O ano é 2242. O Kanata quer ser Nômade e encontra a Noir, uma Magus pifada que não tem memórias. Depois que a Noir brilha numa batalha contra os Eliminadores, o Kanata se junta a ela e descobre o que ...
O Kanata, um candidato a Nômade, explora as ruínas do museu com o renomado Nômade Tokio e encontra uma Magus sem memórias. Quando os Eliminadores atacam, a Cidade Rochedo corre perigo.
O Kanata volta às ruínas do museu onde achou a Noir em busca de pistas sobre o passado dela. Figurão da organização criminosa do Baccarat Nest, o Range tenta afastar a Noir de Rock Town, mas ela conhece a Ciel, uma Magus de voz angelical.
O Kanata agora é o mestre da Noir e se prepara para virar Nômade. O Tokio decide que vai fazer do Kanata um homem de verdade e o leva ao Ninho Desejo, a cidade do prazer. Quando a Ellie, a Ange e a Noir ficam sabendo, vão buscar o Kanata no Ninho Desejo.
O Kanata treina para ganhar força, enfrentando os Eliminadores sem a ajuda da Noir. Quando ele está quase derrotado, um Caixão-Cesto aparece e derruba os Eliminadores com um tiro de longe. As salvadoras se apresentam como Claudia e sua parceira Magus Flamme e fazem um pedido inusitado para o Kanata.
O Kanata descobre que precisa fortalecer o elo com sua parceira Magus para ser um Nômade mais forte. Ele vai para as ruínas do labirinto Fes com a Noir. Já o Tokio fica sabendo de um grupo que ataca Magus Tipo Zero com seus Nômades.
O Kanata e o Tokio pegam chuva enquanto procuram Cristais AO, então o Tokio sugere que se abriguem no vizinho Ninho Bacará, a cidade dos jogos. Lá eles encontram uma Magus solitária cantando num salão. É a Ciel, a Magus que a Noir conheceu quando o Range tentou sequestrá-la.
Para descobrir mais sobre o passado da Noir, o Kanata pede para a Maria fazer manutenção nela. A Ellie vai cuidar do Kanata enquanto a Magus dele está parada. Mas, em vez da típica casa bagunçada pela Noir, a Ellie encontra tudo impecável com a Ciel lá.
O Kanata convida a Ellie para ir a Satélite Aqua. A Ellie se empolga, achando que é um programa romântico. Mas, ao chegar lá, encontra o grupo todo. Eles se divertem na piscina. Quando a Ciel sobe ao palco, o público vai à loucura.
Indo para o Ninho Comercial, o Kanata vê um Nômade solitário andando na chuva. Eles se cruzam de novo no Ninho Comercial, e o Nômade se apresenta como Alba. O Alba é veterano e conta para o Kanata que está pesquisando as Magus.
Alguém ou algo anda destruindo os Ninhos vizinhos da Cidade Rochedo. O Kanata quer averiguar a situação, mas o Tokio se recusa. Eles não chegam a um acordo, e o líder da Cidade Rochedo diz para os dois investigarem juntos. Com toda essa tensão, o Kanata viaja sozinho.
Drifters de Ninhos vizinhos correm para ajudar a Cidade Rochedo nos preparativos para enfrentar a Chuva de Prata. Enquanto isso, o grupo misterioso que persegue a Noir aproveita o caos e manda a Ciel eliminar o Kanata. A batalha se estende, e os Nômades vão perdendo as esperanças.
É a última parte da batalha contra a Chuva de Prata. Ninguém saiu ileso, e mesmo com o Kanata se recusando a desistir, está difícil até para o OGROFLORIDO repaginado. Nessa luta mortal, a preocupação da Noir chega ao extremo, e ela sofre uma transformação.
Alguns dias depois da batalha contra a Chuva de Prata, a Noir ainda não voltou ao normal desde que se transformou na Mystere. O Kanata leva a Mystere para lugares aonde ele foi com a Noir para que as lembranças despertem a Noir.
A Mystere diz pro Kanata que Histoire existe. Para provar, diz que ela e o antigo mestre fizeram contato com a rede de Histoire durante uma viagem. Mas pro Kanata chegar a Histoire, ele precisa de um treinamento.
O Kanata vai para a vizinha Cartago, que deveria ter um antigo espaçoporto, para procurar pistas da lendária Histoire. Ele tenta entrar, mas sofre um ataque de repente. Quando enfrenta os agressores, o Kanata é desafiado para um duelo pela Magus dele.
A Noir fica sabendo que sua personalidade pode sumir depois da autorreparação da Mystere. Ela aceita esse destino, acreditando que o Kanata ficará melhor com a Mystere. Eles ficam em desacordo, já que o Kanata não sabe dessa decisão. Como despedida, a Noir decide preparar uma refeição para ele.
A imprudência da Noir impede que ela e a Mystere funcionem. Quando nenhuma das duas acorda, o Kanata pede ajuda ao Alba. Mas o Alba diz ao Kanata que precisa de outra Magus Tipo Zero para salvá-las. Pode ter uma nas ruínas de Amasia, então o Kanata e a Ciel vão procurá-la.
Traído por um aliado de confiança, o Kanata é capturado. Para piorar, outros dois amigos estão entre os integrantes do Ideal. A pá de cal é uma revelação do Weisheit sobre um passado chocante.
A Ellie procura o Kanata, preocupada com a segurança dele. Ela o encontra em choque, abraçando uma Ciel imóvel e se culpando. O tempo é curto para Noir e Mystere, mas ele não consegue decidir. No meio da discussão acalorada, o Kanata precisa tomar uma decisão.
Pascale deixou uma mensagem explicando o passado da Noir e da Mystere. A história começou quando fez contato com Histoire. Enquanto isso, o Macht relembra a época em que firmou contrato com a Schnee. As lembranças dele revelam o segredo do Ideal, enquanto se aproxima a batalha dele contra o Kanata.
Com a batalha contra o Ideal chegando, o Kanata se ocupa incrementando o OGROFLORIDO ALTER. Enquanto isso, a Noir não consegue aceitar que foi a Ciel quem a salvou. Perambulando, ela encontra uma fã da Ciel. Relembrando músicas da Ciel, a Noir diz ao Kanata que gostaria de tentar cantar.
Com o foguete da Maria pronto, o Kanata finalmente pode viajar para Histoire. Só que o Ideal não concorda e tenta impedi-lo. A guerra é declarada quando o Weisheit manda o Macht roubar a Mystere na cara do Kanata. A batalha dos Nômades da Cidade Rochedo contra o Ideal começa com um estouro.
O Kanata decide perseguir o Weisheit no último foguete que restou para resgatar a Mystere. Ele e a Noir se despedem do povo da Cidade Rochedo e finalmente chegam a Histoire, onde o Weisheit espera ansiosamente por eles.
Tudo seguiu conforme o planejado pelo Weisheit, e todos os Magus pararam de funcionar. Mas a Noir é a única Magus que não foi afetada, graças à sua origem singular. Agora ela é a última esperança. Chegou a hora de Kanata e Noir enfrentarem o Weisheit na batalha final.
