A história começa com Sonic tentando salvar Cream e Cheese das garras do Dr. Eggman que ativou o poder do Controle do Caos fazendo com que ele, Sonic e os seus amigos Amy, Knuckles, Tails, Cream e Che...
Depois de uma explosão no laboratório de Dr. Eggman, Sonic e seus amigos são transportados para o mundo dos humanos.
Sonic precisa salvar seus amigos que foram capturados pela polícia e estão presos na área 99.
Um dos robôs de Dr. Eggman saiu do controle e está destruindo a cidade. Tails, Chris e Amy tentam derrotá-lo.
Sonic e Eggman estão à procura das sete esmeraldas do caos. Se reunidas, as pedras são muito poderosas e podem reverter a brecha no tempo e espaço.
Knuckles é enganado por Eggman, mas acaba culpando Sonic e o desafiando para um duelo.
Eggman envia um professor-robô para a escola de Chris. A ideia é controlar o menino e seus colegas de classe, mas a criatura gosta de crianças.
A mãe de Chris está de volta e quer dar uma festa, mas o garoto não sabe como esconder Sonic e seus amigos.
Dr. Eggman lança um robô E-90 no espaço para destruir satélites. Na tentativa de combatê-lo, Tails e Chuck constroem o Tornado X, um poderoso jato movido por uma esmeralda do caos.
Chris vai à inauguração de um hotel luxuoso na praia, mas o evento é arruinado por Dr. Eggman. Ele tem planos para construir um parque de diversões no local.
Dr. Eggman e seu time de robôs vão enfrentar Sonic em uma partida de beisebol. A disputa vale uma Esmeralda do Caos!
Rouge rouba uma joia valiosa, o maior diamante do mundo. O governo precisa agir e para isso, pede ajuda a Sonic.
Cansado das ameaças de Eggman, o presidente e sua equipe decidem realizar um ataque à base. Enquanto isso, Chris, Tails e Amy saem em busca de uma Esmeralda do Caos.
Sonic salva Tails e Chris do E-51 enquanto Eggman foge com a Esmeralda do Caos. Na base, Knuckles ajuda Rouge a plantar bombas nos geradores.
Sonic é o convidado de honra em uma celebração promovida pelo presidente, mas ele sai com Helen em vez de comparecer ao evento.
Dr. Eggman voltou mais forte do que nunca, e apenas Sonic pode detê-lo!
Sonic e seus amigos partem em uma viagem de férias. Chegando lá, eles descobrem que uma Esmeralda do Caos pode estar por perto.
Falcão conta para Knuckles que encontrou uma esmeralda vermelha rara. Eggman fica sabendo e pretende encontrar uma forma de roubá-la.
Durante uma busca na Savana, Chris, Tails e Sonic são atacados por Eggman. Eles precisam fazer um pouso de emergência e acabam se separando do ouriço.
Sonic e seus amigos visitam um antigo castelo onde a mãe de Chris está gravando um filme. Eles logo percebem uma presença sobrenatural no lugar.
Chris decide levar os amigos de férias em um cruzeiro, e Eggman os surpreende. Sonic conta com a ajuda de Knuckles para enfrentá-lo.
Sam Veloz deseja provar que é o mais rápido do planeta e para isso, desafia Sonic em uma corrida de carro.
Nossos heróis fazem uma visita às montanhas. Eggman também está no local e ataca Sonic.
O pai de Chris compra uma bela joia para sua esposa. Mas ninguém imagina que o presente é, na verdade, uma Esmeralda do Caos.
Depois de encontrar e derrotar um robô que Dr. Eggman criou, Sonic começa a se comportar de maneira estranha.
Knuckels propõe uma trégua a Eggman. Chris fica triste ao pensar que seus amigos terão que partir.
Eggman captura Chris e rouba as esmeraldas. Para salvar o amigo, Sonic enfrenta um robô superpoderoso.
Sonic não conseguiu retornar ao seu mundo. Enquanto isso, Eggman está trabalhando para desenvolver uma série de robôs.
Tails e Sonic estão em busca de uma Esmeralda do Caos. Knuckles relembra importantes acontecimentos do passado.
Sonic e Tails partem em busca de Amy para resgatá-la. Eggman ordena que os robôs capturem Froggy.
Knuckles, Sonic e Tails se infiltram no Egg Cargueiro e tentam encontrar a peça que falta da Esmeralda Mestre.
Tails salva a Station Square e vira um herói. Nas ruínas, Sonic encontra a luz misteriosa que o leva ao passado.
Eggman deseja se vingar da traição de Caos. Enquanto isso, Knuckles e Sonic são transportados para o passado.
Eggman descobre a existência do projeto Sombra, uma operação secreta para desenvolver a criatura perfeita.
Sonic é acusado de roubar uma Esmeralda do Caos e unir forças com o inimigo. Agora ele corre o risco de ser preso e julgado por traição.
Sonic está detido em uma prisão de segurança máxima na Ilha. Tails, Chris e Amy tentam libertá-lo.
Depois que a prisão da ilha é destruída, Sonic sai à procura de Chris, mas não o encontra. Dr. Eggman está envolvido nesse sumiço.
Sonic e Sombra se enfrentam enquanto o resto da tripulação procura Dr. Eggman. Knuckles e Rouge brigam pelo controle da Esmeralda Mestre.
Dr. Robotnik planeja como vingança colidir a ARK com a terra e destruir tudo! Agora, Sonic precisa convencer Sombra a salvar o mundo.
Aves misteriosas chamadas Flickies aparecem na Terra. O presidente precisa agir para evitar que a presença delas vire um problema entre as espécies.
Todos aguardam a chegada do ano novo para assistirem ao primeiro nascer do sol. Eggman tem planos para interromper esse momento.
