Em 2024, monstros grotescos se esgueiram em meio às ruínas do Japão, enquanto os sobreviventes juntam com dificuldade o que podem para sobreviver. Kiruko aceita o pedido derradeiro de uma mulher miste...
O Japão entrou em colapso depois do Grande Desastre. Kiruko aceita levar o garoto Maru a um lugar chamado Paraíso. Enquanto isso, as crianças moram atrás das paredes de um berçário cercado por uma mata exuberante. Quando recebe uma mensagem misteriosa, Tokio começa a duvidar do mundo que o cerca.
Numa hospedagem estranha, Maru e Kiruko adormecem profundamente. Eles acordam vendo algo monstruoso sob a parca luz da lua. No berçário, Tokio desconfia ainda mais do mundo que o cerca. Enquanto isso, Shiro recebe uma mensagem inesperada.
Há cinco anos, em Asakusa, Robin, Haruki e sua irmã piloto Kiriko passavam dias felizes vivendo num orfanato. Quando uma multidão animada se juntou para assistir a uma corrida de kart elétrico, algo horrível tentou interromper o evento, e Haruki ficou cara a cara com uma situação devastadora.
Tokio é levado à presença de bebês de aparência bizarra e se dá conta de que sabe pouco sobre seus arredores. Num barco e sem saída, Maru e Kiruko sofrem um ataque aterrorizante. Como tudo está fracassando, depende de Kiruko montar uma nova estratégia.
Maru e Kiruko voltam a Tóquio e encontram um bairro repleto de tendas. Quando Maru vai até um centro de jogos, Kiruko fica, consegue informações sozinha e ouve um rumor assustador. No berçário, o estado de Tarao piora e o Dr. Sawatari descobre um rastro inexplicável.
Maru e Kiruko estão à caça da Ordem Imortal. No caminho, ficam num hotel gerenciado por uma garota chamada Totori. Deixando suas malas e procurando por água potável, eles esbarram com um homem ferido. Enquanto isso, alguém inesperado aparece diante de Tokio.
Maru e Kiruko encontram o que acreditam ser o médico e a Ordem Imortal. Mas, na verdade, é uma organização hostil que faz forte oposição ao tratamento que a Ordem Imortal oferece. Kiruko e Maru aceitam uma proposta de trabalho, mas Kiruko começa a perder a paciência.
Depois de matar os Comedores de Homens, Maru e Kiruko finalmente encontram o Dr. Usami. Ele pede algo difícil a eles e os leva a uma sala onde uma cena horrível os espera.
Maru e Kiruko descobrem que o Dr. Usami tinha um botão com o mesmo logotipo que eles encontraram no Raio-Kiru. Eles decidem seguir seu rastro e acham um informante misterioso no caminho. Enquanto isso, no berçário, acontece uma reunião de emergência.
Maru e Kiruko decidem ir à instalação Ibaraki da Academia Takahara. Já que fica no caminho, eles concordam em ajudar Juichi a confirmar se seu bebê ainda está vivo. Chegando à Cidade Murada, a situação é muito diferente da esperada.
Maru e Kiruko vão à instalação Ibaraki depois que Juichi dá seu carro a eles. Um grupo novo de alunos entra para a academia. Mimihime percebe que uma criança chamada Ohma parece muito solitária e tenta fazer amizade. Mas Ohma tem motivos especiais para se manter distante das outras crianças.
Maru e Kiruko chegam num mercado próspero. É a cidade onde o dito Ministério da Reconstrução administra as coisas. Enquanto isso, a academia é atacada de repente. Enquanto tentam se abrigar, as crianças encontram uma abertura na parede.
Mimihime, Shiro, Anzu e Taka saem pela abertura que encontraram na parede enquanto buscam respostas para o teste do professor. Enquanto isso, Kiruko chora quando Robin faz algo terrível.
