Ittoki Sakuraba era um estudante normal até descobrir que é o 19º herdeiro do famoso clã ninja dos Iga, e que sua vida e suas posses estão sendo ameaçadas pelos Koga, um clã ninja rival. Ittoki agora ...
Ittoki, um jovem no início de sua adolescência cheio de vontade de curtir com seus amigos, porém sua mãe leva sua educação à sério e é muito rígida com seus estudos, o que o deixa frustrado com a vida.
Depois de algumas tentativas de homicídio, Ittoki descobre a verdade por trás de sua família e precisa tomar uma decisão muito importante para seu futuro.
Ittoki consegue passar no teste para se transferir para a Academia de Ninjas Kokuten e se despede de seus amigos com muito pesar.
O CNMSN está conduzindo a investigação sobre o assassinato do líder de Koga, mas a falta de evidências é algo que dificulta o andamento.
Chega mais uma prova prática e Ittoki precisa se preparar não só para o teste, mas também para possíveis ataques dos Koga. Kousetsu se dispõe a fazer de tudo, mas o futuro chefe não concorda com seu jeito de pensar.
Finalmente chegam as férias de verão e Ittoki vai viver algo que jamais achou que aconteceria: vai passar as férias com amigos.
Quando as férias de verão estavam prestes a acabar, Ittoki e os demais recebem um aviso de que a escola ficará em recesso por mais um tempo, mas o motivo não parece fazer sentido.
Depois que Karajishi deu um jeito em Goshogawara, ele assume a liderança do CNMSN e resolve as questões em aberto de Koga e Iga de forma parcial.
O ataque à Vila Iga continua intensa. Ittoki e os demais no QG central tentando pensar em estratégias para superar os inimigos que estão em maior quantidade.
No dia seguinte do ataque, várias notícias de anormalidades acontecendo em diversas regiões do país revelam para o mundo ninja o ataque em massa de Koga em várias vilas de shinobis.
Depois do funeral de sua mãe, Ittoki toma a decisão sobre o futuro da vila. Infelizmente a maioria não concorda, mas ele parece determinado à seguir com sua escolha.
Em um plano ousado, Ittoki decide ir até o QG dos Koga enquanto atacam a Vila Iga. Com a esperança de negociar com Minobe, ele chega à sala de reunião, mas não tem respostas agradáveis.
