Kai, Jay, Cole e Zane precisam aprender a usar seus poderes e as armas de Spinjitzu para proteger Ninjago dos seres que habitam o submundo.
Quando Lloyd, filho do Lord Garmadon, aparece e tenta dar seguimento ao trabalho do pai, os ninjas são forçados a deixar de lado seu merecido descanso.
De volta aos treinos com a ameaça constante de Lloyd e dos Hypnobrai, Zane sai em busca de um Falcão e acaba encontrando um monte de problemas.
Lloyd usa a tribo dos Fangpyres para tentar recuperar o controle. Os ninjas entram em ação quando os Fangpyres atacam a vila da família de Jay.
Quando os Fangpyres se unem aos Hypnobrai, Lloyd desperta Pythor, a última cobra da tribo Anacondrai.
Lloyd se muda e tenta ajudar, mas acaba atrapalhando. Pythor acorda os Venomari e os Constrictai, e inicia uma guerra entre todas as serpentes.
Pythor se declara o líder predestinado que despertará o Great Devourer, um arcaico e indestrutível monstro que pretende dizimar Ninjago.
Ao perseguir o misterioso falcão pela floresta na companhia dos outros ninjas, Zane acaba descobrindo o segredo do seu passado.
Jay e Nya precisam interromper seu primeiro encontro em um parque de diversões porque os Serpentinos estão a caminho para recuperar uma das quatro lâminas.
Os ninjas se disfarçam de dançarinos para participar de um concurso de talentos cujo prêmio contém uma das lâminas fang.
Os ninjas desconfiam quando o arqui-inimigo Lord Garmadon aparece para ajudar a procurar pelo filho desaparecido, mas eles percebem que precisam trabalhar juntos.
Os ninjas tentam se infiltrar no santuário das serpentes e caem em uma armadilha. Quando a missão de resgate de Lloyd fracassa, apenas Lorde Garmadon pode ajudar.
Os ninjas correm contra o tempo para tentar impedir que Pythor desperte o Grande Devorador.
Um grande desastre está para ocorrer, e os ninjas precisam lutar para derrotar o faminto Great Devourer em uma tentativa desesperada de salvar Ninjago.
Assim que começam a reconstruir Ninjago, os quatro ninjas descobrem que Lorde Garmadon transformou as Armas Douradas desaparecidas em uma nova mega-arma.
Garmadon acidentalmente dá vida ao impiedoso Capitão Soto e seus piratas e agora os ninjas precisam evitar que eles saqueiem a cidade de Ninjago.
Os nossos heróis voltam para o Internato de Darkly e descobrem que caíram em uma armadilha do Lorde Garmadon e seus clones ninjas.
Quando os ninjas descobrem que o Mojo Dojo de Darreth será destruído, eles entram na corrida anual NinjaBall para ganhar o prêmio que os ajudará a salvar o Dojo.
Os ninjas impedem que Garmadon use sua mega-arma para dar vida a um mostro fossilizado, mas acabam transformados em crianças e precisam da ajuda do Lloyd.
Garmadon volta no tempo para mudar o passado e livrar o futuro dos ninjas, mas os ninjas o seguem e tentam detê-lo usando as Armas Douradas.
Os ninjas enfrentam o conteúdo de uma exibição no museu que ganha vida através do veneno tóxico do Grande Devorador.
Lloyd, Sensei Wu, Misako e os ninjas viajam para a Ilha da Escuridão para tentar encontrar o Templo de Luz que poderá restaurar seus poderes elementares.
Após derrotar o Exército de Pedra, os ninjas seguem para o Templo da Luz para recuperar seus poderes elementares, concentrando-os em Lloyd.
Os ninjas tentam levar o Capacete da Escuridão do Garmadon de volta a seu lugar no Relógio Celestial, impedindo assim a batalha final entre Lloyd e seu pai.
Garmadon usa sua nova super-arma para transformar Jamanakai numa vila do mal, permitindo que o espírito do Lorde Supremo se apodere de seu corpo.
Garmadon usa sua super-arma e uma grande escuridão cai sobre Ninjago, mas os ninjas acabam descobrindo que a luz é mais poderosa do que a escuridão.
