Aparecendo na superfície pela primeira vez em seu aniversário de quinze anos, as tartarugas titulares, Leonardo, Michelangelo, Raphael e Donatello, descobrem que a vida fora dos esgotos não é exatamen...
Quando o Mestre Splinter permite que as Tartarugas Ninjas visitem a superfície da cidade pela primeira vez, elas descobrem que este mundo não é tão simples como parece.
O Mestre Splinter, percebendo que as tartarugas precisam de um líder, entrega a tarefa para Leonardo. Depois de uma resistência inicial as habilidades de liderança de Leonardo começam a tomar forma.
Raphael perde a razão quando é insultado por um cínico novaiorquino (Vic) e o eventual bate-boca resulta na emboscada dos Kraang para as tratarugas, o que arruina a missão delas.
Para provar que as tartarugas podem ser amigas dos humanos, Michelângelo usa um site de uma rede social para fazer amizade com Chris Bradford, um famoso artista marcial.
Donatello usa um chip de I.A.(inteligencia articial) militar de alta tecnologia para criar um mp3 player de auto-atualização.
Cansado de usar seu simples bastão para lutar contra os tecnologicamente avançados kraangs, Donatello cria o "Cabeça de Metal", um robô tartaruga dirigido por controle remoto para lutar em seu lugar.
Donatello e April investigam o desaparecimento de um cientista, mas descobrem uma conspiração envolvendo um bizarro macaco vidente.
Leo teme que seu ato de piedade tenha voltado para assombrá-lo quando Xever leva um comerciante local como refém.
Depois que um pombo mutante dá uma pista sobre o pai de April, ela e as tartarugas embarcam em uma missão para salvá-lo e impedir que os kraang detonem uma bomba mutante.
As tartarugas precisam defender sua casa nos esgotos quando Bradford tenta destruí-la com um produto químico perigoso.
Quando ameaças simultâneas da gangue dos Dragões Roxos e dos Saberob de Baxter Stockman forçam as tartarugas a se dividirem em dois grupos.
As tartarugas descobrem um lagarto mutante que foi atacado pelos Kraang. Mikey, na tentativa de ajuda-lo, leva o lagarto Leatherhead até a toca.
Leonardo, cansado das constantes críticas de Raphael, deixa seu irmão ser o líder do bando por um tempo. Mas logo Leo conhece a uma perigosa e linda kunoichi chamada Karai.
A cidade é invadida por um exército de ratos que estão sendo controladas mentalmente pelo Rei Rato e Mestre Spilter. Leo, Rapha, Donnie e Mikey precisam lutar contra seu próprio mestre.
Leo e Rapha discutem se devem ou não confiar em Karai. Além disso, as tartarugas visitam pela primeira vez a escola quando descobrem que o projeto escolar de April está atraindo a atenção dos Kraang.
As Tartarugas Ninja conhecem seu primeiro admirador, um jovem com aspirações de herói que decide lutar contra o crime, se disfarçando e usando o nome de Pulverizador.
Com a ajuda de Leatherhead, as Tartarugas Ninja entram no laboratório secreto dos Kraang. Assim, os quatro irmãos finalmente descobrem o verdadeiro objetivo de seus inimigos.
Rapha tem uma fobia pela barata de estimação de Donnie, Chong, que coloca uma câmera no inseto para conseguir espiar cada passo dos Kraang.
Cansado de ser humilhado por Fishface e Dogpound e derrotado pelas Tartarugas, Baxter Stockman procura vingança atraindo as duas equipes para um labirinto mortal.
Depois de testemunhar os Kraang em ação, Karai percebe a seriedade da ameaça alienígena e aborda as tartarugas para propor uma aliança.
Depois das Tartarugas Ninja descobrirem o plano de Kraang de transformar a água do Planeta Terra em água da Divisão X, os quatro irmãos se infiltram em uma base submarina de seu rival.
O Destruidor começa a pensar que os soldados do Clã do Pé são frágeis e pouco eficazes. Por isso, ele decide fazer com que eles sofram uma mutação para que sejam mais fortes.
As tartarugas estão investigando o laboratório dos Kraags e descobrem que eles estão fazendo experimentos com mutagênico. Enquanto isso, uma vespa parasita mutante persegue os quatro irmãos.
Donatello entra em um centro de detenção secreto de Kraang com o objetivo de resgatar Kirby O'Neal.
As Tartarugas Ninjas entram no T.C.R.I em uma tentativa desesperada de fechar um portal Kraang. Enquanto isso, April é capturada por Kraang.
A medida que o Technodromo flutua pelo céu e começa seu ataque à cidade, Splinter se enfrenta com o Destruidor para colocar um ponto final nesse conflito de uma vez por todas.
