No futuro, é possível medir quantitativamente as emoções, desejos e todas qualidades de uma pessoa. Desta forma, também é possível medir o fator de tendencia criminosa de uma pessoa, o qual é usado pa...
A inspetora Akane Tsunemori pega seu primeiro caso, que envolve um homem que sequestrou e mantém uma mulher como refém.
Enquanto se recupera do tiro paralisador de Akane e das consequências do primeiro caso dela, Kogami se pergunta se ela tem o que é preciso para ser uma inspetora.
Ginoza, Akane e os Executores investigam uma morte suspeita em uma fábrica de drones.
O DIC investiga o desaparecimento de Kimihiko Hayama e descobre que, além de ter sido morto, alguém assumiu seu avatar na rede.
Depois de descobrir outro assassinato com o mesmo modus operandi que o de Kimihiko Hayama, o DIC sofre cada vez mais pressão para encontrar o assassino.
Akane quer saber mais sobre o passado de Kogami e por que ele se tornou um Executor. Os detetives do DIC investigam o incidente do drone Hachioji.
Ginoza percebe que os assassinatos recentes e o caso do espécime estão relacionados e só existe uma evidência: uma imagem borrada de Makishima.
Kogami determina que o assassino da escola das meninas não é o mesmo do antigo caso não resolvido. Ele acredita que o assassino é um dos alunos.
Kogami tenta localizar Makishima e apresenta Tsunemori a seu ex-professor para um curso intensivo sobre perfis criminais.
Makishima e Senguji tentam prender Kogami em uma estação de metrô abandonada usando uma amiga de Akane como isca. Mas nem tudo sai como o planejado.
Akane vai sozinha atrás de Makishima depois que ele captura sua amiga. O que Akane não imaginava é que sua arma é inútil contra ele.
Em um episódio ocorrido três anos antes do início da série, o guitarrista e criminoso latente Yayoi é alistado pelo então inspetor Kogami.
O chefe da Agência de Segurança Pública, Joshu Kasei, ordena que Ginoza capture Makishima, apesar de ele ser "criminalmente assintomático".
Uma série de crimes são cometidos por pessoas usando capacetes que copiam os baixos coeficientes de criminalidade de pessoas inocentes.
Vídeos dos criminosos que usam capacete se tornam virais, e o público responde com violência.
Akane, Kogami e Shusei prendem Makishima na Torre Nona. A prisão acaba em uma batalha que testa o controle de Akane sobre suas emoções.
Makishima é preso e os motins são controlados. Agora, Kogami quer saber como ele será julgado e onde está Shusei.
Quando Kasei tira Kogami do caso Makishima, ele suspeita que há algo mais do que apenas uma mudança de rotina.
O matiz de Ginoza se tornou um problema. Ele recusa a terapia para que possa tentar recuperar Kogami e Makishima, que pretende atacar o suprimento de comida do Japão.
Akane entra em contato com o Sistema Sibyl e pede que ele retire a ordem de execução de Kogami. Mas isso só vai acontecer se ela capturar Makishima vivo.
Makishima trabalha na reprogramação do vírus, e Kogami e Akane chegam à fábrica para detê-lo. Mas isso é mais difícil do que eles pensavam.
Kogami e Makishima travam um combate mortal, e Akane tenta respeitar a lei impedindo Kogami de matar Makishima.
Akane Tsunemori permanece como inspetora da Agência de Segurança Pública. Ela se une a um novo colega para impedir um homem-bomba de explodir o Sistema Sibyl.
O mistério permanece após o assassinato cometido por Shisui. Depois de preso, o homem-bomba menciona um cúmplice que as varreduras não detectaram.
Shisui acorda sem um olho. Akane Tsunemori sai para encontrar o homem invisível.
Depois de ter sido contactada pela inspetora Shisu, Aoyanagi visita uma enfermaria psiquiátrica e acaba tendo que enfrentar um paciente rebelde.
Mika ainda está tendo dificuldades para se recuperar do massacre que testemunhou. Akane decide visitar o esconderijo suspeito de Kamui.
