Hades, o deus da morte, planeja conquistar o mundo e para alcançar esse objetivo, envia os cavaleiros de ouro falecidos para levar a cabeça de Atena. Seiya e os cavaleiros de bronze correm para ajudar...
Já se passaram 243 anos, desde a última Guerra Santa entre Athena e Hades, o Deus do Submundo. Em Rozan, Dohko de Libra, o Mestre Ancião, percebe que enfim chegou o dia em que os 108 Espectros, os soldados do batalhão de Hades, retornaram à Terra. No Santuário, Shaina, Nachi e Ichi encontram várias sepulturas abertas e descobrem que muitos Cavaleiros conseguiram voltar à vida. Na Casa de Áries, uma figura sombria se aproxima de Mu e ele, chocado, começa a se ajoelhar, lhe demonstrando respeito. Se trata de um Cavaleiro, que aparenta ser conhecido há muito tempo por Mu. O Cavaleiro misterioso ordena à Mu que lhe-traga a cabeça de Athena em 12 horas. Mu se recusa e de repente, surgem dois Cavaleiros de Ouro que foram mortos na Batalha das 12 Casas: Deathmask de Câncer e Aphrodite de Peixes. Uma vez que eles venderam suas almas para Hades, este ofereceu-lhes novas vidas e corpos.
Mu continua protegendo a Casa de Áries. O Cavaleiro misterioso, no entanto, deduziu que Mu teletransportou Seiya, ao invés de destruí-lo e ordena que Deathmask e Aphrodite, se apressem para matar Athena. Mu não permite que eles passem e furioso pelos dois Cavaleiros de Ouro terem vendido suas almas para Hades, os extermina facilmente com sua Extinção Estelar. Na Cachoeira de Rozan, Dohko de Libra diz à Shunrei, que irá partir e que provavelmente, nunca mais irá voltar. Dohko também pede para Shunrei não deixar Shiryu sair do lado dela e deseja que Seiya e os outros possam finalmente viver em paz, como adolescentes normais. Dohko então parte, contudo, três figuras sombrias se aproximam de Shunrei. No Santuário, Deathmask e Aphrodite desaparecem, porém, mais três figuras se aproximam de Mu. Shaina ordena Nachi e Ichi para incendiarem as sepulturas restantes, enquanto Jabu, descobre que mais três Cavaleiros de Ouro foram revividos.
No Castelo de Hades, Rhadamanthys de Wyvern, um dos três juízes do Submundo, implora à sua ama Pandora, para dar-lhe permissão para ir ao Santuário, mas ela se recusa dizendo, que os Cavaleiros de Ouro que reviveram, são mais que suficientes para completar a missão. Shun desperta após ter um sonho com uma menina que se assemelha à Pandora. Sentindo que algo está errado, ele dirige-se para o Santuário. Tatsumi, sob às ordens de Saori, tenta segurar Shun, sem sucesso. Mu chega à Casa de Touro e encontra Aldebaran. Contudo, o Cavaleiro de Touro morreu repentinamente e apenas restava um corpo sem vida que logo se desintegrou, sobrando apenas a Armadura de Ouro e uma pequena parte de seu Cosmo.
Saga diz à Camus e Shura para continuarem, enquanto ele luta contra o novo Cavaleiro da Casa de Gêmeos. Ao mesmo tempo, Milo de Escorpião chega ao Templo de Athena, acreditando que este Cavaleiro seja um inimigo, mas Saori lhe assegura que ele é um aliado. Saga reconhece o novo guardião e se lembra de todas as suas atrocidades. Ele é seu irmão Kanon, que sobreviveu à batalha de Poseidon e agora está vestindo a Armadura de Ouro de Gêmeos que um dia pertenceu à Saga. Na Sibéria, Hyoga decide nunca mais ver sua mãe novamente, mesmo que ele nunca consiga esquece-la. O Cisne se lembra dos ensinamentos de Camus e da influência que este teve em sua vida. De repente, três figuras misteriosas se aproximam dele: Misty de Lagarto, Moses de Baleia e Babel de Centauro. Os três Cavaleiros de Prata também foram revividos por Hades e tentam derrotar Hyoga. Usando o Trovão Aurora Ataque, Hyoga rapidamente consegue derrotá-los.