Quando o destruidor se une aos Kraang para receber um lote de mutagênicos, os problemas das Tartarugas só pioram, até mesmo colocando a amizade deles com April em risco.
Quando as Tartarugas enfrentam a mais nova ameaça do Destruidor, um exército de soldados robôs.
Enquanto rastreavam o mutagênico, as tartarugas levam um esquilo mutante para o esconderijo.
Donatello faz experimentos com mutagênicos obsessivamente na esperança de encontrar a cura do pai de April. Infelizmente isso coloca April em perigo devido a uma nova ameaça – O Homem Mutagênico!
Michelangelo está cansado de ser o "o elo fraco da corrente". Mas quando ele brinca com um mutagênico, ele pega uma infecção perigosa que entra em uma mutação fora de controle.
April tenta retomar sua vida de adolescente normal, mas quando Karai começa a caçá-la de novo, April percebe que pode ter colocado seu novo amigo Casey Jones em perigo também.
As tartarugas se veem sendo perseguidas por uma nova ameaça: uma outra tartaruga mutante chamada Slash, que tem uma vingança pessoal contra os irmãos.
Sentindo-se de lado na ação, April insiste em se juntar às tartarugas em uma missão para a TCRI onde eles descobrem um segredo chocante sobre o passado de April.
Depois de encontrar mutantes e ninjas, Casey Jones decide enfrentar o "mal puro" sozinho.
Um fungo mutante que se espalha pelos esgotos faz as tartarugas e April viverem seus piores medos enquanto Leonardo enfrenta seu maior medo: perder sua equipe.
Quando Donnie atualiza a inteligência artificial do Cabeça de Metal, ele tem que decidir se pode confiar em um Cabeça de Metal sensível… ou se criou um novo inimigo.
Quando o Rato Rei retorna, mestre Splinter deve superar sua culpa e medo que o Rei Rato controle sua mente para derrotar seu inimigo de uma vez por todas.
Ao enfrentar o novo assassino do Destruidor, Leo tem que decidir se arrisca a vida de seu irmão ou pede ajuda ao mestre Splinter.
Ao enfrentar o novo assassino do Destruidor, Leo tem que decidir se arrisca a vida de seu irmão ou pede ajuda ao mestre Splinter.
As tartarugas tentam relaxar fazendo um jogo de personagens fantasiosos, mas quando o jogo se torna real, eles devem aprender a diferença entre fantasia e realidade.
Sentindo-se culpados por transformarem o pai de April em um morcego mutante, as tartarugas aperfeiçoam um retro mutagênico para ajudá-lo.
Raph está preocupado com a habilidade de Casey de lidar com grande ameaças mutantes… quando se encontram com Slash novamente e descobrem que ele tem seu próprio parceiro: O SALAMANDARIM!
O Garra de Tigre retorna e pretende destruir as tartarugas a qualquer custo.
Mikey descobre que um novo mutante está tentando atacar e capturar pessoas usando pizzas vivas, mas ele luta para convencer os outros que não acreditam nele.
Leo, preocupado com Karai, tenta convencer os outros a resgatá-la, enquanto um grande criminoso rouba o capacete do destruidor que cai nas mãos inocentes das tartarugas.
A impulsividade e cabeça-quente de Raph o leva a um grande problema quando ele acidentalmente danifica uma máquina que o força a trocar de mente com um Kraang.
Leo age pelas costas do Mestre Splinter quando ele organiza o resgate de Karai, cujo desejo por vingança contra o destruidor traz graves consequências para todos eles.
Com o ciúme de Donnie aumentando pelo relacionamento entre April e Casey, April é sequestrada por um espírito maligno que pretende drenar os poderes de April.
Em casa, Mikey sempre apronta das suas, mas quando as tartarugas vão para o reino bizarro da Dimensão X, ele é o único que consegue entender o lugar.
Leo e Donnie discordam sobre o plano de impedir a invasão dos Kraang. Quando Leo comete um erro grave, ele é separado da equipe e Donnie deve se colocar como um líder.
Leo e Donnie discordam sobre o plano de impedir a invasão dos Kraang. Quando Leo comete um erro grave, ele é separado da equipe e Donnie deve se colocar como um líder.
O grupo enfrenta a possibilidade de que Leo não vá melhorar, enquanto as coisas só pioram: um novo mutante consegue capturar Rapha!
As tartarugas descobrem o Pé Grande na floresta, e Donnie faz amizade com ele, insistindo para que elas o protejam de um caçador que está atrás dele.
A equipe descobre uma nave Kraang enterrada embaixo da casa de April onde eles também encontram... a mãe de April! será que ela realmente é o que parece?
