A história começa quando um grupo de crianças encontra, em misteriosas situações, cards com os desenhos dos mais interessantes personagens. Eles então criam um jogo de batalha utilizando estas cartas ...
O Bakugan Drago, que logo se tornará o maior aliado de Dan, começa a explicar a origem do Bakugan e da Dimensão de Vestroia.
Aparentemente, o Mascarado, um jogador de Bakugan talentoso e misterioso, anda roubando Bakugans de crianças do mundo todo.
Mascarado dá a carta da morte a um lutador misterioso, Dan encara um guerreiro chamado Rikimaru e Runo encontra outro Bakugan falante.
Dan está tendo dificuldades na ausência de Drago. Frustrado, ele desconta a raiva em Ryo, um amigo da escola.
Dan e Runo se encontram pela primeira vez fora do site do Bakugan e ficam surpresos ao saber que moram na mesma cidade!
Em um parque de diversões, Dan e Runo são convidados a ajudar dois irmãos que estão fazendo uma mágica.
Marucho revela que se mudou secretamente para o bairro de Dan e dá uma grande festa de boas-vindas.
Dan e Marucho competem com as duas princesas do pop, Jenny e Jewls, que foram recrutadas pelo Mascarado.
O Mascarado convence dois meninos a usar a carta da Morte contra os Guerreiros da Batalha Bakugan.
Julie e Billy, seu amigo de infância, se enfrentam em uma batalha Bakugan.
Marucho e Runo percebem que a soma das forças dos Battle Brawlers não é páreo para o poder do Mascarado.
Dan conta a Drago sua história com Shun e como o avô de Shun queria que ele parasse de jogar Bakugan e se tornasse um verdadeiro guerreiro ninja.
O Mascarado vem destruindo Bakugans de crianças no mundo todo, e os Guerreiros precisam dar um basta nisso.
Atraído por um convite para comemorar seus altos rankings, cinco dos dez melhores jogadores de Bakugan se reúnem em uma mansão misteriosa.
Os Guerreiros vão para o Vale Bakugan procurar o 'Centro do Infinito'.
Enquanto os Guerreiros da Batalha Bakugan continuam procurando o Centro do Infinito, Shun tem certeza de que alguém os está espionando.
Enquanto buscavam informações no centro do infinito, os guerreiros são enviados para a Alemanha, onde são induzidos a uma batalha mortal contra Klaus.
Runo e Marucho descobrem uma sala de controle no castelo de Klause Von Herzon que mostra os rankings de todos os jogadores de Bakugan do mundo!
Julie briga com Billy, seu amigo de infância, para salvá-lo do Mascarado.
Dan e Shun brigam e Shun vai sozinho procurar e destruir o Mascarado.
Os Guerreiros são emboscados por três pessoas da turma do Mascarado. Há uma batalha tripla e Marucho fica chocado ao ver seu Bakugan, Preyas, na mão dos inimigos.
Dan, Marucho e Runo batalham contra Klaus, Chan e Julio para tentar descobrir onde o Mascarado está se escondendo.
Os Guerreiros têm motivos para desconfiar que Joe, o webmaster, está espionando-os.
Alice faz amizade com Christopher, um jovem jogador de Bakugan. Ele adora o seu Bakugan mas sempre perde e está prestes a jogá-lo fora.
Runo desconfia que Alice está espionando os Guerreiros e passando informações para o Mascarado.
O Mascarado trai sua própria gangue e luta contra eles, mandando todos os seus Bakugans para a Dimensão da Morte!
Os guerreiros aprendem através do Webmaster Joe (que estava em uma viagem com sua mãe) que o mascarado derrotou os melhores Bakugans do mundo, então eles tentaram chegar a uma estratégia para derrotá-lo.
Os guerreiros lamentam a perda de Dan e Drago. Enquanto isso, Shun recebe um desafio do Mascarado e decide se juntar a Dan na Doom Dimension.
Na Dimensão da Perdição, os Lendários e Antigos Guerreiros de Vestroia preparam-se para testar os poderes dos guerreiros, vendo se são dignos o suficiente para salvar Vestroia.
Marucho deve lutar contra o guerreiro elemental de Aquos, Frosch, e ele é forçado a enviar Preyus cedo quando ele descobre que está lutando contra uma sombra de si mesmo.
Shun está preso com a mulher Ventus Lord, Oberus, que convocou uma criança que se parece com a mãe de Shun para lutar. A criança convence Shun a brincar com ela enquanto o sol ainda está se pondo, o que nunca acontece.
Runo e Tigrerra devem lutar contra um garoto do passado de Runo (uma versão menor de Dan) convocado pelo lorde Haos, Lars Lion. O teste é para que Runo perceba o quanto ela realmente a valoriza e à amizade / amor de Dan.
Dan deve lutar contra o Lorde Pyrus, Apollonier, para que ele e seus amigos retornem ao seu mundo. Ele e Drago logo descobrem que estão lutando contra um palhaço.