Saga, Camus e Shura chegam à Casa de Câncer acreditando que não existe nenhum Cavaleiro por lá, já que Deathmask está morto. Porém, quando entram na Casa, percebem que estão na entrada dos vivos e mortos. De repente, surgem zumbis que começam a atacá-los. Enquanto isso, Shiryu finalmente chega ao Santuário e encontra Ikki. Porém, o Fênix tenta convencer Shiryu a desistir de continuar e pede para que ele e os outros Cavaleiros de Bronze não interfiram na Guerra Santa, pois pensa que Athena os considerem como inúteis. Irritado, Shiryu ataca Ikki, dizendo que ele está lutando por Athena e seus amigos. Ikki consegue derrubá-lo e diz que eles não são fortes o suficiente para essa batalha e que ele não participará da luta, apenas assistirá a batalha. Ikki também aponta para Shiryu, a direção onde Seiya foi parar, depois de ser teletransportado por Mu e vai embora, deixando o Dragão surpreso. Na Casa de Câncer, Saga derrota facilmente os zumbis com sua Explosão Galáctica.
Começa a luta entre o Mestre Ancião e Shion. Shiryu chega para ajudar mas o Mestre Ancião não aceita. Shion consegue atingir e derrubar o Mestre Ancião, o que faz despertar ainda mais a raiva de Shiryu. Vendo um Dragão descontrolado, o Mestre Ancião aceita que seu pupilo lute e diz que vai pedir desculpas a Atena pessoalmente por causa disso. Mestre Ancião, agora Dohko de Libra, torna-se jovem devido a técnica Misophetta Menos. Dohko veste a armadura de Libra e agora terá condições de lutar de igual para igual com Shion. Shina tenta deter Hyoga e Shun mas acaba convencida pelos cavaleiros de bronze que a melhor coisa que eles têm a fazer é lutar para salvar Atena.
O grupo de espectros que conseguiu passar pela Casa de Câncer, chega a casa de Leão. Aiolia, que consegue deter vários com o seu Relâmpago de Plasma. Laimi de Verme chega e diz para os espectros irem para a próxima casa, Virgem, prendendo Aiolia com seus tentáculos, enquanto os outros espectros vão embora. Irritado, o cavaleiro de Leão consegue se soltar dos tentáculos de Laimi, para logo em seguida vencer rapidamente o espectro. Os espectros chegam na casa de Virgem, onde Shaka já os aguardava. O Cavaleiro de Virgem cria novas ilusões e explica que a vida dos espectros está ligada diretamente com o rosário que ele tem em mãos. Shaka mostra que quando uma das 108 contas do rosário fica negra, quer dizer que um espectro foi morto.
O grupo de espectros que conseguiu passar pela Casa de Câncer, chega a casa de Leão. Aiolia, que consegue deter vários com o seu Relâmpago de Plasma. Laimi de Verme chega e diz para os espectros irem para a próxima casa, Virgem, prendendo Aiolia com seus tentáculos, enquanto os outros espectros vão embora. Irritado, o cavaleiro de Leão consegue se soltar dos tentáculos de Laimi, para logo em seguida vencer rapidamente o espectro. Os espectros chegam na casa de Virgem, onde Shaka já os aguardava. O Cavaleiro de Virgem cria novas ilusões e explica que a vida dos espectros está ligada diretamente com o rosário que ele tem em mãos. Shaka mostra que quando uma das 108 contas do rosário fica negra, quer dizer que um espectro foi morto.
Shaka reconhece a presença de três cavaleiros de ouro entre os espectros e pede para eles pararem com a farsa. Saga, Camus e Shura se desfazem das armaduras emprestadas. Giganto fica perplexo e resolve atacar os traidores mas é atingido por Saga. Shaka convida os 3 cavaleiros para irem ao jardim ao lado da casa de Virgem, deixando Giganto na casa de Virgem. Giganto, descontente com a situação, resolve atacar o cavaleiro de Virgem. Shaka aplica uma surra em Giganto, matando-o facilmente. No jardim das Árvores Gêmeas, a luta começa. Shaka diz que para vencê-lo, os três teriam que combinar o golpe deles, formando a EXCLAMAÇÃO DE ATENA. Os 3 cavaleiros disparam a EXCLAMAÇÃO DE ATENA em Shaka.
