Natsume sempre foi excluído por ter herdado de sua avó a capacidade de ver os youkai. Depois de se mudar para a cidade natal de sua avó e acidentalmente libertar um youkai aprisionado em uma estátua d...
Natsume ganha argila de seu amigo Tanuma e molda uma pequena miniatura do Mestre Nyanko. Contudo, quando a estatueta misteriosamente desaparece, coisas muito estranhas começam a acontecer em sua casa.
Natsume constrói um canteiro para Touko, que recebeu mudas de flores. Ao notar que as pedras do canteiro estão desaparecendo, ele vai investigar. Naquela noite, encontra yokais com máscaras de anciãos chamados "Guardiões da Caixa". Eles pedem as pedras para restaurar um jardim em miniatura numa caixa de madeira, preparando-se para a visita de um deus após décadas, e solicitam a ajuda de Natsume.
Durante um passeio, Natsume encontra um bando de espantalhos ambulantes muito suspeitos e decide espiar o que eles estão aprontando. Após encontrar Natori e investigar a história a fundo, ele desvenda os perigos de uma competição espiritual de alto risco.
Natsume visita Kitamoto e se vê em um novo desafio ao descobrir segredos dos espíritos ligados ao livro de amigos.
Chobi está desconsolado pois seu precioso pente de concha marinha se partiu ao meio. Natsume decide ajudá-lo, e sai em busca das escamas de um misterioso dragão branco que começou a aparecer na região.
Em uma tarde chuvosa, Natsume se abriga em uma estação abandonada e encontra Matoba, carregando uma gaiola coberta por um saco. Sua conversa o faz lembrar de outra ocasião em que encontrara o exorcista, levantando suspeitas.
Natsume ajuda Isamu, irmão de Taki, a pedido dela, a se reconciliar com seu passado.
