Um agente secreto tem um acidente brutal na estrada. Acorde na bucólica cidade rural Wayward Pines, em Idaho. Logo você vai perceber que sair de lá será quase impossível.
Agente do FBI, Ethan Burke acorda na cidade perfeita de Wayward Pines e começa a descobrir os segredos mais sombrios da cidade aparentemente inocente.
Ethan esforça-se para compreender por que o Xerife Pope não quer que ele deixe Wayward Pines; frustrado pela falta de informação e respostas sobre o paradeiro de Ethan, Theresa decide que ela vai em busca dele sozinha.
Abalado pelos acontecimentos recentes na cidade, Ethan não pode acreditar quando Theresa e Ben chegam em Wayward Pines.
Ethan se esforça com seu novo papel designado na cidade. Ele continua procurando uma saída, especialmente agora que sua família chegou e ele quer mantê-la segura.
Ethan caminha pela floresta e fora da linha da cerca, onde ele descobre algumas verdades sobre Wayward.
Ethan é levado a uma estrutura secreta na cidade, onde aprende o resto da verdade sobre Wayward Pines; Theresa faz algumas investigações por conta própria.
Ethan encontra uma bomba em seu carro, o que o leva a questionar as pessoas que supostamente eram confiáveis. Ao mesmo tempo, Kate e Harold discutem os problemas de fertilidade com a enfermeira Pam. Para completar, a relação de Ben e Amy esquenta.
Ethan investiga o grupo insurgente após eles criarem caos na cidade; a Irmandade Gathering é chamada para distrair e reunir as pessoas da cidade.
Ethan interroga Harold e outros insurgentes que saíram do radar; a professora de Ben aconselha-o a falar publicamente sobre os eventos que estão afetando a cidade.
Pam enfrenta Pilcher; Megan muda de ideia e ajuda Ethan a levar as pessoas da cidade para a segurança e a verdade.
Os residentes lutam contra o regime da Primeira Geração, e um novo residente surge para ajudar a preservar a raça humana.
Theo aproveita sua posição como único cirurgião da cidade para conseguir respostas sobre sua esposa e informação sobre Jason Higgins; Megan Fisher lidera estudo conduzido nos Abbies.
Flashbacks revelam como Jason Higgins se tornou a criança preferida de Wayward Pines; enfermeira Pam retorna como uma ameaça à cidade; Theo tenta entender por que foi escolhido para fazer parte de Wayward Pines.
Xander retorna a Wayward Pines com um pessoa que pode fazer com que ele entenda melhor os Abbies; Rebecca faz de tudo para ajudar uma jovem que está tentando escapar de uma tradição da cidade; C.J. lidera um grupo de expedição.
Rebecca lembra ter conhecido Pilcher como um arquiteto; Rebecca conta um segredo chocante a Theo; Teresa diz a C.J. e Adam que deseja viver do lado de fora dos muros; Megan conduz experimentos em uma Abbie fêmea.
Teresa corre perigo depois que os Abbies atacam CJ e deixam a cidade com poucos alimentos; Theo cria uma unidade de emergência temporária; Jason questiona a capacidade de Xander.
Theo e Megan discordam sobre a inteligência dos Abbies enquanto o doutor tenta se comunicar com o líder; CJ reflete sobre sua vida ao longo dos séculos.
Theo e Hassler buscam o líder Abbie fugitivo; Xander fala com Rebecca sobre sua condição; Jason recebe péssimas notícias.
Com os Abbies se aproximando, Jackson toma uma decisão fatal; Pilcher lembra encontrar o seu Escolhido; Theo e Xander colocam suas diferenças de lado para salvar a raça humana.
Os Abbies invadem a cidade, o que leva Theo a tomar uma decisão que pode afetar toda a humanidade.
