Em um futuro próximo, a humanidade deu seus primeiros passos para viajar para os confins da galáxia. Ao fazer isso, eles descobrem uma enorme raça de alienígenas insetóides conhecidos como Monstros Es...
Noriko Takaya, filha de um herói espacial, entra na escola de treinamento de pilotos para combater uma raça alienígena que ameaça a humanidade. Inicialmente sem habilidades, ela encontra apoio em sua senpai, Kazumi Amano, e no rígido treinador, Coach Ohta, que vê potencial nela.
Noriko luta para acompanhar suas colegas de classe mais talentosas e enfrenta desafios emocionais e físicos. Ela começa a treinar intensivamente com Kazumi, e ambas são escolhidas para uma missão espacial crucial, onde a amizade e a determinação são postas à prova.
Noriko e Kazumi embarcam em sua primeira missão espacial. Elas enfrentam ataques alienígenas e dificuldades técnicas, mas Noriko prova seu valor ao salvar a missão. A vitória é amarga, pois revela a imensidão da ameaça alienígena.
Noriko e Kazumi retornam à Terra para um breve descanso, mas descobrem que devido à dilatação do tempo, muitos anos se passaram. Lidando com a diferença temporal, elas se preparam para uma missão final para salvar a humanidade, pilotando o robô gigante Gunbuster.
Noriko e Kazumi enfrentam um dilema emocional ao perceberem que as pessoas que conheciam envelheceram ou morreram. Elas se preparam para um confronto final contra a raça alienígena, com o destino da Terra em suas mãos.
Na batalha final, Noriko e Kazumi usam todo o poder do Gunbuster para enfrentar a ameaça alienígena. A batalha épica põe à prova sua coragem, amizade e sacrifício, culminando em um desfecho emocionante que define o futuro da humanidade.