Uma caçada humana tem início. Kamui assumiu o controle dos drones do ministério e recrutou jogadores anônimos para pilotá-los.
Agora, Akane Tsunemori tem certeza de que o homem invisível existe e vai tentar localizá-lo usando as dicas que ele deixou em seu esconderijo.
Akane e sua equipe examinam o passado de Kirito Kamui. Mika Shimotsuki faz uma descoberta impressionante ao vasculhar os arquivos do ministério.
Sakuya e Kasei revelam a verdade por trás do Sistema Sibyl, e Akane tenta resolver as contradições dele. Kamui passa para a última fase de seu plano.
Kamui dá início ao seu plano para sobrecarregar o Sistema Sibyl. A diretora Kasei se sente em perigo e ordena à inspetora Tsunemori que intervenha o mais rápido possível.
Akane Tsunemori se vê cara a cara com Kirito Kamui em um confronto que revela as verdadeiras intenções do executor dela.
Tóquio, 2120. Um drone de transporte cai, e os novos inspetores da Unidade 1, Arata Shindo e Kei Mikhail Ignatov, começam a investigar. Ao descobrir que o contador da Hipertransportes, Asahi Rick Fellows, está desaparecido, Arata faz um rastreio mental para encontrá-lo, mas descobre um corpo encharcado. Arata e Kei suspeitam que a queda foi planejada e buscam o mandante que tentou silenciar Rick.
A Unidade 1 vai atrás de um suspeito, o executivo da Hipertransportes Takumi Yonehara, em uma área abandonada. No entanto, já encontram Yonehara morto. Arata e Kei ignoram ordens da chefe Shimotsuki e buscam o cérebro por trás de tudo, Sasagawa, no aeroporto Ariake, onde dois homens desconhecidos ficam no caminho deles: Shinya Kogami e Nobuchika Ginoza, do Ministério de Relações Internacionais.
Depois de ficar cara a cara com Karina Komiya, Arata sente algo incompreensível vindo dela. Lee Aki, secretário de Kosuke "Heracles" Yakushiji, candidato da oposição de Komiya, é assassinado. A Unidade 1 decide se separar para investigar os dois ataques e suas vítimas.
A jornalista freelance Yayoi Kunizuka entra na Unidade 1 como consultora de investigação para preencher a vaga de Kei, que está suspenso. A investigação progride, e a Unidade 1 revela o maior segredo de Karina Komiya. Supondo que ela será a próxima a ser atacada, corre até o debate político na Arena Giga.
Uma área especial religiosa é estabelecida, onde imigrantes têm liberdade religiosa. Uma conferência de imprensa une líderes religiosos na Nova Cidade de Mitake, a área especial, e o local da conferência vira alvo de ataque terrorista por um homem-bomba com explosivos implantados no estômago. Assim, a Unidade 1 começa a investigar a facção contra a área especial.
Arata e os colegas acabam de descobrir que há outros três homens-bomba quando um terceiro bombardeio no distrito industrial de Nova Cidade tira a vida de Joseph Auma. Enquanto isso, Kei e Kisaragi se infiltram no Salto Celestial em busca de provas dos bombardeios terroristas, que conseguem com sucesso, mas são desmascarados e aprisionados.
Com rastreio mental, Arata descobre que o supostamente morto Kurisu está vivo e revela a verdade por trás dos bombardeios terroristas. Enquanto isso, Shimotsuki inicia uma busca forçada no Salto Celestial com a Unidade 2 para localizar Kei. Torri, encurralado, faz de Maiko refém e confronta Kei, mas Maiko se aproveita de uma oportunidade momentânea para dar fim à vida dele.
A Unidade 1 começa a alcançar a verdade por trás dos incidentes contínuos, como uma linha de dominós em queda, e cooperam com o Dep. de Ação Repressora para continuar a investigação. Arata protege a governadora, que corre risco de voltar a ser alvo, enquanto Kei organiza uma arapuca usando Kisaragi como isca. Chegando ao local combinado, porém, ele encontra Shizuka Homura esperando-o.
