Tatsuya Shiba e a irmã dele, Miyuki Shiba, começam a estudar na Universidade Federal de Magia Afiliada. Os estudantes são separados em salas conforme o desempenho deles. Os estudantes com melhor desem...
Miyuki e Tatsuya viajam para Okinawa, onde se deparam com um problema militar e Miyuki descobre quem seu irmão realmente é.
Dois irmãos são admitidos no Primeiro Colégio da Universidade Federal de Magia. Enquanto a menina é colocada na Turma 1, o menino é colocado na Turma 2. A discriminação é algo presente e começa a incomodá-los logo no primeiro dia de aula... Afinal, o que separa uma turma da outra?
Miyuki e Tatsuya são convidados para assumirem cargos importantes no Comitê Disciplinar e no Conselho Estudantil, mas tem gente contra isso, já que Tatsuya é da Segunda Turma, e um Weed não deveria assumir posições importantes no Colégio.
Os estudantes do Primeiro Colégio começam a perceber como Tatsuya é poderoso. Enquanto isso, Tatsuya faz sua ronda como tarefa do Comitê Disciplinar e acaba precisando intervir em uma briga entre dois famosos duelistas de kendo.
Tatsuya precisa depôr sobre o ocorrido após a luta de kendo. Enquanto caminha rumo ao Ginásio para impedir outra briga, Tatsuya é atacado, o que o leva a pensar a respeito da organização anti-magia Blanche.
Está para acontecer um fórum aberto com relação a discriminação entre a Primeira e a Segunda Turma. Na discussão, participará a presidente do Conselho Estudantil, conhecida por não perder debates fundamentados logicamente. Uma surpresa desagradável acontece ao final do encontro e Shiba fica impressionado.
Mibu é encontrada junto com os outros estudantes tentando obter acesso ao material confidencial do colégio. Agora, eles estão atrás da Blanche.
A perseguição contra a Blanche continua, mas quais serão as medidas adotadas pelos alunos do Primeiro Colégio? Eles se organizam para fazer a última investida e coagir o grupo de terroristas.
Tatsuya é um dos nomes que surge para preencher a equipe de engenharia para a Competição dos Nove Colégios. No entanto, por ser aluno do primeiro ano e pertencer à Segunda Turma, ele precisará demonstrar que sabe fazer ajustes em um equipamento DAI.
Tatsuya apresenta seu novo dispositivo na FTL e é um sucesso absoluto. Na escola, eles se preparam para ir ao local de encontro da Competição dos Nove Colégios. No caminho, algo acontece.
Os preparativos para a competição estão quase prontos. Enquanto isso, Tatsuya e Miyuki se instalam no hotel, e Mikihiko descobre uma presença estranha por perto.
Os alunos dos Nove Colégios estão disputando em diversas modalidades e almejando o título principal, de qual Colégio é melhor. Enquanto eles avançam pelas qualificatórias, os estrategistas do Primeiro Colégio alertam: eles precisam vencer quatro das seis modalidades para terem chances.
Durante o Battle Board Feminino, Watanabe Mari sofre um acidente e é levada para o Hospital. Tatsuya ajuda ela a se recuperar com sua magia, mas mesmo assim, ela ainda teve que se retirar do Mirage Bat. Tatsuya suspeita que aquele acidente não foi acidental!
Continua a competição e a fama de Tatsuya só cresce com engenheiro. As qualificatórias estão acabando.
Depois de um ocorrido, Tatsuya recebe um convite. Enquanto isso, alguém está perto de descobrir a identidade de Taurus Silver. A competição continua.
As partidas do Monolith Code estão acontecendo e o duelo entre Ichijo e Tatsuya se aproxima.
A final do Monolith Code começa. Qual a estratégia que Tatsuya vai montar para garantir a vitória para o Primeiro Colégio? Será que ele consegue derrotar George e Ichijo?
Um outro ataque durante a Competição dos Nove Colégios e, quem está por trás destes ataques, entra em desespero para conseguir impedir o Primeiro Colégio de vencer.
A competição chega ao fim e Tatsuya está cada vez mais perto de acertar as contas com quem tentou prejudicar sua querida irmã.
A Competição de Teses se aproxima e Tatsuya foi convidado a entrar para a equipe que representará o Primeiro Colégio. Enquanto isso, um conflito e uma caçada começa pelas Relíquias capazes de armazenar Sequências Mágicas.
A revelação de notas tecnologias durante a Competição de Teses acabou despertando o interesse de organizações obscuras. Os alunos do Primeiro Colégio estão correndo risco de vida.