Sonic é suspeito de interromper o fornecimento de luz solar de Eggman. O presidente envia as Forças para capturá-lo.
Sonic não aparece no encontro com Amy, e ela decide sair com Sam. Enquanto isso, Bokkun ajuda a tirar Eggman da cadeia.
O pai de Chris descobre que a maioria de seus funcionários está seguindo Sonic e abandonando o emprego. Direto da prisão, Eggman cria uma armadilha para o ouriço.
Após Eggman ser solto, Stewart procura por ele nos esgotos, mas acaba sendo capturado.
Para atrair Eggman, o presidente cria um torneio que tem como prêmio uma Esmeralda do Caos. Sonic, seus amigos e alguns servos de Eggman participam da competição.
Emerl vence a luta final contra Knuckles e ganha uma Esmeralda do Caos. O problema é que ele enlouquece e destrói a cidade.
Knuckles tem um mapa antigo que mostra um continente perdido. Eggman logo descobre e tenta roubar o mapa.
Sonic e seus amigos estão à procura de Eggman. No meio do caminho, eles encontram as ruínas da Murasia e descobrem um mundo subterrâneo.
Desde que Sonic chegou à Terra, os dois mundos estão se aproximando e quando se unirem, o tempo vai parar. O ouriço precisa retornar ao seu mundo antes disso.
Chris passa os últimos dias com Sonic e seus amigos. O presidente decide capturar Eggman.
Chris não aceita que Sonic tenha que partir. Ele sai correndo com o ouriço e todos começam a procurá-los.
Todos estão de volta em seus mundos e tudo parece normal como antes. Mas ninguém sabe onde está Sonic.
Sonic entra em uma batalha com Dark Oak. Enquanto isso, Tails, Amy e Cream encontram uma nave espacial.
Chris adulto volta a ser criança e vai para o mundo de Sonic. Ele e seus amigos embarcam em uma missão para impedir os Metarex de destruírem o planeta.
Sonic e seus amigos encontram um novo planeta. O local, que deveria estar completamente seco, agora está cheio de água.
Por terem salvado o planeta, Sonic e seus amigos são convidados de honra e homenageados em uma festa. Eggman observa a celebração e bola um plano para roubar uma Esmeralda do Caos.
Sonic continua à procura das Esmeraldas do Caos. Ele segue para o planeta Breezy, mas é confrontado com um ataque dos Metarex.
No confronto com os Metarex, Sonic é lançado para fora da nave em direção ao Planeta. Amy, Cosmo e Cream vão procurá-lo.
Chuck descobre uma maneira de transportar elementos de seu mundo para o mundo de Sonic. A bordo de uma espaçonave, os Chaotix partem para uma entrega especial.
Rouge descobre uma cápsula movida por uma Esmeralda do Caos. Para sua surpresa, ela nota que Sombra está hibernando lá dentro.
Enquanto Sombra tenta se lembrar quem é Sonic, um Metarex chega para completar sua missão: destruir o ouriço e Dr. Eggman.
Tails, Cosmo e Knuckles estão em busca de uma esmeralda quando encontram uma cidade abandonada.
Após descobrir que as duas últimas Esmeraldas do Caos estão dentro de uma fortaleza Metarex, Eggman sugere uma trégua para Sonic. O objetivo é trabalharem contra o inimigo comum.
Sonic enfrenta Dark Oak mais uma vez. A situação piora quando Red Pine e o exército de Metarex começam a atacar sua própria base.
Enquanto Amy se pergunta sobre o destino de Sombra, o restante da tripulação conserta o Tufão Azul. De repente, eles avistam uma nave Chaotix que estava à deriva no espaço.
Sem saber como isso afetaria Chris, a equipe decide viajar pelo Claustro Intergaláctico em busca dos Metarex. As intensas distorções dentro do claustro trazem consequências.
Os Metarex estão seguindo o Tufão Azul há 12 horas. Sem sinais de ataque, Sonic começa a se perguntar se eles estão caindo em uma armadilha.
Quando Sombra destrói a frota de Metarex, ele e Dr. Eggman são convidados pelos sobreviventes para visitar o Planeta. Eggman aceita o convite pois tem muito interesse nas ruínas.
Sonic encontra um meteoro no espaço enquanto procura outra Esmeralda do Caos. Quando Tails se aproxima, eles descobrem que é uma nave espacial com pequenas criaturas.
Dr. Eggman arma um plano para atrair Sonic e seus amigos. Eles só percebem a armadilha quando notam que o piloto da espaçonave é o Decoe.
Depois de ser perderam e voltarem para o Planeta, os Chaotix estão trabalhando em uma cafeteria. O plano deles é ganhar dinheiro suficiente para consertar a nave espacial.
Tufão Azul está sob ataque de um membro dos Metarex. Sonic e sua tripulação são enviados para um planeta vizinho.
Sem que ninguém saiba, Sombra invade o Tufão Azul e aparece diante de Cosmo. Sonic e os amigos precisam agir contra o inimigo.
O Tufão Azul é misteriosamente transportado para um planeta abandonado. Cosmo descobre que os Metarex estão a monitorando através de um chip que foi implantado nela.
Quando todos são informados pelo Dr. Eggman da reunião de Metarex, Sonic e sua tripulação partem para a batalha final.
Com Sonic no Planeta Aqurius, Dark Oak continua ganhando força para a transformação final. Knuckles e o resto da tripulação precisam de um plano para cortar sua energia.
A semente Metarex continua crescendo, e Sonic não consegue encontrar uma maneira de pará-la. Eggman pensa em como restaurar o poder das esmeraldas.
Com a partida de Cosmo, Dark Oak é destruído. Todos choram pela amiga, mas logo encontram outro problema, a gema do planeta pode liberar uma energia explosiva.