Shaka é atingido pela EXCLAMAÇÃO DE ATENA, morrendo. Seu espírito consegue se manter vivo e volta para escrever, em pétalas de rosas, a palavra ARAYASHIKI. Ele envia as pétalas para Atena, que entende o recado. Saga, Camus e Shura entendem que Shaka fez isso de propósito e juram que ainda são cavaleiros de Atena. Quando eles saem do jardim, encontram os 3 cavaleiros de ouro restantes: Mu de Áries, Aiolia de Leão e Milo de Escorpião. Aiolia quer se vingar de Shaka rapidamente e atinge violentamente Saga, Camus e Shura. Milo também atinge os três renegados com sua Agulha Escarlate. Saga, Camus e Shura resolvem novamente utilizar a EXCLAMAÇÃO DE ATENA. Para revidar Aiolia, Mu e Milo também querem utilizar a técnica. As duas EXCLAMAÇÕES são disparadas, provocando uma enorme explosão no Santuário.
As duas EXCLAMAÇÕES DE ATENA colidem e formam uma imensa bola de energia. Os Cavaleiros de Bronze sentem a necessidade de ajudar e tentam repelir a bola de energia. Saga, Camus e Shura ficam apavorados pois com a ajuda dos Cavaleiros de Bronze, eles não conseguirão mais equilibrar a força da bola de energia. As armaduras de Seiya, Shiryu, Hyoga e Shun ficam douradas, e na união dos seus poderes eles conseguem mandar a bola de energia para o espaço, detendo o poder incrível gerado pelas EXCLAMAÇÕES DE ATENA. Saori pede para Aiolia, Mu e Milo que levem Saga, Camus e Shura até ela. Atena pede para Saga matá-la com a antiga adaga dourada que Saga utilizou para tentar matá-la quando ela era ainda um bebe. Saga fica desesperado e não quer matar Atena. Saori tranquiliza Saga, que acaba matando Atena. Todos os cavaleiros que estão no Santuário choram a morte de Atena. Os quatro cavaleiros de bronze chegam até onde Atena morreu e encontram Shion.
Shion ataca os cavaleiros de bronze, dizendo que não é uma atitude de cavaleiro ficar chorando a morte de Atena. Ele explica porque os Cavaleiros de Ouro Saga, Shura, Camus, Afrodite, Máscara da Morte e ele, aceitaram voltar do mundo dos mortos e servir a Hades. Shion disse que foi a única forma que eles encontraram para enganar Hades e poder entregar a armadura de Atena para Saori. Devido alguns imprevistos, Shaka teve que se sacrificar e Atena também. Seiya e os demais reconhecem que os antigos cavaleiros de ouro ainda são fiéis e dignos da confiança de Atena. Shion explica que os cavaleiros de bronze terão que levar a armadura de Atena para ela, que agora está indo enfrentar HADES diretamente. Shion banha as armaduras dos cavaleiros de bronze com o sangue de Atena e novas armaduras de bronze surgem. Os cavaleiros de bronze partem para o castelo de Hades.
Zelos de Sapo começa a bater nos cavaleiros de ouro que estão indefesos, principalmente em Camus, que havia desferido um golpe contra Zelos anteriormente. Os cavaleiros de bronze chegam e acabam com a festa de Zelos. Hyoga desfere a Execução Aurora e mata Zelos. O tempo acaba e os cavaleiros de ouro são desintegrados. Shun sente algo estranho quando vê Pandora. Seiya enfrenta Radamanthys e consegue golpear o juíz com o seu Cometa de Pégaso. Seiya intensifica seu cosmo e consegue derrubar Radamanthys no buraco que leva para o Inferno mas acaba caindo junto. O castelo de Hades começa a desmoronar. É o fim da Fase Santuário de Hades.
