A série conta a história de uma equipe de piratas/mercenários conhecida como Companhia Lagoon, que contrabandeia cargas nos mares do Sudeste da Ásia nos anos 1990. Sua base de operações está localizad...
Depois que o empregador de Roberta, Diego Lovelace, morre em uma explosão provocada por agentes dos EUA em um evento de um partido emergente de esquerda na Venezuela, ela desaparece para caçar e matar os perpetradores.
Encorajado por Chang, Rock concorda em ajudar a localizar Roberta. Dutch, no entanto, exorta-o veementemente a sair da linha de fogo caso não consiga encontrar Roberta antes que o conflito dela com os Estados Unidos aumente.
Revy procura em Richie informações sobre o paradeiro de Roberta e depois segue em direção a ela, acompanhado por Rock, Garcia e Fabiola.
Depois que Garcia é resgatado por um grupo de soldados americanos, Roberta é atacada e derrota Shenhua, Sawyer e Lotton com força não letal. Ao confrontá-la, Fabíola é obrigada a reconhecer a insanidade de seu chefe.
Após conversas entre Garcia e Rock, assim como Fabiola e Revy, Garcia decide seguir o plano de Rock, e Revy tem flashbacks de como ela foi estuprada por policiais na prisão.
Sequestrado por piratas e tido como morto por sua empresa, Rokuro Okajima se une a seus captores.
Rock traça um plano para destruir o helicóptero que tenta atacar seu navio. A Companhia Lagoon aceita Rock como seu mais novo integrante.
Um gângster chamado Chin atrai Dutch e a tripulação do Black Lagoon para uma batalha no mar contra o líder dos piratas rivais.
Em plena missão para recuperar uma pintura valiosa num submarino afundado, o Black Lagoon é alvo de mísseis disparados por neonazistas.
Depois de encontrar o quadro no submarino afundado, Rock e Revy discutem sobre a busca de outros tesouros enquanto mergulhadores neonazistas se aproximam.
O violento ataque de Dutch e Revy ao navio neonazista traz à tona revelações surpreendentes sobre Revy e a missão do Black Lagoon para recuperar a pintura.
Descontente por ter que se unir a Rock, Revy pode atrapalhar as coisas durante uma situação difícil com um traficante.
A tripulação do Black Lagoon precisa entregar um jovem refém a um cartel colombiano, mas Dutch tem uma crise de consciência ao descobrir quem é o garoto.
Enquanto tenta fugir com Garcia, a tripulação do Black Lagoon descobre tarde demais que Roberta é uma terrível — e procurada — adversária.
Rock descobre a verdade sobre as tropas de Balalaika quando interfere num confronto sem limites entre Revy e Roberta.
Ao levar à CIA informações sobre uma organização terrorista, a tripulação da Black Lagoon é alvo de um ataque de terroristas.
Rock descobre a verdade sobre Takenaka num interrogatório e se surpreende ainda mais quando é resgatado por Revy e Shenhua.
Uma série de assassinatos provoca um encontro de chefões do crime, e a suspeita recai sobre um casal de gêmeos.
Rock e Chang seguem as pistas dos gêmeos até a Romênia e iniciam um jogo mortal de gato e rato à procura das crianças.
Gretel faz Eda refém e exige um barco para escapar com seu irmão. Enquanto isso, Hansel lida sozinho com a equipe de Balalaika.
A máfia da Flórida e diversos caçadores de recompensa estão em busca da falsificadora americana Greenback Jane.
Eda tenta ajudar Jane a escapar dos caçadores de recompensa, mas seus planos — incluindo a fuga do Black Lagoon — não param de dar errado.
Dutch e Benny tentam resgatar Jane e os outros. Com o grupo perseguido pelos caçadores de recompensa, muitas revelações vêm à tona.
Rock e Revy acompanham Balalaika até o Japão, onde, a mando de criminosos, aceitam a perigosa tarefa de eliminar um grupo da Yakusa.
Balalaika e o grupo de Washimine entram em conflito. Rock faz uma descoberta chocante sobre Yukio, a garota que ele conheceu no festival.
Yukio é raptada no dia em que toma o controle do grupo de Washimine. Rock quer resgatá-la com a ajuda de Revy.
Revy e Ginji tentam salvar Yukio durante uma batalha com Chaka e seus homens. Mais tarde, Yukio critica Rock por tentar tirá-la da vida no crime.
Balalaika acaba com grande parte do grupo de Washimine, mas Yukio usa uma nova técnica a seu favor.
Rock tenta forçar Yukio a abandonar a vida no crime, mas seus planos para o futuro dela saem do controle.
