Num futuro não muito distante, uma subida súbita e inexplicável do nível do mar deixou grande parte da civilização humana debaixo de água. Ikaruga Natsuki, um menino que perdeu a mãe e uma das pernas ...
Natsuki Ikaruga perdeu sua perna ainda criança em um acidente. Além das dificuldades financeiras, ele precisa sobreviver em um mundo que foi inundado pelo aumento do nível do mar. Um dia, em busca de um tesouro perdido na casa submersa de sua avó, ele encontra e acorda uma androide chamada Atri, que mudará sua vida para sempre.
Natsuki é surpreendido com a volta de Atri para sua casa. Após lidarem com um pequeno incêndio, os dois se encontram com Minamo, que os encoraja a descobrir mais sobre o passado de Atri e a misteriosa ordem deixada por sua antiga mestra.
Natsuki acompanha Atri em seu primeiro dia indo para a escola. Lá, eles conhecem a realidade dos alunos que ficaram na ilha e vida difícil que eles têm levado.
Natsuki decide construir um gerador de energia e sai em busca de materiais no mar. O projeto de construção tem início, e Natsuki e Ryuji começam a se entender graças à mediação de Atri. Enquanto isso, uma figura suspeita os observa de fora da escola.
Ponderando sobre vender ou não Atri para comprar baterias, Natsuki se depara com Catherine, bêbada, sendo arrastada pelo mar. Sem escolha, ele e Atri a ajudam para que ela se recupere. No entanto, um tiro ecoa pelo barco.
Com luz elétrica, a escola começa a receber mais alunos, e Natsuki, agora professor, passa a ter uma expressão mais contente. Pensando que pode haver algo mais por trás da mudança, Ryuji e os outros começam a investigar.
Natsuki se nega a crer que Atri é o seu primeiro amor, a garota que o salvou há oito anos, apesar de todos os sinais e da insistência dos amigos. Aconselhado por Catherine, ele tenta determinar se Atri possui de fato um coração.
Sem conseguir aceitar que Atri é mesmo seu primeiro amor, apesar de ser uma humanoide, Natsuki fica confuso. Interrogado, ele acaba confessando aos amigos que a beijou. A reação de Minamo surpreende a todos.
Lendo o diário de Atri, Natsuki fica bravo e sai de casa sozinho. Ele desmaia na chuva, e Minamo cuida dele para que melhore. No dia seguinte, Natsuki recebe de Catherine um relatório sobre uma humanoide da mesma geração de Atri.
Ao tentar se desculpar com Atri e impedir Yasuda de destruí-la, Natsuki acaba se tornando o alvo dele. Para defendê-lo, Atri ataca e nocauteia o homem. Sem ficar bravo, Natsuki se desculpa, provocando uma nova reação em Atri.
Natsuki anuncia aos alunos que vai partir para o continente, para retomar seus estudos na Academia. Atri começa a apresentar falhas repentinas de funcionamento, preocupando a todos.
Atri se lembra da última ordem de Nonko: ir até um lugar chamado Eden. No entanto, ela não sabe onde esse lugar fica nem como chegar lá. Após passar horas procurando no mar, Atri e Natsuki finalmente chegam ao Eden. Lá, um dilema terrível os aguarda.
Restam três dias. O relógio está correndo para Atri, que decidiu se incorporar ao sistema do Eden, e Natsuki, que trabalha para salvá-la desse destino.
