A população de uma cidade paralisada pelo medo empenha-se em livrar-se do mal, a qualquer custo. A sombria e espantosa verdade atrás dos abomináveis julgamentos das bruxas de Salém no século 17.
Após dez anos de serviço lutando na Guerra da França e Índia, John Alden retorna para sua casa em Salem, Massachusetts, com a intenção de se reunir com sua amada, Mary. Após sua chegada, ele fica surpreso ao descobrir que a cidade foi varrida por uma onda de histeria de caça às bruxas, e que Mary se casou com o residente mais rico e poderoso da cidade.
Com o medo das bruxas crescendo, Alden busca a verdade sobre o que realmente está acontecendo em Salem enquanto Cotton continua a lutar contra sua culpa e Mary tenta executar um plano. As bruxas ficam mais perto de descobrir quem interrompeu a cerimônia, mas Mary continua a descobrir que suas emoções por Alden afetam seu foco. Uma pista na floresta leva Cotton e Isaac a encontrar mais evidências de que as bruxas podem realmente ser reais.m.
Salem treme após o julgamento, e Anne se volta para John Alden em busca de conforto. Circunstâncias misteriosas levam Alden a suspeitar que o Magistrado Hale não é quem ou o que parece ser. Mary descobre quem testemunhou a cerimônia das bruxas e decide o que fazer. Em outro lugar, George Sibley começa a traçar um plano para escapar das garras de Mary.
As bruxas do coven de Salem se encontram na floresta - sem Mary e Tituba - e concordam que não têm escolha a não ser eliminar uma de suas ameaças mais perigosas: Alden. Enquanto isso, Alden e Cotton percebem a natureza verdadeira e perigosa do misterioso objeto que eles descobriram - e o usam para capturar algo de muito mais grave importância. Maria percebe que seu próprio coven tem tramado sem ela ... e a relação entre Maria e Misericórdia não é mais o que parece.
As bruxas do coven de Salem se encontram na floresta - sem Mary e Tituba - e concordam que não têm escolha a não ser eliminar uma de suas ameaças mais perigosas: Alden. Enquanto isso, Alden e Cotton percebem a natureza verdadeira e perigosa do misterioso objeto que eles descobriram - e o usam para capturar algo de muito mais grave importância. Maria percebe que seu próprio coven tem tramado sem ela ... e a relação entre Maria e Misericórdia não é mais o que parece.
Alden e Cotton ficam cara a cara com uma bruxa de verdade, e um aliado improvável impede o coven de rastrear sua irmã desaparecida. Tituba se sente excluída quando Mary decide iniciar um novo membro no coven. Enquanto Mary toma seu novo acólito sob sua proteção, ela relembra seu próprio caminho após os eventos fatídicos em torno da partida de Alden da cidade, sete anos atrás. Enquanto isso, Alden e Cotton descobrem, para seu horror, que os julgamentos têm realmente ajudado as bruxas - e logo se encontram sob ataque depois de perderem o controle de seu prisioneiro.
Os anseios românticos entre Mary e Alden aumentam quando Cotton lida com uma acusação única nos julgamentos. Enquanto isso, um poderoso caçador de bruxas segue em direção a Salem.
O mais temido caçador de bruxas chega a Salem e começa a reconhecer o terreno. Com medo de que Increase descubra que George ainda está enfeitiçado, Mary pede ajuda a Isaac para detê-la, antes que a verdade apareça.
Mary precisa agir rapidamente para evitar que Increase desfaça o feitiço colocado sobre seu marido. Enquanto isso, Mercy e seus seguidores provam sua utilidade para uma grande causa e Cotton lamenta que Gloriana tenha sido banida.
Mary enfrenta a traição de Mercy, enquanto Tituba é torturada por Increase em sua recém-criada Casa da Dor. Já Anne tropeça em alguns objetos de seu pai, recebe ajuda de Alden e começa a entender o quão longe de casa está.