A organização para a Competição de Teses continua, assim como as tentativas para frustrar o esforço de Tatsuya.
Tatsuya acabou descobrindo quem era o espião no Primeiro Colégio, mas reviravoltas acontecem e todos correm perigo.
Começa a Competição de Teses. Tatsuya encontra com Cardinal George e um embate no campo teórico está prestes a ter início.
Os ataques começam e Tatsuya precisa trabalhar em grupo com os outros alunos do Primeiro Colégio para realizar a proteção e evacuação dos civis.
Depois de acontecer alguns problemas com a passagem subterrânea, o pessoal da Competição de Teses precisará encontrar cheio de fazer a evacuação. Enquanto isso, Tatsuya e o exército descobrem quem são os inimigos.
A disputa final entre a defesa de Yokohama e a Grande Aliança Asiática chega ao fim.
Dois meses após o incidente do Halloween, Tatsuya e seus amigos dão uma festa de despedida para Shizuku, que vai estudar na América. Com o início do novo semestre, uma intercambista americana chega a First High School.
Uma série de assassinatos bizarros ocorreu onde as vítimas tiveram a maior parte do sangue retirado de seus corpos. Devido aos métodos usados pelo assassino, eles foram chamados de "incidentes com vampiros", e incidentes semelhantes também estavam ocorrendo na América.
O vampiro que atacou Leo era um demônio chamado de "parasita". As famílias Saegusa e Jumonji decidem unir forças para resolver o caso. Mikihiko e Erika procuram o parasita para se vingar de Leo, e eles enfrentam um misterioso mágico mascarado.
Acontece que o mago mascarado que travou uma luta de espadas com Erika era Lina. Com sua identidade destruída, Lina usa um feitiço para atacar Tatsuya. Tatsuya tenta desativar o feitiço, mas falha.
Um parasita é um corpo de informação gerado na dimensão espiritual. Como pode uma entidade de outra dimensão aparecer no mundo físico?
O Dia dos Namorados é um dia de dar chocolate de presente para quem você ama e de confessar seus sentimentos. Esta tradição é uma fonte de alegria e tristeza para muitos, mesmo em uma instituição distinta como o Magic High School. O que vai acontecer este ano no Dia dos Namorados?
O Coronel Balance ordena que Lina capture o lançador que estava por trás do Halloween. Balance dá a Lina um dispositivo feito sob medida chamado "o Brionac", que converte a magia da Classe Estratégica em um feixe de plasma de alta energia.
A Família Yotsuba intervém para eliminar todas as ameaças a Tatsuya das forças militares USNA. A única ameaça que permanece são os parasitas. Depois de questionar Pixie sobre os parasitas restantes, Tatsuya vai para o Cemitério de Aoyama com Miyuki e Honoka para atraí-los.
Graças aos poderes psíquicos de Pixie, Tatsuya e seus amigos são finalmente capazes de capturar os parasitas. Eles deixam a cena depois que Erika e sua equipe chegam, mas uma terceira facção disfarçada de polícia aparece diante deles e atrapalha.
Conforme instruído por Raymond, um dos Sete Sábios, Tatsuya e seus amigos vão para a área de treinamento ao ar livre atrás da First High School na noite de 19 de fevereiro. Exatamente como Raymond disse, eles detectam a presença de todos os parasitas ativos e Lina se reunindo no local. Nesse ritmo, o confronto com Lina, que está decidida a completar sua missão como Sirius, será inevitável. Com emoções complexas em jogo, a batalha final com os parasitas começa.
Cerca de um mês após o incidente do parasita, Tatsuya e seus amigos relutantemente se despediram de Mayumi, Mari, Katsuto e os outros veteranos na 29º cerimônia de formatura na First High School. Chega também a hora de despedirem-se de outra amiga que veio da América.
Tatsuya e Miyuki são convidados para uma festa para comemorar a conclusão da primeira torre offshore de hiperconstrução do Japão, onde Hayama apresenta uma jovem chamada Sakurai Minami. Os dois ficam abalados ao ver seu rosto, o de uma mulher que morreu em um incidente três anos antes. Nesse momento, há informações de que o partido está sendo alvo de defensores extremistas da magia.
Os extremistas declararam que vão "explodir a torre offshore em uma hora". Mas não há garantia de que respeitarão o limite de uma hora. Para evitar o esquema, Tatsuya leva Miyuki e Minami em direção ao centro de controle no primeiro andar subterrâneo.
