Rintaro é um auto-proclamado cientista louco que acredita que uma organização internacional está conspirando para remodelar o mundo de acordo com seus próprios interesses. Ele e seu amigo Itaru inadve...
Alguns meses após os eventos de Steins; Gate, Rintarou Okabe e seu grupo de amigos são convidados a acompanhar junto com seu conhecido Faris NyanNyan, que está participando de um evento de batalha Rai-Net nos Estados Unidos. Lá, eles se encontram com um antigo colega: Kurisu Makise, que tem recordado memórias fragmentadas de eventos que aconteceram nas outras linhas do mundo na forma de sonhos. Ela confronta Okabe, questionando-o sobre se esses eventos - particularmente os incidentes entre os dois - realmente aconteceram.
Mayuri e Kurisu tentam fazer frango frito com a ajuda de um terminal Upa baseado em computação cognitiva, apenas para descobrir que não possuem os ingredientes reais de que precisam. Assim, com a ajuda de Upa, elas encontram algo que podem fazer com o que têm no laboratório.
Depois que Rintaro e Kurisu discutem um com o outro, os dois usam Upa para tentar navegar no caminho de casa sem esbarrar um no outro. Em vez disso, Upa os organiza para seguir o caminho mais longo para que possam se reconciliar.
Quando fica claro que Rintaro e Daru usam praticamente as mesmas roupas o tempo todo, Kurisu usa Upa para tentar criar algumas roupas diferentes para eles com base em seus hobbies e personalidades.
Após reclamações de Yugo, Upa lidera uma reunião sobre um novo local em potencial para o laboratório, para grande consternação de Rintaro.
Um episódio alternativo 23 onde a história diverge da série original. Os eventos deste episódio levam à série Steins;Gate 0.
Um cientista louco auto-descrito assiste a uma palestra sobre viagens no tempo, tropeça no cadáver de uma mulher familiarmente desconhecida e descobre que suas mensagens de texto não estão mais vinculadas pelas regras do espaço e do tempo.
Okabe fica surpresa ao ver Makise de pé depois que ela foi morta.
Okabe suspeita que seu forno de microondas esteja por trás dos recentes eventos incomuns.
Okabe precisa encontrar um computador muito antigo para invadir uma tecnologia muito nova.
Um hack bem-sucedido revela o grande segredo da SERN.
O experimento em pequena escala de Okabe é parcialmente bem-sucedido.
Okabe leva sua experiência para o próximo nível, enviando mensagens de texto para os números das loterias vencedoras no tempo, mas ele falha em considerar como suas ações podem alterar o presente - ou o futuro.
O experimento mais recente para Okabe e seus colegas de laboratório leva ao desaparecimento de um deles. Em seguida, eles tentarão usar sua tecnologia de viagem no tempo para tornar realidade o sonho de um garoto.
Okabe fica preocupado com as mudanças drásticas que sua experimentação está causando e o IBN-5100 desaparece do laboratório. A única esperança de encontrar um substituto repousa sobre os delicados ombros de Feyris, a gata.
A guerreira de meio período do andar de baixo conta a Okabe sobre a busca pelo pai desaparecido. Enquanto isso, o aspirante a cientista louco é incomodado por uma mensagem de texto misteriosa.
Enquanto os membros do laboratório se preparam para transportar memórias humanas por um salto temporal, Okabe recebe algumas notícias altamente perturbadoras: Makise pode ser um espião da SERN!
A tensão aumenta no laboratório quando Makise e Suzuha aparecem para a festa, mas isso é apenas o começo. À medida que a noite chega ao fim, bandidos armados - liderados por um rosto familiar - procuram a máquina do tempo.
Okabe, desesperado para evitar a tragédia que ele já viu acontecer, convoca a coragem para um ousado Time Leap. Ele pode salvar a vida de seu companheiro mais velho e mais querido?
Apesar de suas muitas tentativas, Okabe é incapaz de impedir a morte de Mayuri, então ele pede ajuda a Makise para resolver o enigma da viagem no tempo. Mais tarde, a verdadeira identidade de Suzuha é revelada
Suzuha revela as origens do totalitarismo futuro da SERN. Enquanto ela continua seu trabalho para destruir a organização, Okabe e Mayuri continuam a busca pelo pai de Suzuha.
A verdade sobre o pai de Suzuha é finalmente revelada. Okabe percebe as consequências devastadoras de impedi-la de sair da noite da festa.
Após a mudança na divergência não ter um efeito duradouro, Okabe e Kurisu começaram a manipular ainda mais o tempo na esperança de obter um IBN 5100.
Em uma tentativa adicional de resgatar Mayuri de seu destino, Okabe revela o passado de Ruka para ela. Ruka deve tomar uma decisão difícil que pode mudar sua vida inteira.
Okabe deve dar um salto de tempo para salvar Moeka de si mesma. Ele percebe que nem tudo é o que parece, pois o comportamento obscuro de Moeka o leva para mais perto do IBN 5100.
Com a ajuda de Kurisu e Moeka, Okabe tenta se aproximar do IBN 5100 e do misterioso FB. Ao se aproximar da rede da SERN, ele percebe que o caminho para a vitória não será sem sacrifício adicional.
Com sua nova descoberta em mente, Okabe continua suas tentativas de proteger Mayuri enquanto tenta evitar o potencial destino iminente de Kurisu.
Para continuar seu trabalho contra a SERN, Okabe deve finalmente escolher entre salvar Kurisu ou Mayuri.
Questionado sobre como impedir uma iminente Terceira Guerra Mundial por uma Suzuha alternativa, Okabe se vê fazendo um papel ativo na morte de Kurisu.
Okabe tem uma última chance de viajar no tempo, acertar tudo e salvar a garota que ele nunca chegou a amar. Sua missão é vital, mas pode significar o fim para o cientista louco.