Joe está determinado a descobrir onde seus amigos foram, então ele desafia Mascarado para uma batalha. No começo, Joe parece estar em desvantagem, mas Wyvern retorna para dar assistência a Joe.
Dan diz a Shun, Julie e Marucho que ele ainda não passou no teste na Doom Dimension e a única maneira de fazer com que Drago evolua ele tem que derrotar seus amigos um por um.
O teste final de Dan é derrotar seus amigos para que seu Dragonoid possa evoluir para o próximo nível e se tornar o Bakugan Supremo. Dan batalha com Runo e Shun enquanto Mascarado vai ver o Lord Darkus, Exeedra, e ele acaba lutando contra Alice como uma miragem.
Joe aparece depois que Dan derrota Julie, Marucho e Runo pela Wyvern para conferir as habilidades de Drago quando Dan e Shun lutam para terminar o teste de Dan.
Alice parece estar desaparecendo o tempo todo. Dan vai falar com Marucho, Runo, Shun e Julie e acaba encontrando Alice! Alice não explica nada e sai. Mais tarde, Joe recebe uma mensagem de Masquerade, e Dan decide que ele assumirá para lutar com Mascarado com Drago para acabar com isso de uma vez por todas com Mascarado.
Hal-G aparece para explicar a origem de Alice e Mascarado. Porque ela é incapaz de se perdoar, Alice então desaparece. Enquanto isso, um enorme buraco se abre no oceano e o tempo estranho tem acontecido por toda a terra.
Alice diz a Klaus sobre o que ela fez como Mascarado, e é puxada para uma batalha para puni-la por mandar seu Bakugan para a Doom Dimension enquanto ela era Mascarado.
Os Bakugan entram no Vestroia e percebem que Vestroia se tornou um mundo híbrido onde dois elementos são misturados para formar um elemento juntos.
Enquanto os Guerreiros restantes entram no mundo híbrido de Subterra e Haos, um par de irmãs Subterra / Haos Bakugan chamadas Rabeeder e Tricloid se apaixonam por Dan.
Dan e Drago entram no mundo híbrido de Pyrus e Darkus, onde o exército das trevas está desenfreado. Dan e Drago são salvos dos híbridos Pyrus / Darkus Bakugans Centorrior e Druman por Nobilion: um Pyrus Tigrerra que é o mais velho e mais sábio de todos os Bakugans.
Alice chega em Vestroia como Mascarado para ajudar seus amigos. Mascarado encontra Dan e ele começa a ajudar o enfraquecido Dan e Drago. Centorrior e Druman, no entanto, são capazes de contrapor o bom senso e todos os power-ups que seus Bakugans recebem.
Os Guerreiros conseguiram unir cada elemento juntos, e eles receberam a bênção como os seis novos guerreiros. Hal-G e Naga ainda estão causando o caos sobre Vestroia, e agora eles estão atacando a Terra com a ajuda dos Bakugan híbridos (Taygen, Hairadee, Rabeeder, Tricloid, Centorrior e Druman) liderando seus exércitos Bakugan.
Wayvern coloca um escudo de energia em torno de Wardington alimentado pelo Núcleo Infinito para afastar Naga e suas tropas. Enquanto isso, os Guerreiros retornam e se unem na batalha para proteger toda a Terra e derrotar Naga antes que ele possa juntar os dois núcleos juntos.
A batalha contra as tropas de Naga continua à medida que Julie e Billy se juntam para enfrentar o híbrido Bakugan da Subterra / Haos chamado Tricloid, que foi energizado pela energia negativa de Naga.
As tropas de Naga finalmente se infiltraram em Wardington após duas derrotas. Alice descobre que a irmã de Tricloid, Rabeeder, está invadindo a cidade. Mal sabe ela que o que ela treinou, Christopher, também se envolverá na batalha.
O retorno do Hairadee híbrido de Naga, Ventus / Aquos, trouxe novos problemas para Komba e Shun. Enquanto Skyress está preso em uma barreira de gelo, Shun revela suas habilidades ninjas para libertar Skyress e derrotar o híbrido. Julio trava a festa e ajuda na batalha. Será que os três serão suficientes para levar o servo de Naga?
Dan e Runo permanecem como as únicas defesas contra Centorrior e Druman. Enquanto Dan relembra sua batalha passada com eles, ele percebe que eles não têm uma chance sem ajuda. Julie, Billy, Marucho, Klaus, Julio e Komba também se envolveram na batalha devido a Hal-G fazer uma transmissão borrada por Hal-G posando como Kato.
Wayvern está ligando para Drago para lhe dizer que ela precisa de ajuda, os melhores lutadores devem derrotar Centorrior e Druman. Enquanto isso, a energia negativa de Naga está provando ser demais para Wayvern e Fortress.
Enquanto Hal-G libera o 5º Paladino, Naga está rejuvenescendo lentamente. Tudo parece sem esperança até que os Brawlers enviem seu Bakugan para ajudar um Drago ferido. Eles destroem o quinto Paladino quando o Naga absorve as energias do quinto Paladino.