Mikey fica chateado, foge da casa e fica amigo de um sapo mutante na floresta. Quando ele descobre que a família do sapo planeja atacar o mundo humano, ele precisa descobrir um jeito de impedi-los.
Criaturas que se alimentam de sonhos aprisionam as Tartarugas dentro de seus próprios sonhos, enquanto April e Casey precisam encontrar uma maneira de acordá-los.
Casey e Donnie se juntam para construir o novo carro do Casey, mas essa nova amizade é desafiada pelo Demônio da Velocidade, um carro mutante que está aterrorizando as estradas.
Quando Casey, Raph, Mikey e Donnie são capturados por um novo mutante, April e Leo têm que superar incapacidades para salvá-los.
Leo leva as Tartarugas para treinarem na floresta em um ritual ninja onde eles terão que superar suas fraquezas e enfrentar seus maiores inimigos com o objetivo de se tornarem verdadeiros ninjas.
As tartarugas voltam para a cidade à procura de Mestre Splinter e descobrem que Nova York foi tomado pelos Kraang.
Quando as tartarugas procuram por Karai, elas têm que lidar com uma cidade cheia de kraangdroides assim como com Zeck e Steranko, que caçam Karai por conta deles.
Donnie termina um novo lote de retro-mutagênico, esperando salvar Karai, mas as tartarugas são caçadas pelos novos capangas vingativos do Destruidor, Bebop e Rocksteady.
Leo está desconfiado de Slash quando ele surge liderando uma equipe chamada os "Grandes Mutanimais", mas os dois grupos deverão se unir para trabalhar juntos.
Enquanto os Grandes Multanimais fazem sítio na TCRI, as tartarugas devem enfrentar o bizarro mundo da dimensão X para salvar as pessoas escravizadas de Nova York.
Casey Jones acha que ele pode enfrentar o submundo do crime sozinho, mas em breve ele verá que está isso acima de sua alçada.
Um novo mutante chamado Homem Gosma começa a ganhar notoriedade como o "monstro herói" da cidade de Nova York.
Baxter consegue enfrentar os Mutanimais, e aplica neles seu novo experimento com minhocas que permite o controle da mente de seus inimigos.
Mikey e Casey ficam amigos de Mondo Gecko, um garoto reptiliano skatista radical, mas essa nova amizade pode não ser o que parece.
Shredder faz uma lavagem cerebral em Karai, que começa a perseguir as Tartarugas Ninjas para injetar nelas seu veneno.
As Tartarugas fazem uma viagem no tempo com a aprendiz de Mestre do Tempo Renet e precisam trabalhar juntos para derrotar o maligno Mestre do Tempo Savanti Romero.
As Tartarugas Ninjas são acidentalmente transportadas ao passado e acabam cruzando o caminho de um clã ninja familiar.
Leo decide invadir o esconderijo do Destruidor sozinho e acaba enfrentando a maior ameaça mutante até hoje.
Depois de um acidente gerado por Mikey, Donnie começa a perder sua inteligência pouco a pouco, enquanto um novo monstro vegetal criado por Sombrio ataca a cidade
As tartarugas são atraídas por um inimigo desconhecido para armadilhas mortais. Será que as Tartarugas conseguirão mudar as regras do jogo?
Raph faz amizade com um dinossauro alienígena chamado Zog. O que ele não sabe é que essa nova amizade pode trazer sérios problemas que as Tartarugas Ninjas não serão capazes de controlar.
Quando as tartarugas ficam sabendo da volta dos Kraang, elas percebem que há uma ameaça ainda maior vindo para a Terra!
Quando Splinter está prestes a desativar o gerador de buracos negros, Destruidor trai a confiança de todos e mata o grande Mestre das Tartarugas Ninjas.
O clã das Tartarugas Ninja juntamente com Casey Jones e April conhecem um estranho robô alienígena chamado Fugitoid. O robô volta no tempo para impedir o avanço dos Triceratons.
Quando a nave espacial com as tartarugas, April, Casey Jones e Fugitoid colide acidentalmente com a nave das Salamandras, todos caem em uma lua congelada, onde ficam presos.
Enquanto as Tartarugas Ninja, April e Casey estão inspecionando uma nave destruída, Casey Jones descobre um hipercubo que acidentalmente libera uma criatura chamada Wyrmo.
Quando Lorde Dregg contrata um caçador de recompensas para destruir as Tartarugas, a equipe foge para uma estação especial abandonada.
Em órbita na escuridão do planeta Xaava-Dal, Capitão Mozar e seus triceratons se preparam para o ataque. A atmosfera desconhecida pelas Tartarugas Ninjas causa tensão e hostilidade entre Casey e o grupo.