Seiya e Shun finalmente chegam no Inferno. Lá eles encontram o barqueiro Caronte de Aqueronte. Para atravessar o Rio, Shun mostra toda a sua bondade dando o seu pentagrama como forma de pagamento. Entretanto, o barqueiro mostra-se ser uma pessoa cruel e ataca os cavaleiros de bronze no meio do rio. Seiya de Pégaso não perdoa o espectro e liquida com ele quando eles chegam na outra margem do Rio!
Seiya e Shun chegam na Morada do Juízo e são julgados e condenados pelo espectro Lune de Balron. Kanon de Gêmeos surge e liquida rapidamente com Lune, que morreu ao tentar se passar por um deus, julgando as pessoas. Em seguida aparece Radamanthys de Wyvern, disposto a acabar com Kanon. Radamanthys é atingido pelo Satão Imperial e é obrigado e fugir da luta a pedido de Pandora.
Seiya e Shun chegam na segunda prisão e encontram o cão do Inferno, Cérbero, que é domado pelo espectro Faraó de Esfinge. Utilizando a técnica Balança da Maldição, o espectro quase mata Seiya e Shun mas é detido pelo cavaleiro de prata Orfeu de Lira. Orfeu e Faraó lutarão até a morte, já que o cavaleiro de prata descobriu que o Faraó foi um dos responsáveis pela petrificação da sua amada Eurídice!
Orfeu e Faraó travam uma batalha terrível. Os dois utilizam instrumentos musicais e Faraó leva uma ligeira vantagem ao destruir a corda Sol da Lira de Orfeu. De forma surpreendente, Orfeu segura a corda com os dentes e consegue finalmente vencer o maligno espectro. Na terceira prisão, Kanon, Shiryu e Hyoga enfrentam os espectros Golem de Rock e Iwan de Troll. Orfeu leva os Cavaleiros de Bronze até a Giudecca.
Orfeu ataca Pandora e os três juízes com o golpe Serenata da Viagem da Morte, fazendo com que os três durmam. Ele parte em direção a Hades mas Radamanthys, que acabou não caindo no truque de Orfeu, o ataca pelas costas. Seiya e Shun saem do baú e atacam Radamanthys. Orfeu morre em seguida. Kanon, Shiryu e Hyoga enfrentam o espectro Flégias de Lycaon na quarta prisão!
Shun é possuído por Hades. Seiya é enviado para o gelo de Cocito. Kanon derrota mais um espectro, Stand de Besouro Mortal, mas em seguida é pego por Minos, Radamanthys e Aiacos. Ikki surge e rouba a luta. Ele enfrenta Aiacos de Garuda de igual para igual!
Na quinta prisão, Ikki continua o seu combate contra Aiacos de Garuda, um dos três juízes do Mundo dos Mortos. Com muita obstinação, o passáro imortal consegue vencer Aiacos. Ikki prepara-se para atacar os outros juízes quando Hades sente o seu cosmo e Pandora o teletransporta até a Giudecca. Os dois irmãos se encontram no Inferno!
A alma de Shun despertou. Ele está pronto para sacrificar-se e incentiva Ikki, que neste momento hesita, a golpear Hades. Ikki golpeia o peito de Hades (Shun) e espalha o sangue sobre o solo da Giudecca, onde os gritos de Pandora ressoam. Neste momento, Seiya, que está preso em Cocyto, sente o cosmo de Ikki.
Atena e Hades lutarão na Giudecca. Atena pedirá para que Hades impeça o Grande Eclipse mas Hades decide matar Atena com o tridente da Pandora. Ele começa a ter problemas quando encosta no Sangue de Atena.
Seiya derrota Valentine de Harpia e volta para a Giudecca. Shun, que não hospeda mais o espírito de Hades, também está por lá. Na parte interior do palácio, atrás do trono de Hades, eles encontram o Muro das Lamentações, que divide o Inferno e o Elíseos!