O caminho de guerra de Increase continua enquanto Alden se vê alvo de novas acusações - e à mercê dos Seletores, graças a um movimento surpresa de um mais saudável George Sibley - levando Mary a traçar um plano desesperado para salvá-lo. Cotton se encontra congelado em um cabo de guerra entre seu pai e sua lealdade a Alden. Enquanto isso, Anne descobre a verdade sobre seu pai.
O julgamento de Alden começa, desencadeando uma cadeia de eventos que quebra quase todas as lealdades restantes em Salem. Enquanto Mary arma o Malum para o Grande Rito, os anciãos do coven a incentivam a usar Alden como o sacrifício final. Aumento apreende os acólitos de Mercy em busca de informações para usar contra Alden - um ato que acarreta mais consequências do que qualquer um antecipou.
Alden está no caminho para descobrir o maior segredo de Mary, até agora.
Após o grande ritual, uma praga horrenda varre Salem. A tensão aumenta entre Tituba e Mary, que tenta passar um tempo ao lado de seu filho. Mais tarde, Mary confronta Mercy Lewis e Anne começa a entender a verdadeira natureza de sue poder.
Mary inicia o segundo ato do grande ritual, ao mesmo tempo em que Alden retorna a Salem. Enquanto isso, o Dr. Wainwright procura pistas para curar a praga, usando métodos preocupantes.
Um dos adversários de Mary consegue uma posição de poder entre os cidadãos como consequência da praga que se espalha. Para manter o controle da cidade, Mary junta seus aliados e faz uma aposta arriscada.
Após um recente ataque, Mary vai atrás do responsável. Enquanto isso, Cotton retorna a Salem e Anne explora seu lado sobrenatural.
Mary e seu tormento, condessa Marburg, se encontram cara a cara.
A condessa Marburg chega em Salem trazendo presentes para os cidadãos e conselhos para Mary. Enquanto Anne Hale reflete sobre suas atividades recentes, Cotton bate de frente com outro poderoso líder da cidade.
Mary e a Condessa Marburg mantêm as aparências enquanto continuam sua batalha secreta por Salem.
O calcanhar de Aquiles da condessa Marburg é revelado.
A Condessa se apresenta a alguém importante; Mary faz um sacrifício para salvar seu filho de Marburg.
Quando Mary e Alden unem forças, Alden faz seu primeiro teste de paternidade.
Alden e Cotton tentam salvar a alma de um menino.
Mary faz um último esforço para impedir as tentativas da Condessa Marburg enquanto as alianças mudam conforme verdades surpreendentes são reveladas.
Mary se recusa a acreditar que seu filho ainda está vivo enquanto a condessa faz de tudo para impressionar o menino. Ann tenta convencer Cotton de que ela usa seus poderes para o bem e Alden equilibra a vida e a morte.
A única esperança de Salem de sobreviver ao inferno que surgiu é ressuscitar os mortos.
Mary deixa o conforto do abraço de Alden, determinada a fazer o que for necessário para manter o mal sob controle.
O arrependimento de Mary pela sua traição toma um rumo mortal; Cotton é forçado a fazer um exorcismo nele mesmo.
Cotton descobre notícias que mudam sua vida enquanto Mary aprende o poder de sua feminilidade.
Um traidor é exposto enquanto um fantasma do passado de Salem faz uma aparição chocante.
O amor distorcido de Mary e Alden é posto à prova e Anne mergulha na magia negra.
A gravidez de Anne começa a aparecer quando sua hóspede vai trabalhar para Mercy. Isaac se encontra em um novo papel e parece gostar. Planos são feitos para derrotar a criança escura e o menino se despedaça.
Inimigos mortais são forçados a trabalhar juntos para manter a porta do inferno trancada.
Corações são destruídos quando as verdadeiras cores de todos são reveladas e um sangra mais escuro do que o resto.
Na noite do fim de Salem, só resta saber quem sobreviverá.
