A academia Mihama é um ambiente de aprendizagem fechado, criado para estimular alunos que se encontram em desacordo com o mundo ao seu redor. Quaisquer que sejam as circunstâncias por trás da criação ...
Kazami Yuuji salvou o coração das cinco garotas do Instituto Mihama, mas o seu próprio coração ainda está envolto pelas ...
Um jovem anda uma distância de 175km e se muda para o Cabo de Mishima com apenas uma mochila nas costas: Kazami Yuuji. E o desejo desse jovem tão desapegado do mundo era o seguinte: "Eu quero entrar numa escola normal e levar a vida de um estudante normal."
Inicialmente, Makina têm medo de Yuuji e se esconde atrás de Amane. Aos poucos ela se abre e começa a se tornar apegada à ele. Enquanto todas as suas outras colegas aprofundam suas amizades com Yuuji, apenas uma continua com cautela em relação à ele: Sakaki Yumiko.
Amane torce o tornozelo enquanto se divertia com suas colegas de classe durante a aula de Educação Física. Como o Instituto Mihama não possui uma enfermeira residente, Yuuji, que havia aprendido primeiros socorros na sua última escola, trata do seu ferimento. Enquanto ele cuida dela, Amane se confessa e diz "Seja meu namorado." Sua atitude foi tão repentina que ele decide que aquilo não passava de uma provocação dela. Em resposta à isso, Amane diz: "Já que você não quer ser meu namorado, então eu vou ser sua onee-chan!"
Yuuji percebe Michiru caminhando ao longo do caminho que leva à um ponto alto com vista para o mar durante sua corrida matinal diária. Ele se interessa e a segue. Lá, Michiru demonstra um lado enervado, em contraste com sua disposição normal e o pergunta: "O que acontece com as pessoas quando elas morrem?"
Michiru tenta fugir da realidade após perder Miaumel e resolve agir por impulso. Yuuji a encontra rapidamente e ela sobrevive graças à ele. No dia seguinte, Michiru se comporta da maneira mais animada possível, como se tudo o que aconteceu no dia anterior fosse uma mentira. Ela ainda é a mesma tsundere boba de sempre...
Michiaki Sakaki, o presidente do Instituto Mihama utiliza da sua influência e convoca JB. Ele se irrita que a escola que ele criou especificamente para Yumiko para se tornar sua sucessora não está honrando o seu propósito. Ele decide contar com a força da empresa de JB para ter suas vontades realizadas.
Sachi: a aluna vestida de empregada que pode realizar qualquer desejo. No entanto, para isso, ela utiliza de todos os meios necessários. Todos no Instituto sabem que a Sachi tem esse lado perigoso, e se cuidam ao falarem com ela. Um dia, com as férias verão se aproximando, Michiru se descuida e fala para a Sachi fazer com que as provas sumissem.
Yuuji do nada anuncia que será o pai da Makina. Todos se confundem e soltam olhares descrentes para eles, mas os dois agem como pai e filha com bastante diligência. Yuuji inclusive acaba se torna uma espécie de pai espartano. Ele tenta passar para Makina todo o conhecimento que ele possui, desde defesa pessoal até saber como manusear armas.
O passado de Makina é revelado. Ao ser ordenado matá-la, Yuuji resolve fugir do Instituto para protegê-la.
Amane sente amor não correspondido por Yuuji desde o dia que esse se transferiu, que foi quando ela o viu pela primeira vez. Yuuji se pergunta se existe algum outro motivo para a dedicação dela à ele que não seja "amor à primeira vista", apesar de não fazer muito tempo que eles se conhecem.
Os membros do Clube de Basquete da Takizono que acabaram de sobreviver um acidente não conseguem ajuda de ninguém. Eles foram deixados em algo que parece ser o Inferno na Terra. Durante sua luta implacável contra a morte, Amane conhece uma garota que se chama "Kazuki Kazami."
Já se passaram alguns dias desde a queda daquele penhasco. A comida que as garotas tinham em mão acaba e elas começam a perder a esperança de serem salvas. Vagarosamente, elas começam a entrar em desespero.
Motivada por Yuuji, Amane decide ir com ele para enfrentarem o seu passado. Yuuji ainda tem uma dúvida sobra a história de Amane: "Será que a Kazuki morreu mesmo?". Yuuji se dirige ao local do acidente junto de Amane para tentar encontrar respostas.
Asako Kusakabe resgata o jovem Yuuji de terroristas numa certa missão. Ela se esquivou da morte diversas vezes como uma soldado, e do nada decide se tornar a guardiã de Yuuji. Apesar das reclamações de JB, uma de suas colegas de trabalho, ela e o jovem começam a morar de baixo do mesmo teto.
Mais detalhes do passado de Yuuji são revelados: o seu relacionamento com Asako e como ele resolveu seguir os mesmos passos que ela.
Aqui o passado e atrocidades que Yuuji cometeu após ter decidido seguir a mesma carreira de Asako são revelados. Yuuji mostra como a amizade dos seus colegas de farda o ajudou a superar seu trauma de infância.
Yuuji segue em frente no seu caminho como soldado para proteger "uma mulher importante": Asako. No entanto, ela o deixa antes que ele atinja a maioridade. Yuuji mais uma vez sofre com sentimentos de desespero, mas é salvo pelas últimas palavras de Asako e começa a seguir seu caminho novamente.
Depois de Yuuji desaparecer misteriosamente, as garotas do Instituto Mihama o veem na tela de TV. Ainda mais, está sendo noticiado em cadeia nacional que ele é o suspeito de um atentado terrorista que pode gerar repercussão internacional.
Depois de Yumiko entrar em contato com o informante "Jimmy", ela e as outras garotas do Instituto Mihama descobrem que a situação é ainda mais grave do que elas imaginavam. Apesar delas terem perdido contato com Yuuji e terem sido dispensadas da escola, elas arranjam uma nova base de operações e começam um plano para resgatá-lo.
A operação para o resgate de Yuuji começa. As garotas, seguindo ordens de Thanatos, preparam-se da forma que podem para poder ajudar a operação ser um sucesso. O que elas não contam é que não são somente elas atrás de resgatarem Yuuji.
O terrorista internacional Heath Oslo usa armas nucleares como proteção para ameaçar a nação. A nação pretende utilizar Yuuji como um sacrifício humano para tentar lidar com Oslo. Não há como salvar Yuuji dessa crise a não ser resgatando ele enquanto ele é transferido de Ichigaya para Akasaka.
Um antigo amigo aparece...
Yuuji finalmente enfrenta Oslo. Será que ele conseguirá voltar para as garotas do Instituto Mihama?
