A história do anime se passa em um Japão feudal futurístico e pós-apocalíptico, onde, aquele que conseguir a bandana simbólica de Número Um(o homem mais forte do mundo), irá comandar o mundo, como um ...
Depois que um menino chamado Afro testemunha Justice matar seu pai e reivindicar a bandana número um, Afro começa sua jornada para vingar a morte de seu pai. Enquanto ele viaja em direção à Justice, ele é desafiado por muitos lutadores que desejam reivindicar a bandana número dois que ele usa.
Afro é encontrado perto do rio e levado por Okiku para curar suas feridas. Em seu estado enfraquecido, ele tem uma série de sonhos sobre começar seu treinamento de samurai e seus amigos de muito tempo atrás.
O Afro Samurai continua em sua jornada e encontra mais informações sobre o Empty Seven Clan. O grupo de monges decidiu lançar um robô sobre o samurai, criado a partir dos dados que Okiku tirou de suas memórias.
Afro continua sua busca e acaba enfrentando Kuma.
Afro termina sua batalha com Kuma e continua subindo a montanha. Agora, a batalha final com a Justice está próxima. O samurai agora está pronto para finalmente vingar a morte prematura de seu pai, massacrando o atirador enlouquecido.
