Uma equipe médica de emergência pronta a atender ocorrências de acidentes e desastres como socorristas. Corajosa e determinada, a sua única missão é: ninguém morre.
Tokyo MER é um serviço médico de emergência liderado por Kota Kitami.
A Tokyo MER é acionada quando uma estrutura de aço desaba em um local de construção. A médica residente Hina Tsurumaki discorda da decisão do chefe Kota Kitami de operarem no local perigoso local. Em meio ao conflito, o erro de Hina quase custa a vida de um paciente.
Um criminoso toma como refém uma moça que sofre de uma doença grave. Durante a troca de tiros no centro da cidade, Kota Kitami, da Tokyo MER, enfrenta a polícia ao chegar no local, que não quer se aproximar da refém para administrar o medicamento.
Um túnel desmorona! Ao chegar ao local, Kota Kitami encontra um médico que transportava um coração para um transplante sob os destroços. Outra parte do túnel desaba à medida que os esforços de resgate se intensificam.
Um elevador para subitamente devido a um incêndio. Nele estão a irmã mais nova de Kota Kitami, Suzuka Kitami e uma mulher grávida. Naoto Otowa e um proeminente político, Yugen Amanuma, estão presos junto com elas.
Dezoito crianças do primário desaparecem misteriosamente nas montanhas. Kota Kitami e a equipe da Tokyo MER chegam ao local e dividem seus esforços de resgate. Os membros da equipe deverão enfrentar novos perigos sozinhos...
O Tokyo MER é enviado porque trabalhadores estrangeiros reclamam de sintomas de causa desconhecida. Acredita-se que seja um caso de intoxicação alimentar em massa, mas por algum motivo, a cena é guardada por um grande número de policiais.
Um blecaute em um hospital faz com que todos os dispositivos médicos parem. O pânico irrompe quando um grande número de pacientes enfrenta a morte.
Um incidente envolvendo envenenamento por dióxido de carbono ocorre em uma embaixada estrangeira. O Tokyo MER é enviado, mas em seu caminho existe uma barreira legal que afirma: "Uma embaixada é o território desse país, a entrada sem permissão é proibida".
Suspeita-se do envolvimento de Kota Kitami com uma organização terrorista e o Tokyo MER é suspenso. Enquanto isso, uma explosão ocorre em uma universidade, e Kitami e Nao Otowa correm para o local para ajudar, mas isso acaba sendo uma armadilha preparada por Tsubaki Elliot.
Kota Kitami fica com o coração partido depois de perder sua amada irmã Suzuka Kitami, e anuncia que está deixando o Tokyo MER. Enquanto isso, o governador Azusa Akatsuka permanece inconsciente, à beira da morte.