Os Cavaleiros de Ouro Mu de Áries, Dohko de Libra, Aiolia de Leão, Milo de Escorpião e Shaka de Virgem estão em frente ao Muro das Lamentações. Com as armas da armadura de Libra, eles atacam o Muro mas são violentamente repelidos. Quando eles já estavam perdendo a esperança, surgem várias luzes douradas (as armaduras dos outros cavaleiros de ouro) para ajudar Seiya e seus amigos! Enquanto isso Kanon retira a armadura de gêmeos, manda para a Giudeca e fica para se sacrifica para deter Radamanthys! Confiando nos seus companheiros e seu irmão Saga!
Os Doze Cavaleiros de Ouro finalmente estão reunidos nesta era. Queimando seus cosmos, eles podem produzir a luz do Sol que é capaz de destruir o Muro das Lamentações. Os cosmos de todos os Cavaleiros estão concentrados na flecha de Sagitário que abrirá caminho para os Campos Elíseos. Seiya e seus amigos estarão encarregados de lutar pelo amor e pela justiça da Terra.
Outros seguem em frente mas são perseguidos por espectros. Shiryu é obrigado a enfrentar três inimigos de uma só vez e Hyoga terá de enfrentar o juíz Minos. Por outro lado, Seiya e Shun se surpreendem ao ver uma estranha dimensão do outro lado do Muro das Lamentações. Quando o desespero já tomava conta dos cavaleiros, pelo fato de que apenas os deuses são capazes de atravessar esta dimensão, um milagre acontece com a Armadura de Pégaso!
Quando Ikki surge na saída do Muro das Lamentações, ele encontra Pandora. A líder dos espectros conta que sua família foi morta por causa de uma terrível maldição criada por Hades, na qual ela ainda está sujeita. Entretanto, por causa dos cosmos de Seiya e dos outros, seus olhos foram abertos. Pandora suplica para que Ikki derrote Hades e vingue a sua família!
Após disparar o Cometa de Pégaso, as energias de Seiya se esgotam porém o golpe consegue arranhar e deixar revoltado o deus Thanatos. Seiya tem a visão de uma mulher: Seika, a irmã que a tanto tempo ele procurava. Thanatos planeja matar Seika na ferente de Seiya mas é impedido pelos Cavaleiros de Bronze presentes no Santuário, que estão dispostos a se sacrificarem. Em seguida, Seiya se levanta novamente!
O poder dos Cavaleiros de Bronze vestindo as Armaduras de Ouro não é páreo para o deus Thanatos, que reduz as Armaduras de Ouro a pó. Quando tudo parecia perdido, as vozes de todos ressoam no coração de Seiya. As Armaduras de Bronze ressurgem novamente com a chama da esperança. Eis que surgem as armaduras mais poderosas, que ultrapassam os poderes dos deuses, as Armaduras Divinas!
Após vencer o deus da morte Thanatos, Seiya parte em direção ao templo onde Atena está. O deus do sono Hypnos tenta impedir Seiya, mas o Cavaleiro de Pégaso dispara os seus Meteoros de Pégaso, surpreendendo e arrancando o elmo de Hypnos. Ikki de Fênix parte para cima de Hypnos, fazendo Seiya ganhar tempo. O Cavaleiro de Fênix, que está sem armadura, é arremessado para longe com o poder do deus. Shun de Andrômeda, de posse novamente da sua corrente, prende o braço do deus maligno, salvando o seu irmão. De repente, Shun ganha a Armadura Divina de Andrômeda graças ao sangue da deusa Atena. Hypnos fica perplexo ao ver que mais um Cavaleiro de Atena está vestindo uma poderosa armadura. Shun manda Ikki partir para ajudar Seiya. Shun começa a luta com Hypnos e dispara a sua Onda Relâmpago, mas é atingido pelo poderoso golpe de Hypnos: Sonolência Eterna.
Após Hades sacar a sua espada, Ikki parte para cima dele, mas é atingido no meio pela espada. Hades aponta a espada para Seiya, deixando o Cavaleiro de Pégaso acuado. Hades ataca novamente, mas Seiya consegue se defender, segurando a espada com as mãos nuas (técnica de iainuke, ensinada por Marin).
