Em Ghost in the Shell: SAC_2045, somos transportados para o ano de 2045, após o mundo ter passado por um desastre econômico que colocou fim ao valor do dinheiro como nossa sociedade o conhecia. Por co...
EUA, 2045. A Major e sua equipe, incluindo o novato Stan, trabalham como mercenários e defendem uma cidade contra criminosos. Togusa recebe uma ligação.
Armados por um homem misterioso, inimigos atacam o Ghost com drones dotados de inteligência artificial. Togusa aceita uma missão para restabelecer a paz.
Togusa tenta encontrar sua antiga equipe no ciberespaço. Os membros do grupo são raptados por uma misteriosa organização americana que deseja contratá-los.
Togusa assume um risco calculado ao investigar John Smith e o desaparecimento da equipe. Os membros do Ghost questionam o verdadeiro objetivo da missão.
Em uma corrida contra o tempo, Aramaki vai atrás de Kusanagi. Os membros do Ghost dão início à missão, mas a segurança cibernética de Huge provoca uma mudança de planos.
Após um encontro da Seção 9, Kusanagi e seus colegas descobrem a existência de pós-humanos, uma ameaça à humanidade antes desconhecida.
De volta ao Japão depois de seis anos, Batou decide descansar enquanto aguarda a chegada da equipe. Mas um assalto a banco interrompe a diversão.
A Major e Smith discutem sobre a nova missão da Seção 9 para capturar pós-humanos. Togusa precisa investigar um suposto espião próximo do primeiro-ministro.
Um pós-humano mata vários políticos no Japão e gera problemas para a Seção 9. O próximo alvo é o sogro do primeiro-ministro.
A Seção 9 investiga um possível hacker pós-humano que usa a internet para incitar ataques físicos às pessoas, e as pistas levam a um jovem estudante.
Purin ajuda a analisar o programa PensaPol. A Major e Togusa procuram pistas sobre o estudante pós-humano, Takashi Shimamura.
Togusa passa por uma situação estranha ao analisar os dados de Shimamura. Ele e Batou saem para investigar.
Os membros da Seção 9 procuram um homem chamado Philip Kukushkin, um russo que parece saber muito sobre a criação dos pós-humanos.
O comando americano de operações especiais se junta à equipe da Seção 9 na luta contra Suzuka Mizukane, uma pós-humana implacável.
Ao extrair informações de Kukushkin, a equipe da Seção 9 descobre dados chocantes sobre o programa de IA desenvolvido pelo governo dos EUA.
Com receio de que Purin possa ser uma espiã americana, a Major manda uma equipe de Tachikoma investigar o passado que ela esconde.
Togusa finalmente percebe que estava preso nas próprias lembranças. De repente, ele acorda em uma Tóquio devastada em 2045.
Batou e os outros têm notícias de Togusa e vão para Tóquio. Em Fukuoka, a Major descobre que uma pós-humana sequestrou um submarino nuclear.
Purin ressuscita como uma prótese completa de ciborgue e tenta ir de carona para Tóquio. A equipe de operações especiais dos EUA enfrenta a ira de Mizukane.
Batou e o grupo recebem de Peculiar uma atualização sobre a situação dos pós-humanos. Major e Purin encontram os outros em Tóquio.
Para retomar o controle do submarino nuclear sequestrado, Mizukane e Takashi Shimamura viram alvos da equipe da Seção 9.
Shimamura desperta e toma uma decisão desesperada, deixando Kusanagi e sua equipe em uma situação impossível.
Kusanagi e sua equipe fazem o possível para impedir que o Império Americano ponha em prática um plano atroz para dar fim ao impasse nuclear com N.
A equipe da Seção 9 começa a viver suas vidas como se nada tivesse acontecido. Só Kusanagi estranha isso.
