Após quase extinguir a humanidade sete anos atrás, o cientista Leon Lau agora precisa encarar o desastre ecológico que causou sem perceber.
Os últimos sobreviventes da humanidade lutam contra uma força evolutiva que desafia os limites entre formas de vida e a inteligência artificial.
A pesquisa de Leon se mostra eficaz com a descoberta de novos poderes, levando Cain a propor uma aliança para proteger a cidade.
Relutante, Jay ordena que Leon continue a pesquisa mesmo com o sistema instável na esperança de conseguirem uma vantagem tática.
Culpando-se pelo acidente com o reator, Leon se oferece para ir à linha de frente quando uma nova ameaça emerge para destruir a cidade.
A destruição de um avião de carga por uma força desconhecida faz Leon suspeitar de uma ameaça em forma de pássaro.
Gravemente ferida após uma batalha, Queenie Yoh precisa encarar outra luta. Desta vez, a briga é no céu.
Leon se prepara para ir à cidade. Desconfiada, Chloe o segue e descobre que ele está indo atrás de um estranho fenômeno.
Após a morte de várias pessoas na cidade, Leon e a equipe Pandora precisam encontrar o culpado.
Na busca pelo assassino, um dos integrantes da equipe Pandora é ferido. Cain conta a história de alguém que o deixou viver.
Hostil, o Sr. Gold promete derrubar Cecile para dominar a cidade. Louco para ajudar, Gren implora que Leon incremente seu MOEV.
Após testar algo que acelera a evolução da grande ameaça à humanidade, Leon se lembra de alguém que morreu no acidente do reator.
Com uma epidemia se alastrando fora da cidade, a equipe precisa escolher entre proteger a cidade ou acolher a onda de refugiados.
Com o reator perigosamente instável por conta de múltiplos ataques do BRAI, Leon supõe que a culpa seja de um possível vazamento proveniente de seu núcleo.
Com o sistema operacional falhando, a equipe deve parar um BRAI no formato de centopeia que tem destruído instalações importantes fora dos muros da cidade.
Por conta dos efeitos colaterais pelo uso do sistema hiperpropulsor, Leon leva a equipe à sua antiga cabana para que eles possam reparar seus veículos danificados.
A batalha pelo controle da cidade chega a um final dramático. O misterioso Zeek, um conselheiro e aliado do Sr. Gold, aparece diante de um Leon exausto.
Com Cecil ausente enquanto se recupera de seus ferimentos, Jay usa Queenie como sua dublê, treinando-a para se parecer e para agir como a prefeita.
Após grave escassez de alimentos devido aos recentes ataques de BRAI, a equipe de Pandora deve acompanhar um comboio de suprimentos de volta à cidade em segurança.
Enquanto Leon se recupera dos ferimentos sofridos nas mãos de Zeek, os membros de Pandora que utilizam o sistema de hiperpropulsor se deparam com um fenômeno estranho.
Depois que misteriosa explosão de energia arrasa uma cidade próxima, a equipe precisa descobrir um modo de impedir que sua própria cidade seja destruída da mesma maneira.
Depois que um misterioso BRAI o contata, Doug pergunta a Leon se as suas personalidades permanecerão as mesmas, depois que eles se fundirem com seus veículos.
Leon e Queenie partem em busca da desaparecida Fiona, cujos poderes serão essenciais para conter o núcleo do reator.
Um enxame de abelhas BRAI avança em direção às muralhas da cidade, mas Leon não acredita que suas intenções sejam hostis e pede que a unidade de Gren se retire.
Com a mente de Leon presa entre várias dimensões, Fiona considera entrar em sua consciência para trazê-lo de volta e salvá-lo.
Com o plano diabólico de Zeek começando a tomar forma física, Cecil e a equipe de Pandora se preparam para a missão final de salvar o mundo.
Leon e a equipe de Pandora se preparam para a batalha final, enquanto a manifestação derradeira de Zeek entra no perímetro da cidade.
