Emily Byrne é uma agente do FBI que assume a difícil missão de capturar um dos assassinos mais perigosos de Boston, mas, durante as investigações, ela acaba desaparecendo sem deixar pistas. Seis anos ...
Emily, agente do FBI, desaparece por anos e é dada como morta. Seis anos depois, é encontrada com vida, porém sem memória do que aconteceu. Agora é considerada suspeita de uma série de crimes.
O suposto assassino em série de Emily, Conrad Harlow, está sendo libertado da prisão, e Emily ainda não está perto de resolver o mistério de seu sequestro e o tempo que passou em cativeiro.
Quando a testemunha contra Emily é assassinada, Nick e Emily devem provar sua inocência antes que Tommy Gibbs e o departamento de polícia a prendam.
Com a polícia de Boston exigindo que Emily se renda e sem que ela possa provar sua inocência, Emily tomará uma decisão que a manterá longe de Flynn para sempre.
A busca de Emily se intensifica quando um agente do FBI é morto. Esse evento faz com que Nick questione as verdadeiras intenções de Emily.
Depois de fugir das autoridades, Emily retorna a Boston para descobrir que a única pessoa que pode ajudá-la pode ser quem procura destruí-la.
Jack ajuda a salvar a vida de Emily e encontra uma conexão surpreendente com a infância de Emily. Emily descobre segredos do passado que se relacionam com um amigo de infância, Charles.
Alice e Flynn são seqüestrados por uma pessoa misteriosa. Nick suspeita que Emily foi quem sequestrou sua família e tenta desesperadamente encontrá-los. Um repórter assalta Jack toda vez que ela deseja obter informações exclusivas.
Emily é capaz de recuperar mais informações de Charles e espera que isso seja um avanço em sua pesquisa.
ommy faz uma nova descoberta que põe uma nova luz sobre a investigação. O passado de Emily enfrenta o presente quando ela finalmente encontra seu captor, e será como o rato e o gato.
Emily Byrne tem dificuldades para entender seu tempo em cativeiro e seu passado tumultuado. Enquanto isso, um ataque terrorista fatal afeta o centro de Boston, voltando a atenção do Agente Especial Nick Durand e do FBI para o caso.
Conforme Nick busca o criminoso do Anexo Federal, Emily encontra uma figura sombria de seu passado cuja chegada ameaça despedaçar sua frágil recuperação.
Recuperando-se de uma grande perda, Emily volta ao FBI para investigar outro serial killer.
A busca de Nick pelo criminoso do Anexo Federal intensifica conforme Emily e Cal seguem pistas sobre o Assassino Fentanyl.
Com a onda de crimes do assassino do Fentanyl crescendo, Emily e Cal temem que a próxima vítima seja alguém que eles não podem perder.
Emily e Cal viajam para a Moldávia para rastrear o assassino do Fentanyl - uma tarefa que se mostra ainda mais perigosa do que o previsto.
Enquanto Emily e Cal viajam pela Moldávia rural, Nick se esforça nos Estados Unidos para engolir uma grande mentira.
De volta a Boston, a dor de Emily dá lugar a um objetivo quando ela descobre uma pista que conecta Rex Wolfe ao mistério de seu cativeiro.
Emily percebe que Rex Wolf estava trabalhando para alguém ligado ao seu passado e seu presente. Ela decide que pode confiar em Nick para ajudá-la, mas como entender o enigma? Emily recorre a medidas extremas quando percebe que a ameaça está perto de casa.
Emily está em um beco sem saída, mas suspeita que não acabou, e segue os restos da evidência para o clímax desta violenta temporada.
Emily está nos últimos dias de sua suspensão do FBI enquanto luta para lidar com as consequências de suas ações das últimas duas temporadas. Muito vigilante e desconfiando dos outros, Emily vê ameaças em todo canto e fica atenta a todos.
Seguindo os eventos letais, Emily deve correr contra o tempo para achar e salvar Nick com a ajuda do seu informante misterioso, Kai. Rastreando sua localização, Emily vê que há uma conspiração mais complexa em curso e luta contra a possibilidade de que Nick tenha sido morto.
Desorientado e drogado em um estado de paralisia, Nick acorda em um local escuro e confinado. Enquanto isso, sem um corpo como prova, Emily se recusa a aceitar que Nick esteja morto e faz um acordo para resgatá-lo, só para descobrir que Dawkins armou uma armadilha e que todos estão em perigo.
O pedido de Emily para que o FBI vá atrás de Nick encontra resistência, e isso a leva a armar um plano arriscado que a põe diante do homem que pode levá-la a Nick. Enquanto isso, em algum lugar da Europa, Nick é drogado e psicologicamente torturado, revelando sua culpa enterrada e suas inseguranças como agente do FBI, marido e pai.
Emily obedece as ordens de Dawkins para ser levada a Nick e orquestra um esperto ardil no percurso. Enquanto isso, à medida que a culpa e a paranoia de Nick ameaçam dominá-lo, ele finalmente fica em paz com os demônios que o atormentam.
Nick continua a ser torturado, mas acha uma chance de escapar dos seus raptores. Cal e Emily saem em resgate de Nick e se aproximam no percurso. Ao chegar no local misterioso, acham evidências que levam ao caso de Nick em Boston, mas não há sinal de Nick.
Emily faz uma última tentativa de trocar os arquivos roubados por Nick e exige prova de que ele esteja vivo, sem saber que Nick escapou dos sequestradores numa perseguição emocionante. Nick contata o FBI, e Emily toma uma corajosa decisão de confrontar Cal sobre o passado dele.
Emily e Nick bolam um plano para se infiltrar no campo refugiado, e Cal se passa por um guarda do Meridian para achar Armstrong e levá-lo à justiça. Enquanto isso, Crown e Gunnarsen se aproximam do informante do Meridian e um visitante inesperado chega à fazenda.
Nick trabalha para libertar os refugiados e Cal finalmente confronta Armstrong. Quando Gunnarsen e Crown vão prender o Diretor Webb, descobrem algo letal. Enquanto isso, Emily tenta entender a operação de Elliot e vai longe para proteger sua família.
Emily e Nick finalmente se reunem com Flynn em Boston, mas a ameaça da arma biológica de Elliot ainda se faz presente. Emily recorre a medidas drásticas e faz uma escolha perigosa para garantir a segurança da família.
