate dos prisioneiros, para a enfermaria, enquanto Lee e os demais salvam Adama na hora do fuzilamento. Juntos, eles conseguem retomar o comando da Galactica. Gaeta e Zarek são executados. Tyrol descobre uma fratura no casco da nave.
O casco da Galactica está com fendas em vários pontos e Tyrol diz a Adama que só uma resina orgânica dos cylons pode cimentar e fortalecer a estrutura. Adama reluta, mas por fim concorda. Enquanto isso, fica-se sabendo que Ellen é o último cylon. Doze meses antes, logo após a fuga de New Caprica, ela havia renascido em uma nave base e lembrara todo o seu passado. Ela e os outros quatro fizeram os cylons humanoides quando encontraram os centuriões em guerra com os humanos, sob a promessa de acabar a guerra. Depois Cavil lançou novo ataque contra a humanidade e capturou seus criadores, reprogramando suas memórias e os enviando para a frota da Galactica, a fim de testemunharem as perversidades humanas pós-holocausto. Aparentemente esse era o plano cylon. Anders se recobra do ferimento e revela que lembrou todo o seu passado. Os cinco cylons viviam na Terra e planejaram sua fuga após o ataque nuclear. Eles renasceram em uma nave orbital e rumaram para as colônias, a fim de prevenirem os humanos de que escravizar os centuriões só perpetuaria o ciclo de violência. Como viajaram em velocidade subluz, levaram dois mil anos para chegar, mas o tempo passou mais devagar para eles e a guerra já havia começado quando da sua chegada. Eles encontraram os centuriões tentando fazer os híbridos e concordaram em criar os outros sete modelos humanoides com a condição de que a guerra parasse. Ellen consegue escapar da nave base com a ajuda de Boomer e ruma para a Galactica. Cavil queria que ela recriasse a tecnologia da ressurreição, mas ela se recusou, então ele pretendia examinar seu cérebro para descobrir as respostas.
Ellen chega à Galactica e deseja encontrar os outros cylons. Eles se reúnem e votam por abandonar a frota e seguir seu caminho com a possibilidade de gerar filhos e perpetuar sua espécie. No entanto, Caprica Seis aborta e novamente a única esperança de sobrevivência está nos híbridos como Hera. A resina cylon é infiltrada nas fendas da nave e isso cria nos cylons um sentimento de que a Galactica agora é um híbrido, no final do episódio eles são vistos colocando fotos dos seus mortos durante a guerra numa parede da nave, exatamente como os humanos vieram fazendo com seus mortos. Baltar convence suas seguidoras a dividir os alimentos da irmandade com todos os famintos da frota, mas os seguidores de Ares os assaltam e levam a comida. Então Baltar, influenciado pela Seis fantasma, convence Adama a fornecer armas ao grupo religioso, com o argumento de que o comandante logo perderá o controle se não houver uma milícia para manter a ordem.
Boomer é presa por ordem de Adama, mas consegue fugir com ajuda de Tyrol, que continua apaixonado por ela. Ele a ajuda a fugir em um raptor, sem saber que ela estava levando Hera consigo, provavelmente para dar a Cavil um elemento de barganha para recuperar os cinco cylons e com eles a tecnologia de ressurreição. Aparentemente seu retorno à Galactica era um plano para raptar a criança híbrida. Kara encontra um pianista no bar da Galactica e, com seu incentivo, ele a ajuda lembra uma música que costumava tocar com seu pai. Ao tocar essa música, ela atrai a atenção dos cinco cylons, que a reconhecem como a música que os ativou no fim da terceira temporada. Kara percebe que o pianista era na verdade a visão de seu pai e que a partitura tinha ligação inexplicável com um desenho que Hera lhe dera. Ao fugir da Galactica, Boomer provoca uma explosão no casco da nave, que coloca em risco as vidas de todos. Laura sente de algum modo a perda de Hera e cai no chão, possivelmente morta.
A Galactica está seriamente avariada e Adama ordena que a tripulação a abandone após um acidente na tentativa de reconstruir a parte estilhaçada na fuga de Boomer. Kara dá a Baltar uma amostra do tecido do seu suposto cadáver achado na Terra. Baltar examina o tecido e conclui que Kara realmente ressuscitou e que não é cylon. Ele a usa como exemplo em um discurso religioso que exorta as pessoas a crer na imortalidade da vida. Boomer leva Hera à colônia cylon que está na superfície de um planeta ou asteroide. Anders é conectado a um equipamento semelhante ao do híbrido da nave base e, utilizando-se da resina que se espalhou pela Galactica e que possui fibras neurais, consegue controlar a nave como os híbridos fazem. Entretanto, ele ainda não recuperou sua consciência normal.
O episódio final começa com flashbacks do passado recente de vários personagens, dessa forma, ficamos sabendo que Laura perdeu parentes em um acidente de carro e que Baltar tinha problemas com seu pai, por exemplo. Na Galactica, tempo atual, Adama decide partir em uma missão arriscada para salvar Hera. Os tripulantes são recrutados pela própria vontade, pois há risco de ser uma viagem só de ida. A colônia cylon é descoberta em torno de um buraco negro, o que torna a missão ainda mais arriscada. Cavil pretende usar Hera em um experimento para garantir a sobrevivência da raça cylon.
Adama lidera uma missão heróica para libertar Hera. A Galactica literalmente invade a colônia cylon e os soldados humanos lutam ao lado dos centuriões da navebace rebelde, enquanto os vipers combatem os raiders. Os cinco cylons começam a partilhar suas memórias a fim de darem a tecnologia aos outros sete cylons, mas isso leva Tyrol a descobrir que sua esposa foi assassinada por Tori. Enfurecido, ele interrompe o processo e mata Tori. Isso faz os cylons se alarmarem e recomeça o tiroteio. Em meio à confusão, um dos raptors, cujos tripulantes estavam mortos, lança por acidente mísseis nucleares e a colônia é destruída.
